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2013 Fiscal Year Annual Research Report

ALLーandーNone法を用いた網羅的プロテオミクスによる膜性腎症抗原の同定

Research Project

Project/Area Number 23790933
Research InstitutionNiigata University

Principal Investigator

アブデルガワッド サマー  新潟大学, 医歯(薬)学総合研究科, 研究員 (50529469)

Keywordsプロテオミクス / 腎臓 / レベル フリー / FFPE
Research Abstract

私たちは、このプロジェクトで、膜性腎症の病態、病因を明らかにすることを目的にして研究を行ってきた。
私たちが考案した方法である、ショットガン法によるプロテオーム解析と、単純かつ効果的なヴィジュアル ベーシック言語(VBA)を組み合わせた方法(All and None方法)を用いて、膜性腎症の30症例の腎組織で、解析を行った。まず、膜性腎症の腎組織切片で病変が認められた糸球体をレーザーマイクロダイセクション(MMI, CellCut)で切り取り、50個の糸球体を集めた。その後、それらの糸球体からタンパク質を抽出し、トリプシンで消化し、c-18カラムのステージチップで精製後得られたペプチド(50個の糸球体から1マイクログラム)を用いて、ハイパフォーマンス質量分析装置(LC-MS/MS)で分析、解析を行った。また、正常腎組織切片を用いて、同様に解析を行い、比較対照とした。タンパク質の同定には、マスコット解析ソフトを用いた。
その結果から、膜性腎症の糸球体で特徴的な、病因、病態にかかわると思われるタンパク質を選び出し、そのプロテオーム情報をまとめた。また、これらのタンパク質のいくつかについて、発表されている文献を参照し、より詳細な検討を行った。更に、このデータをHuman Kidney and Urine Proteome Project (HKUPP)のデータベースと統合させ、膜性腎症の病態生理学的解明に役立てていきたい。

  • Research Products

    (4 results)

All 2014 2013

All Journal Article (3 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Basics and recent advances of two dimensional- polyacrylamide gel electrophoresis.2014

    • Author(s)
      Magdeldin S, Enany S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Zureena Z, Lokamani I, Yaoita E, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Clin Proteomics

      Volume: 15 Pages: 1-16

    • DOI

      doi:10.1186/1559-0275-11-16

  • [Journal Article] Deep Proteome Mapping of Mouse Kidney Based on OFFGel Prefractionation Reveals Remarkable Protein Post- Translational Modifications.2014

    • Author(s)
      Magdeldin S, Yamamoto K, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Fujinaka H, Yaoita E, Yates JR 3rd, Yamamoto T
    • Journal Title

      J Proteome Res.

      Volume: 17 Pages: -

    • DOI

      DOI: 10.1021/pr401122m

  • [Journal Article] Decreased urinary calbindin 1 levels in proteinuric rats and humans with distal nephron segment injuries.2013

    • Author(s)
      Iida T, Fujinaka H, Xu B, Zhang Y, Magdeldin S, Nameta M, Liu Z, Yoshida Y, Yaoita E, Tomizawa S, Saito A, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Clin Exp Nephrol.

      Volume: 18 Pages: -

    • DOI

      10.1007/s10157-013-0835-3

  • [Presentation] Deep Proteome Mapping of Mouse Kidney Based on OFFGel Prefractionation Reveals Remarkable Protein Post- Translational Modifications.2013

    • Author(s)
      Sameh Magdeldin
    • Organizer
      Hupo 2013
    • Place of Presentation
      Yokohama, Japan
    • Year and Date
      20130914-20130918

URL: 

Published: 2015-05-28  

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