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2013 Fiscal Year Final Research Report

Novel QSAR analysis based on protein-ligand interaction using molecular calculation

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 23710272
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Chemical biology
Research InstitutionThe University of Tokushima

Principal Investigator

YOSHIDA Tatsusada  徳島大学, ヘルスバイオサイエンス研究部, 助教 (80527557)

Project Period (FY) 2011 – 2012
Keywords金属タンパク質 / 定量的構造活性相関 / 分子間相互作用 / 分子軌道法 / 理論・計算化学
Research Abstract

We examined the atomic and electronic mechanism underlying binding between zinc-containing proteins and a series of ligands, using the QM (Quantum mechanics)/MM (Molecular Mechanics) and ab initio FMO (Fragment Molecular Orbital) calculations and LERE (Linear Expression by Representative Energy terms)-QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) procedure. As a result, the LERE-QSAR procedure demonstrated to quantitatively reveal differences in the binding mechanisms between the several cases involving similar but different zinc-containing proteins at the electronic and atomic levels.

  • Research Products

    (29 results)

All 2014 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (24 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] A Simple and Efficient Dispersion Correction to the Hartree-Fock Theory2014

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida, Akira Mashima, Katsunori Sasahara, Hiroshi Chuman
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      Volume: Vol.24 Pages: 1037-1042

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2014.01.020

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modeling of Human Neuraminidase-1 and Its Validation by LERE-Correlation Analysis2013

    • Author(s)
      Seiji Hitaoka,Yuto Shibata, Hiroshi Matoba, Akihiro Kawano, Masataka Harada, M Motiur Rahman, Daisuke Tsuji, Takatsugu Hirokawa, Kohji Itoh, Tatsusada Yoshida, Hiroshi Chuman
    • Journal Title

      Chem-Bio Informatics Journal

      Volume: Vol.13 Pages: 30-44

    • DOI

      10.1273/cbij.13.30

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Combined QM/MM (ONIOM) and QSAR Approach to the Study of Complex Formation of Matrix Metalloproteinase-9 with a Series of Biphenylsulfonamides -LERE-QSAR Analysis (V)2012

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida, Seiji Hitaoka, Akira Mashima, Takuya Sugimoto, Hiroshi Matoba, Hiroshi Chuman
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: Vol.116 Pages: 10283-10289

    • DOI

      10.1021/jp305476x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Density Functional Theory Study of Hydrogen Atom Abstraction form a Series of para-Substituted Phenols : Why is the Hammett σp+ Constant Able to Represent Radical Reaction Rates?2011

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida, Koji Hirozumi, Masataka Harada, Seiji Hitaoka, Hiroshi Chuman
    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: Vol.76 Pages: 4564-4570

    • DOI

      10.1021/jo200450p

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] LERE-QSAR解析の精密化とその検証2013

    • Author(s)
      吉田達貞
    • Organizer
      第41回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      関西学院会館 (兵庫県)
    • Year and Date
      20131107-08
  • [Presentation] セリンプロテアーゼ触媒反応のLERE-QSAR解析-トリプシンによる置換馬尿酸フェニルの加水分解反応機構2013

    • Author(s)
      馬島彬
    • Organizer
      第41回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      関西学院会館 (兵庫県)
    • Year and Date
      20131107-08
  • [Presentation] LERE-QSAR解析による絶対立体配置の識別 : インフルエンザ・ノイラミニダーゼとピロリジン系化合物との相互作用解析2013

    • Author(s)
      河野明大
    • Place of Presentation
      関西学院会館 (兵庫県)
    • Year and Date
      20131107-08
  • [Presentation] 分子科学計算によるアゾール系化合物-ヒトCYP2B6複合体における相互作用解析に基づくLERE-QSAR解析2013

    • Author(s)
      坂本修平
    • Place of Presentation
      関西学院会館 (兵庫県)
    • Year and Date
      20131107-08
  • [Presentation] ヒドロキサム酸系 MMP阻害剤の LERE-QSAR解析2013

    • Author(s)
      杉本拓弥
    • Place of Presentation
      関西学院会館 (兵庫県)
    • Year and Date
      20131107-08
  • [Presentation] Estimation of Non-covalent Interactions with a New Efficient Dispersion Corrected HF Approach2013

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会 (CBI/JSBi/Omix合同大会)
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀 (東京都)
    • Year and Date
      20131028-31
  • [Presentation] Binding Mechanism of KNI-272 with HIV-1 Protease2013

    • Author(s)
      Takahisa Hayashi
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会 (CBI/JSBi/Omix合同大会)
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀 (東京都)
    • Year and Date
      20131028-31
  • [Presentation] LERE-QSAR Analysis of Binding of γ-Lactum Hydroxamic Acid Derivatives with Tumor Necrosis Factor-Alpha Converting Enzyme2013

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会 (CBI/JSBi/Omix合同大会)
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀 (東京都)
    • Year and Date
      20131028-31
  • [Presentation] Estimation of Non-covalent Interactions with a New Efficient Dispersion Corrected HF Approach2013

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida
    • Organizer
      7th International Symposium on Computaional Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources
    • Place of Presentation
      Grand Hilton Seoul (韓国・ソウル)
    • Year and Date
      20131008-12
  • [Presentation] LERE-QSAR解析によるbilinear modelの新しい解釈 : トリアジン誘導体とジヒドロ葉酸還元酵素との複合体形成2012

