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2011 Fiscal Year Annual Research Report

シンセティックバイオロジーを活用した細胞機能制御技術の開発

Research Project

Project/Area Number 23681042
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

齊藤 博英  京都大学, 次世代研究者育成センター, 准教授 (20423014)

KeywordsRNA / 合成生物学 / 翻訳 / RNP / バイオエンジニアリング / 遺伝子回路 / 細胞分化 / 遺伝子発現制御
Research Abstract

細胞機能を自在に制御する人工生体分子複合体や人工システムを創成することは、シンセティック・バイオロジー分野の研究目標の一つである。しかしながら、機能性分子のデザイン研究は端緒についたばかりであり、設計された分子やシステムが目的の挙動を示さない場合が多い。従って、機能性分子のデザインのための新しい戦略・技術の開発が期待されている。本研究では、生体内で多彩な機能を担うRNA-タンパク質複合体(RNP)をデザイン・創製する方法を活用し、細胞の機能や運命を自在に制御できる技術を開発する。具体的には、以下2つの課題の達成を目指す。
1、RNP相互作用に基づいた新しい遺伝子発現制御システム(RNPスイッチ)の確立。
2、RNPスイッチを活用した細胞運命制御システムの構築。
本年度は、siRNAやマイクロRNAの前駆体であるshRNAを人為的に改変し、哺乳類細胞内で特異的に発現するタンパク質に依存して、目的遺伝子の発現を活性化する、人工RNP-ONスイッチを作成することに成功した。shRNAのループ部分には、任意のタンパク質結合モチーフを導入することができる。このタンパク質結合モチーフに特定のタンパク質が結合することで、shRNAを切断するダイサー酵素のshRNAへの結合が阻害され、その機能を抑制できる。したがって、特定のタンパク質発現に応じて、目的遺伝子を活性化する「ONスイッチ」が構築できる。また標的タンパク質に結合するRNAアプタマーをmRNAに組み込み、哺乳類細胞内で発現する入力因子の発現に依存して、mRNAからの遺伝子発現を定量制御できる技術の開発に成功した。さらに、構築した人工RNPスイッチを活用して、フィードバック制御機構により、細胞内タンパク質の発現レベルを調節できるシステムの開発に成功した。これら技術から、目的タンパク質と自身のmRNAを相互作用させることで、細胞内環境に応じた、タンパク質発現量の精密な制御が期待できる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度、研究目的に記載した、RNA-タンパク質相互作用に基づいた新しい遺伝子発現活性化システム(ONスイッチ)の確立に成功したため

Strategy for Future Research Activity

基盤技術としての開発に成功したRNAスイッチ技術を活用し、標的細胞の運命・分化制御システムへと展開する。

  • Research Products

    (27 results)

All 2012 2011

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (20 results)

  • [Journal Article] Feedback Control of Protein Expression in Mammalian Cells by Tunable Synthetic Translational Inhibition2012

    • Author(s)
      James A. Stapleton, Kei Endo, Yoshihiko Fujita, Karin Hayashi, Masahiro Takinoue, Hirohide Saito, and Tan Inoue
    • Journal Title

      ACS Synth Biol

      Volume: 1(3) Pages: 83-88

    • DOI

      10.1021/sb200005w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 生物学史研究「生命システムの理解と制御を目指す合成生物学-その現状と課題-」2012

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Journal Title

      生物学史研究2012年2月号

      Volume: 86 Pages: 45-56

  • [Journal Article] Synthetic RNA-protein complex shaped like an equilateral triangle2011

    • Author(s)
      Hirohisa Ohno, Tetsuhiro Kobayashi, Rinko Kabata, Kei Endo, Takuma Iwasa, Shige Yoshimura, Kunio , Tan Inoue, and Hirohide Saito
    • Journal Title

      Nat Nanotechnol

      Volume: 6(2) Pages: 116-120

    • DOI

      10.1038/nnano.2010.268

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthetic human cell fate regulation by protein-driven RNA swiches2011

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Yoshihiko Fujita, Shunnichi Kashida, Karin Hayashi, Tan Inoue
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 2 Pages: 160

    • DOI

      10.1038/ncomms1157

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-Eeplicalion Reactions Dependent on Tertiary Interaction Motifs in an RNA Ligase Ribozyme2011

    • Author(s)
      Rei Ohmori, Hirohide Saito, Yochiya Ikawa, Yoshihiko Fujita, Tan Inoue
    • Journal Title

      Journal of Molecular Evolution

      Volume: 73 Pages: 221-229

    • DOI

      10.1007/s00239-011-9471-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light-Regulated mRNA Condensation by a Photosensitive Surfactant Works as a Series Photoswitch of Translation Activity in the Presence of Small RNAs2011

    • Author(s)
      Sergii Rudiuk, Hirohide Saito, Tomoaki Hara, Tan Inoue Kenichi Yoshikawa, Damein Baigl
    • Journal Title

      Biomacromolecules

      Volume: 12 Pages: 3945-3951

    • DOI

      10.1021/bm200962s

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 翻訳をON/OFFする人工RNAスイッチ-シンセティック・バイオロジーの新技術2011

    • Author(s)
      齊藤博英、井上丹
    • Journal Title

      化学2011年5月号(Vo.66 No5)

