2013 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シークエンサーによるＣ型肝炎ウイルスゲノム多様性解析法の確立
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23659407
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
脇田 隆字 国立感染症研究所, ウイルス第二部, 部長 (40280789)
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| Keywords | HCV / ウイルス / 次世代シーケンス / quasispecies / インターフェロン |
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| Research Abstract |
HCVは我が国に多くのキャリアが存在する重要な感染症の原因ウイルスである。HCV感染症における意義は十分に解明されていないが、持続感染あるいは病原性に関わっていることが想定されている。ウイルスゲノムのquasispeciesに関してはこれまでのシークエンス技術では十分に解析ができなかった。本研究では次世代シークエンサーを用いてウイルスゲノムのquasispecies解析法を確立することができた。次世代シークエンスを従来のPCR法と組み合わせ、HCVゲノムの多種性をウイルスゲノム全長にわたり解析する手法を開発した。その結果、HCV陽性患者の7年おいた経時血清サンプルから、３種類の独立したウイルスゲノムRNA配列を特定した。C型慢性肝炎患者の標準治療法であるインターフェロン／リバビリン(IFN/RBV)併用療法の感受性を決定する因子は複数報告されている。本研究で複数の感受性因子が一種類の配列上に共存していることが初めて確認された。従来のPCRおよびクローニング法によるコンセンサス配列を有するウイルスゲノムは患者血清中には存在しないことが判明した。さらにIFN/RBV併用療法の感受性に関与するコア70番の配列により独立した2群のウイルスゲノムが存在し、それぞれ個別に進化していることがわかった。このコア70番によるウイルスゲノム分類は他のHCV陽性患者3例でも確認することができた。さらに、IL28Bのハプロタイプによる検討をおこなった。その結果、IL28Bがmajorの場合はコア70番に依存したウイルスゲノムの分類が可能だが、IL28Bがminorの場合分類できないことが明らかとなった。さらに、IL28Bがminor症例のインターフェロン治療後には同じ症例でコア70番によるウイルスゲノム分類が可能となった。肝臓内のインターフェロン誘導遺伝子の発現状態がウイルスゲノムの存在様式に関わっている可能性が示唆された。
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[Journal Article] Neutralizing antibodies induced by cell culture-derived hepatitis C virus protect against infection in mice.2013
Author(s)
Akazawa D, Moriyama M, Yokokawa H, Omi N, Watanabe N, Date T, Morikawa K, Aizaki H, Ishii K, Kato T, Mochizuki H, Nakamura N, Wakita T.
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Journal Title
Gastroenterology
Volume: 145
Pages: 447-455
DOI
Peer Reviewed
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