2014 Fiscal Year Annual Research Report
オーミクス実験データ解釈におけるボトルネックの解消
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23710231
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
岩崎 渉 東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50545019)
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| Project Period (FY) |
2011-04-28 – 2015-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / データベース / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
爆発的なペースでオーミクス実験データが蓄積し続ける中、研究者がそれらのデータを論文や様々なデータベースの内容に照らし合わせつつ仮説を構築するステップが生命科学研究における深刻なボトルネックとなっている。この「解釈」に関して現在事実上の標準となっている手法としては，Gene Ontology中で統計学的に有意に関連するタームを発見するものがよく用いられている。しかし、Gene Ontologyで表現できる情報はごく限られたものであり、「すでによく知られた知識のオーミクスデータによる確認」を超えて新たな知識を得る上で限界があることが問題となっている。本研究では、論文データベースおよび近年様々なプロジェクトで整備されてきたデータベース群のデータをネットワークの形式で表現することで、膨大なオーミクス実験データの解釈を支援するための情報技術開発を行っている。平成２６年度は、平成２５年度までに作成したソフトウェアを、肺がんサンプルから得られたSNVデータなど様々なオーミクスデータへと適用し、作成された医学生物学概念ネットワークから仮説生成を行った。さらに、RNA-SeqデータとChIP-Seqデータの統合解析によるマウス肝臓における概日時計ネットワークの俯瞰的解明、細菌性ロドプシン遺伝子を持つ微生物ゲノム進化の解明、魚類における浸透圧関連遺伝子の網羅的同定、動画データ解析による複数動物トラッキングアルゴリズムの開発などの成果が得られた。
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[Journal Article] Tepidicaulis marinus gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium reducing nitrate to nitrous oxide strictly under microaerobic conditions.2015
Author(s)
Mio Takeuchi, Takao Yamagishi, Yoichi Kamagata, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Taiki Katayama, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Wataru Iwasaki, Yuichi Suwa, and Susumu Sakata.
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Journal Title
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, published online (2015)
Volume: in press
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and non-canonical E-boxes.2014
Author(s)
Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
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Journal Title
Molecular and Cellular Biology
Volume: 34
Pages: 1776-1787
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Crossing Borders for Science.2014
Author(s)
Sebastian J. Schultheiss, Joshua SungWoo Yang, Wataru Iwasaki, Shu-Hsi Lin, Angela Jean, and Magali Michaut
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Journal Title
PLOS Computational Biology
Volume: 10
Pages: e1003519
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Methylocaldum marinum sp. nov., a novel thermotolerant methane oxidizing bacterium isolated from marine sediments.2014
Author(s)
Mio Takeuchi, Yoichi Kamagata, Kenshiro Oshima, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Masahira Hattori, Wataru Iwasaki, and Susumu Sakata.
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Journal Title
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
Volume: 64
Pages: 3240-3246
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] CLOCKによる古典的・非古典的E-boxを介した概日時計の“多声的”制御2014
Author(s)
Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
Organizer
日本バイオインフォマティクス学会2014年年会／第3回生命医薬情報学連合大会
Place of Presentation
仙台国際センター（宮城県仙台市）
Year and Date
2014-10-03
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