      Volume: 66 Pages: 46-50

  • [Presentation] 人工RNAを用いる新しい遺伝子操作技術2012

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      ヒト多機能性幹細胞の培養・解析の標準化レクチャーシリーズ第6回幹細胞の遺伝子操作の実践
    • Place of Presentation
      独立行政法人理化学研究所神戸研究所発生・再生科学総合研究センター(神戸市)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-02-02
  • [Presentation] 人工RNAスイッチ・ナノ構造体を活用した細胞運命制御システムの構築とイメージングへの可能性"Synthetic RNA switches and nanostructure for controlling sell function"2012

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      Center for Molecular Imaging Science Seminar
    • Place of Presentation
      独立行政法人理化学研究所神戸研究所分子イメージング科学研究センター(神戸市)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-02-01
  • [Presentation] iPSとYAC:両末端から生命-likeシステムの構築に迫る方法はあるか?2012

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      2011年度"Yet Another Artificial-Cells"研究会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(横浜市)
    • Year and Date
      2012-01-27
  • [Presentation] 人工RNA-タンパク質ナノ構造体を活用したバイオエンジニアリング2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第8回分子複合医薬研究会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所関西センター(大阪府池田市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-12-09
  • [Presentation] RNAシンセティックバイオロジーとアストロバイオロジーの接点2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第4回アストロバイオロジーワークショップ
    • Place of Presentation
      神戸大学(神戸市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-27
  • [Presentation] 人工RNA-タンパク質複合型ナノシステムによる細胞機能制御2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第17回創剤フォーラム若手研究会核酸工学・核酸医薬の新展開
    • Place of Presentation
      京都大学(京都市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-19
  • [Presentation] 人工RNAとiPS細胞を用いた精密な細胞運命制御にむけて2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      CiRA MINI-SYMPOSIUM 2011
    • Place of Presentation
      京都大学(京都市)
    • Year and Date
      2011-11-17
  • [Presentation] Mammalian mRNA engineering for controlling transgene expression in response to an intracellular protein2011

    • Author(s)
      Kei Endo, Tan Inoue, Hirohide Saito
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会4.0
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)
    • Year and Date
      2011-10-27
  • [Presentation] RNA/RNP molecular design and functional RNP nanostructure for controlling cell function2011

    • Author(s)
      Eriko Osada, Yoshihiko Fujita, Rie Furushima, Hirohisa Ohno, Tan Inoue, Hirohide Saito
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会4.0
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)
    • Year and Date
      2011-10-27
  • [Presentation] Synthetic RNA/RNP biology-based approaches to regulate cellular functions2011

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Yoshihiko Fujita, Kei Endo, Hirohisa Ohno, Shunnichi Kashida, Eriko Osada, Tan Inoue
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会4.0
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-10-27
  • [Presentation] Design and synthesis of RNA/RNP-based molecules and systems2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      ERATO International Symposium on Synthesizing life and biological systems
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-10-24
  • [Presentation] 人工RNAスイッチ・ナノ構造体を基盤とする細胞操作・運命制御システムの開発2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第5回物質科学フロンティアセミナー「新時代の物質創製を目指して-光、金属、生命を操る-」
    • Place of Presentation
      名古屋大学(名古屋市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-10-21
  • [Presentation] 生命の起源と宇宙の接点~生命は宇宙から降ってきた?2011

    • Author(s)
      大野博久、齊藤博英
    • Organizer
      第7回お寺で宇宙学
    • Place of Presentation
      浄慶寺(京都市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-30
  • [Presentation] RNPシンセティック・バイオロジー2011

    • Author(s)
      齊藤博英、藤田祥彦、樫田俊一、大野博久、遠藤慧、井上丹
    • Organizer
      第63回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都小金井市)
    • Year and Date
      2011-09-28
  • [Presentation] 分子デザイン型人工RNA-タンパク質複合体を活用した細胞機能制御技術の開発2011

    • Author(s)
      長田江里子、齊藤博英
    • Organizer
      第10回産学官連携推進会議
    • Place of Presentation
      東京国際フォーラム(東京都)
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] 分子ロボティクスにおけるRNA-タンパク質複合体の可能性2011

    • Author(s)
      齊藤博英、大野博久、井上丹
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都国際会館(京都市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] 人工RNAスイッチを活用した細胞機能・運命制御2011

    • Author(s)
      斎藤博英
    • Organizer
      遺伝子・デリバリー研究会第11回夏期セミナー
    • Place of Presentation
      三翠園ホテル(高知県高知市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-08-09
  • [Presentation] RNA-Protein複合体の分子デザインが拓く新世界2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      ERATO伊藤グライコトリロジープロジェクトシンポジウム
    • Place of Presentation
      独立行政法人理化学研究所和光研究所(埼玉県和光市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-07-27
  • [Presentation] 冷静と情熱のあいだ:RNAシンセティックバイオロジーの現状と未来2011

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      生化学若い研究者の会 初夏セミナー
    • Place of Presentation
      奈良女子大学(奈良県奈良市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-07-10
  • [Presentation] Synthetic approaches to construct RNA protein complexes-based nanostructures and translational regulatory system2011

    • Author(s)
      齊藤博英、大野博久、樫田俊一、遠藤慧、James A Stapleton、藤田祥彦、井上丹
    • Organizer
      第16回RNA Society Meeting
    • Place of Presentation
      京都国際会館(京都市)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-17

URL: 

Published: 2013-06-26  

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