    • Author(s)
      山内香子
    • Organizer
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市図書館交流プラザ・りぶら (愛知県)
    • Year and Date
      20121129-30
  • [Presentation] LERE-QSAR解析の酵素触媒反応への適用 : トリプシンによる置換馬尿酸フェニルの加水分解反応のミカエリス・メンテン定数および反応速度定数の定量的解析2012

    • Author(s)
      馬島彬
    • Organizer
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市図書館交流プラザ・りぶら (愛知県)
    • Year and Date
      20121129-30
  • [Presentation] A Combined QM/MM (ONIOM) and QSAR Approach to the Study of Complex Formation of Matrix Metalloproteinase-9 with a Series of Biphenylsulfonamides in Comparison of that of bovine Carbonic Anhydrase II with a Series of Benzenesulfonamides -Comparative LERE-QSAR Analysis-2012

    • Author(s)
      杉本拓弥
    • Organizer
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市図書館交流プラザ・りぶら (愛知県)
    • Year and Date
      20121129-30
  • [Presentation] 非経験的分子軌道法計算を用いたリレンザおよびその誘導体とインフルエンザ・ノイラミニダーゼとの結合自由エネルギー変化のQSAR解析- Fragment Based LERE-QSAR2012

    • Author(s)
      的場弘
    • Organizer
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市図書館交流プラザ・りぶら (愛知県)
    • Year and Date
      20121129-30
  • [Presentation] β-セクレターゼ阻害剤の Lead Evolutionと Optimization : 分子科学計算による薬物 -タンパク質間相互作用からの定量的考察2012

    • Author(s)
      相原薫
    • Organizer
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市図書館交流プラザ・りぶら (愛知県)
    • Year and Date
      20121129-30
  • [Presentation] リガンド-タンパク質の複合体形成に及ぼす溶媒効果の検討 : LERE-QSAR解析における水和自由エネルギー項の定量的評価、リガンド-タンパク質の複合体形成に及ぼす溶媒効果の検討: LERE-QSAR解析における水和自由エネルギー項の定量的評価2012

    • Author(s)
      比多岡清司
    • Organizer
      第40回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市図書館交流プラザ・りぶら (愛知県)
    • Year and Date
      20121129-30
  • [Presentation] A New Efficient Approach to Solvation Energy Change Assciated with Complex Formation of Ligand with Protein : Critical Comparison of Various Solvation Energy Calculations2012

    • Author(s)
      Seiji Hitaoka
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会 (CBI/JSBi/Omix合同大会)
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀 (東京都)
    • Year and Date
      20121014-17
  • [Presentation] A Novel Fragment Based QSAR Using FMO and LERE : Binding Affinity of Relenza and Its Analogues with Influenza Virus Neuraminidase2012

    • Author(s)
      Hiroshi Matoba
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会 (CBI/JSBi/Omix合同大会)
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀 (東京都)
    • Year and Date
      20121014-17
  • [Presentation] A Novel and Consistent Approach to Enzaymatic Reactions Using Ab Initio MO Calculations : Trypsin Catalysis of a Series of Substrates2012

    • Author(s)
      Akira Mashima
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会 (CBI/JSBi/Omix合同大会)
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀 (東京都)
    • Year and Date
      20121014-17
  • [Presentation] 古典 QSAR解析におけるσp+の理論的解釈-密度半関数法分子軌道計算に基づくpara-置換フェノールの水素引き抜き反応に関する解析-2011

    • Author(s)
      吉田達貞
    • Organizer
      第39回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京理科大学薬学部 (東京都)
    • Year and Date
      20111128-29
  • [Presentation] Why Does Tamiflu Have a Branched Alkoxy Side Chain?2011

    • Author(s)
      比多岡清司
    • Organizer
      第39回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京理科大学薬学部 (東京都)
    • Year and Date
      20111128-29
  • [Presentation] インフルエンザノイラミニダーゼ-シアル酸誘導体複合体相互作用の非経験的フラグメント分子軌道法に基づく相関解析 (LERE-QSAR)2011

    • Author(s)
      比多岡清司
    • Organizer
      第39回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京理科大学薬学部 (東京都)
    • Year and Date
      20111128-29
  • [Presentation] Molecular Calculation on Complexes of DHFR with Substituted Triazines2011

    • Author(s)
      山内香子
    • Organizer
      CBI/JSBi 2011合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場 (兵庫県)
    • Year and Date
      20111108-09
  • [Presentation] Interpretation on Structural Transformation of BACE-1 Inhibitors Using Fragment Molecular Orbital Calculations2011

    • Author(s)
      相原薫
    • Organizer
      CBI/JSBi 2011合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場 (兵庫県)
    • Year and Date
      20111108-09
  • [Presentation] Linear Expression by Representative Energy Terms Analysis on Binding Affinity of Sialic Acid Analogues with Influenza Virus Neuraminidase-1-Why Does Tamiflu Have a Branched Alkoxy Side Chain?-2011

    • Author(s)
      比多岡清司
    • Organizer
      CBI/JSBi 2011合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場 (兵庫県)
    • Year and Date
      20111108-09
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.tokushima-u.ac.jp/ph/faculty/labo/ana

URL: 

Published: 2015-06-25  

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