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2013 Fiscal Year Annual Research Report

多目的最適化と対話型最適化を利用した蛋白質-リガンドドッキングプログラムの開発

Research Project

Project/Area Number 23790137
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

小田 彰史  金沢大学, 薬学系, 准教授 (50433511)

Keywordsタンパク質-リガンドドッキング / 多目的最適化 / 対話型最適化 / 分子シミュレーション / Ligand-based drug design
Research Abstract

平成25年度は、前年度に引き続いて多目的最適化の概念をタンパク質-リガンドドッキングに応用する研究を行ったとともに、多数得られるドッキングポーズのいずれを選択するかについていくつかの方法を試行した。前年度までに使用するスコア関数の組み合わせを制限して偽陽性を減らす方法や、Ligand-Based Drug Design (LBDD) の技術を用いてドッキングポーズを選別する方法について検討してきたが、本年度では実験データが存在する場合にそれを利用する方法や、分子シミュレーションの結果を参考にしてドッキングポーズを選択する方法について調査を行った。計算機を利用した創薬は実験と協働して機能することが望まれているが、タンパク質-リガンド複合体構造の推定においてもそれが有用であることを示した。分子シミュレーションはそれと対照的に計算化学的な方法であるが、これについては実験的なデータが得られていない(あるいはそもそも得にくい)系に対しても検討することが可能であることがわかった。
また一方で、ドッキング手法そのものについての検討も行った。コンピュータで用意したリガンドの立体構造がドッキング結果にどのような影響を及ぼすか、いくつかのドッキングソフトウェアに対してベンチマークを行った。またホウ素含有化合物やアミノ酸の変異過程における中間体など、従来計算化学で扱うことの困難であった系を扱えるようにするためのパラメータの構築についても行った。
研究機関全体を通じて、多目的最適化をタンパク質-リガンドドッキングに応用する手法を構築し、また得られたドッキングポーズを実験データやLBDD手法、分子シミュレーションなどを用いて対話的に処理するための方策についても確立した。これらの結果はin silico創薬において必須のタンパク質-リガンド複合体構造の構築に有用であることが期待できる。

  • Research Products

    (16 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 結合型D-アミノ酸についての計算機的研究2014

    • Author(s)
      小田彰史
    • Journal Title

      D-アミノ酸学会誌

      Volume: 2(1) Pages: 1-6

  • [Journal Article] Effects of initial settings on computational protein-ligand docking accuracies for several docking programs2014

    • Author(s)
      Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
    • Journal Title

      Molecular Simulation

      Volume: 40 Pages: in press

  • [Journal Article] Evaluation of influence of single nucleotide polymorphisms in cytochrome P450 2B6 on substrate recognition using computational docking and molecular dynamics simulation2014

    • Author(s)
      Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 9 Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multi-objective Optimizations for Selections of Protein-Ligand Docking Poses using Pareto Optima as a Consensus Score2014

    • Author(s)
      Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
    • Journal Title

      JPS Conference Proceedings

      Volume: 1 Pages: 016005

    • DOI

      10.7566/JPSCP.1.016005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluations of the conformational search accuracy of CAMDAS using experimental three-dimensional structures of protein-ligand complexes2013

    • Author(s)
      A. Oda, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Takano, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
    • Journal Title

      J. Phys. : Conf. Ser

      Volume: 454 Pages: 012028

    • DOI

      10.1088/1742-6596/454/1/012028

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Determination of AMBER Force Field Parameters for Thioester by Quantum Chemical Calculations2013

    • Author(s)
      Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, and Ohgi Takahashi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 42 Pages: 1206-1208

    • DOI

      10.1246/cl.130517

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 生命の起源におけるタンパク質ワールド仮説に登場する [GADV]-タンパク質のスレッディングおよびab initioモデリングによる立体構造推定2013

    • Author(s)
      小田彰史、福吉修一、中垣良一
    • Journal Title

      Journal of Computer Aided Chemistry

      Volume: 14 Pages: 23-35

    • DOI

      10.2751/jcac.14.23

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] PI3KがHDAC阻害剤ロミデプシンを認識する機構の分子動力学シミュレーションによる解析

    • Author(s)
      小田彰史、西條憲、石岡千加史、加藤正、福吉修一、中垣良一、高橋央宜
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本市総合体育館(熊本)
  • [Presentation] Effects of Initial Settings on Computational Protein-Ligand Docking Accuracies for several Docking Programs

    • Author(s)
      Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
    • Organizer
      3rd International Conference on Molecular Simulation
    • Place of Presentation
      Kobe International Conference Center (Kobe)
  • [Presentation] タンパク質中D-アミノ酸残基のin silico解析

    • Author(s)
      小田彰史
    • Organizer
      ERATO浅野プロジェクト講演会・酵素化学工学セミナー
    • Place of Presentation
      富山県立大学(射水)
    • Invited
  • [Presentation] チオエステル周辺のAMBER力場の開発および評価

    • Author(s)
      小田彰史, 福吉修一, 中垣良一, 高橋央宜
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都)
  • [Presentation] TEDB-TB analogs as new classes of tubulin inhibitors

    • Author(s)
      Kyoko Nakagawa-Goto, Akifumi Oda, Ernest Hamel, Emika Ohkoshi, Bastow F Kenneth, Kuo-Hsiung Lee, Masuo Goto
    • Organizer
      246th ACS National Meeting
    • Place of Presentation
      Indiana Convention Center (Indianapolis)
  • [Presentation] タンパク質中に残基として含まれるD-アミノ酸をコンピュータで取り扱う

    • Author(s)
      小田彰史
    • Organizer
      第9回D-アミノ酸研究会学術講演会
    • Place of Presentation
      関西大学(吹田)
    • Invited
  • [Presentation] Computational studies on substrate recognition mechanism of protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase

    • Author(s)
      Akifumi Oda, Ikuhiko Noji, Kana Kobayashi, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
    • Organizer
      International Conference on Structural Genomics 2013 -Structural Life Science-
    • Place of Presentation
      Keio Plaza Hotel Sapporo (Sapporo)
  • [Presentation] Novel consensus scoring strategy for evaluations of protein-ligand docking poses using multiobjective optimization

    • Author(s)
      A. Oda, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
    • Organizer
      The 12th Asia Pacific Physics Conference
    • Place of Presentation
      Makuhari Messe (Chiba)
  • [Remarks] 金沢大学 活性相関物理化学研究室

    • URL

      http://www.p.kanazawa-u.ac.jp/~bukka/

URL: 

Published: 2015-05-28  

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