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2012 Fiscal Year Research-status Report

オーミクス実験データ解釈におけるボトルネックの解消

Research Project

Project/Area Number 23710231
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

岩崎 渉  東京大学, 大気海洋研究所, 講師 (50545019)

Keywordsバイオインフォマティクス / データベース / ゲノム / ネットワーク / データ解釈 / データ可視化 / テキストマイニング / オーミクス
Research Abstract

爆発的なペースでオーミクス実験データが蓄積し続ける中、研究者がそれらのデータを論文や様々なデータベースの内容に照らし合わせつつ仮説を構築するステップが生命科学研究における深刻なボトルネックとなっている。この「解釈」に関して現在事実上の標準となっている手法としては,Gene Ontology中で統計学的に有意に関連するタームを発見するものがよく用いられている。しかし、Gene Ontologyで表現できる情報はごく限られたものであり、「すでによく知られた知識のオーミクスデータによる確認」を超えて新たな知識を得る上で限界があることが問題となっている。本研究では、論文データベースおよび近年様々なプロジェクトで整備されてきたデータベース群のデータをネットワークの形式で表現することで、膨大なオーミクス実験データの解釈を支援するための情報技術開発を行っている。平成24年度は、英文中からの遺伝子名の抽出(固有表現認識)技術を医学生物学分野の文献データベースPubMedに含まれる1000万件を超える英文アブストラクトに対して適用し、網羅的に遺伝子名の抽出および遺伝子IDとの対応付けを行った注釈付き文献データベースを構築した。さらに、このデータベースに対して、オーミクスデータから得られる遺伝子IDの一覧を入力することでそれらの遺伝子IDセットに統計的に有意に相関するキーフレーズをテキスト集合中から抽出するインターフェースを実装した。これにより、オーミクスデータを文献データベースと網羅的に対応づけオーミクスデータの解釈を加速するプロトタイプとなるシステムの構築に成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成23年度は東日本大震災およびそれに伴う解析サーバの停電があったため研究の遂行がやや遅れたが、平成24年度は平成23年度に達成できなかった点から順に研究を推進し、順調に遅れを取り戻しつつある。

Strategy for Future Research Activity

順調に研究推進の遅れを取り戻しつつあり、このまま当初計画通りに研究を推進することを目指す。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

一部計算機購入や研究発表旅費にかかる繰り越しが生じたが、順次、平成24年度に達成できなかった点に必要な研究費を使用する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 6 results)

  • [Journal Article] ENCODEプロジェクトで明らかになったこと2013

    • Author(s)
      尾崎遼,岩崎渉
    • Journal Title

      細胞工学

      Volume: 32 Pages: 101-106

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era2012

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki.
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 13 Pages: S24

    • DOI

      10.1186/1471-2164-13-S7-S24

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 水圏生物学における次世代シーケンサー活用の現状と応用可能性への展望2012

    • Author(s)
      佐藤行人,八谷剛史,岩崎渉
    • Journal Title

      水産育種

      Volume: 41 Pages: 17-32

  • [Presentation] インタラクティブ・マルチスケール・ネットワーク・ナビゲーション2013

    • Author(s)
      岩崎渉,タネート プラーニーナラーラト,高木利久
    • Organizer
      第52回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)・第17回オープンバイオ研究会
    • Place of Presentation
      北陸先端科学技術大学院大学(能美)
    • Year and Date
      20130329-20130330
  • [Presentation] メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発

    • Author(s)
      尾崎遼,岩崎渉,高木利久
    • Organizer
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      長浜バイオ大学(長浜)
  • [Presentation] 遺伝子の旅と地球の変動

    • Author(s)
      岩崎渉
    • Organizer
      生命情報科学若手の会 第4回研究会
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(岡崎)
  • [Presentation] 生命科学データの表現と解釈

    • Author(s)
      岩崎渉
    • Organizer
      産業技術総合研究所生命情報工学研究センターHPCIセミナー
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所生命情報工学研究センター(東京)
    • Invited
  • [Presentation] 時計タンパク質CLOCKのChIP-Seq解析と概日性トランスクリプトーム解析

    • Author(s)
      吉種光,尾崎遼,寺嶋秀騎,ゴク・ヒエンズ,岩崎渉,鈴木穣,深田吉孝
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      マリンメッセ福岡(福岡)
  • [Presentation] 時計タンパク質CLOCKのChIP-Seq解析と概日性トランスクリプトーム解析

    • Author(s)
      吉種光,尾崎遼,寺嶋秀騎,ゴク・ヒエンズ,岩崎渉,鈴木穣,深田吉孝
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      マリンメッセ福岡(福岡)
  • [Presentation] ゲノムインフォマティクスは系統分類学にパラダイムシフトを引き起こすか?

    • Author(s)
      岩崎渉
    • Organizer
      第32回日本微生物系統分類研究会年次大会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所 つくばセンター(つくば)
    • Invited
  • [Presentation] 系統推定結果の表現と認識

    • Author(s)
      岩崎渉
    • Organizer
      第166回農林交流センターワークショップ
    • Place of Presentation
      農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所(つくば)
    • Invited
  • [Presentation] この広い地球とバイオインフォマティクス

    • Author(s)
      岩崎渉
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京)
    • Invited
  • [Presentation] Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era

    • Author(s)
      Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki
    • Organizer
      11th International Conference on Bioinformatics
    • Place of Presentation
      Bangkok, Thailand
  • [Presentation] Bioinformatics for eco-systems biology

    • Author(s)
      Wataru Iwasaki
    • Organizer
      The 28th Annual meeting of the Japanese Society of Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      豊橋技術科学大学(豊橋)
    • Invited
  • [Presentation] この青い惑星で微生物はどのように進化してきたのか?

    • Author(s)
      岩崎渉
    • Organizer
      第16回 微研部員会主催セミナー
    • Place of Presentation
      大阪大学微生物病研究所(大阪)
    • Invited
  • [Presentation] How can bioinformatics open up new fields in marine microbiology?

    • Author(s)
      Wataru Iwasaki
    • Organizer
      CREST International Workshop on Aquatic Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      東京大学大気海洋研究所(柏)

URL: 

Published: 2014-07-24  

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