2013 Fiscal Year Research-status Report
オーミクス実験データ解釈におけるボトルネックの解消
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23710231
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
岩崎 渉 東京大学, 大気海洋研究所, 講師 (50545019)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / データベース / ゲノム / ネットワーク / データ解釈 / データ可視化 / テキストマイニング / オーミクス |
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| Research Abstract |
爆発的なペースでオーミクス実験データが蓄積し続ける中、研究者がそれらのデータを論文や様々なデータベースの内容に照らし合わせつつ仮説を構築するステップが生命科学研究における深刻なボトルネックとなっている。この「解釈」に関して現在事実上の標準となっている手法としては，Gene Ontology中で統計学的に有意に関連するタームを発見するものがよく用いられている。しかし、Gene Ontologyで表現できる情報はごく限られたものであり、「すでによく知られた知識のオーミクスデータによる確認」を超えて新たな知識を得る上で限界があることが問題となっている。本研究では、論文データベースおよび近年様々なプロジェクトで整備されてきたデータベース群のデータをネットワークの形式で表現することで、膨大なオーミクス実験データの解釈を支援するための情報技術開発を行っている。平成２５年度は、平成２４年度までに作成した医学生物学分野の文献データベースPubMedから遺伝子名およびキーフレーズを抽出したデータベースを用い、ユーザーが興味を持つ医学生物学概念および遺伝子名セットのクエリに応じて関連キーフレーズをネットワーク形式で抽出する機能を実装した。これにより、オーミクスデータを文献データベースと網羅的に対応づけオーミクスデータの解釈を加速するシステムの基盤が構築できた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成２３年度に東日本大震災およびそれに伴う解析サーバの停電があったため研究の遂行がやや遅れたが、順調に遅れを取り戻しつつある。
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| Strategy for Future Research Activity |
このまま当初計画通りに研究を推進する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
研究代表者の異動に伴い、年度をまたぐ研究に関して計算機購入や研究発表旅費にかかる繰り越しが生じた。
平成26年度に順次執行する。
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[Journal Article] CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and non-canonical E-boxes.2014
Author(s)
Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
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Journal Title
Molecular and Cellular Biology
Volume: 34
Pages: 1776-1787
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Evolutionary Origin of the Scombridae (Tunas and Mackerels): Members of a Paleogene Adaptive Radiation with 14 Other Pelagic Fish Families.2013
Author(s)
Masaki Miya, Matt Friedman, Takashi P. Satoh, Hirohiko Takeshima, Tetsuya Sado, Wataru Iwasaki, Yusuke Yamanoue, Masanori Nakatani, Kohji Mabuchi, Jun G. Inoue, Jan Yde Poulsen, Tsukasa Fukunaga, Yukuto Sato, and Mutsumi Nishida.
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Journal Title
PLOS ONE
Volume: 8
Pages: e73535
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] MitoFish and MitoAnnotator: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Accurate and Automatic Annotation Pipeline.2013
Author(s)
Wataru Iwasaki, Tsukasa Fukunaga, Ryota Isagozawa, Koichiro Yamada, Yasunobu Maeda, Takashi P. Satoh, Tetsuya Sado, Kohji Mabuchi, Hirohiko Takeshima, Masaki Miya, and Mutsumi Nishida.
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Journal Title
Molecular Biology and Evolution
Volume: 30
Pages: 2531-2540
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Novel marine moderately thermophilic microbes isolated from microbial consortium depends on methane2013
Author(s)
Mio Takeuchi, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Kenshiro Oshima, Taiki Katayama, Takao Yamagishi, Wataru Iwasaki, Yoichi Kamagata, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Masahira Hattori, Yuichi Suwa, and Susumu Sakata
Organizer
The 5th Taiwan-Korea-Japan International Symposium on Microbial Ecology
Place of Presentation
National Central University, Jhongli, Taiwan
Year and Date
20131031-20131102
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[Presentation] MitoFish and MitoAnnotator: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Accurate and Automatic Annotation Pipeline2013
Author(s)
Wataru Iwasaki, Tsukasa Fukunaga, Ryota Isagozawa, Koichiro Yamada, Yasunobu Maeda, Takashi P. Satoh, Tetsuya Sado, Kohji Mabuchi, Hirohiko Takeshima, Masaki Miya, and Mutsumi Nishida
Organizer
日本バイオインフォマティクス学会2013年年会／第2回生命医薬情報学連合大会
Place of Presentation
タワーホール船堀，東京
Year and Date
20131029-20131031
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