2011 Fiscal Year Research-status Report
原発性胆汁性肝硬変の新規ウイルス感染の可能性とアネロウイルス属の疾患関連性の検討
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23790765
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
二宮 匡史 東北大学, 大学病院, 医員 (70583938)
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| Project Period (FY) |
2011-04-28 – 2013-03-31
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| Keywords | 肝炎ウイルス / 次世代シークエンサー / 原発性胆汁性肝硬変 |
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| Research Abstract |
NOD.c3c4マウス、原発性胆汁性肝硬変の患者血清よりRDV法にて未知のウイルス遺伝子の同定を試みる前に、慢性C型肝炎患者血清から、HCVウイルスの遺伝子を同様の方法で検出可能かどうか試みた。Nested PCR法を工夫することで、HCVゲノムの数十塩基１フレームのみ検出されたが、他サンプルの検討に用いるレベルではないと判断した。そのため、次世代シークエンサーを用いて未知のウイルス遺伝子検出可能かどうか試みた。【方法】HCV患者血清を使用。800μlの血清よりMagMAX Viral RNA Isolation Kitを用いて、血清内のtotal RNAを抽出。抽出したtotal RNAを用いて、mRNA-Seq Sample Prep Kitを使用し、ライブラリ作製した。Genome Analyzer IIxを用いて76-mer single-end sequenceを行った。得られたreadからヒトgenome由来のreadを除いたあと、データベースより970株のHCV genomeにmapping解析行った。【成績】970株のmapping解析を行った結果、8583 readsがMD2-2 (DDBJ: accession no.AF165053)にmappingされた。約0.1%のreadがHCVゲノム由来であった。Coverageは99.8%、平均sequencing depthは69.5Xを示した。NS3 (nt 4041-4583)領域では、アミノ酸塩基５カ所のvariantsを認め、K213K/R (18 26%/52 74%)、G237G/S (41 46%/49 54%)、P264P/S/A (20 42%/19 40%/9 19%)、S297S/A (63 81%/15 19%)、A358A/T (20 21%/75 79%)であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
血清からRDV法で未知のウイルス遺伝子を検出するには、ウイルス由来のゲノムが微量であることや感度の観点から困難。RDA法は手技が煩雑になりやすく微量の検体からの抽出は困難なことより、次世代シークエンサーを用いた方法を施行中なため。
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| Strategy for Future Research Activity |
RDV法より次世代シークエンサーを用いるほうが、新規や未知のウイルス遺伝子の検出が可能である。そのため、今後はこちらを使用する方法に変更し、解析していく予定である。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
研究費の使用計画は概ね、当初の予定どおりである。
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Research Products
(6 results)
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[Journal Article] Use of Illumina Deep Sequencing Technology To Differentiate Hepatitis C Virus Variants2012
Author(s)
Ninomiya M, Ueno Y, Funayama R, Nagashima T, Nishida Y, Kondo Y, Inoue J, Kakazu E, Kimura O, Nakayama K, Shimosegawa T
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Journal Title
Journal of Clinical Microbiology
Volume: 50(3)
Pages: 857-866
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Efficiency of detecting hepatitis C virus using deep sequencing technology: high faculty to differentiate the viral variants compared with Sanger sequencing2011
Author(s)
Masashi Ninomiya, Yoshiyuki Ueno, Ryo Funayama, Yuishiro Nishida, Yasuteru Kondo, Jun Inoue, Eiji Kakazu, Osamu Kimura, Takao Iwasaki, Keiko Nakayama, Tooru Shimosegawa
Organizer
AASLD
Place of Presentation
アメリカ
Year and Date
2011.11.4-8
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[Book] 肝胆膵2011
Author(s)
二宮匡史、福島耕二、上野義之、下瀬川徹
Total Pages
665-670
Publisher
アークメディア
