2012 Fiscal Year Annual Research Report
カロリー制限、肥満、糖尿病アカゲザルの次世代シークエンサーを用いた解析
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23791027
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
北本 綾 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教務補佐員 (30381627)
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| Keywords | アカゲザル / 次世代シークエンス / 肥満 / 2型糖尿病 / メチル化 |
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| Research Abstract |
異所性脂肪蓄積とされる非アルコール性脂肪肝炎（NAFLD）についてゲノムワイド相関解析（GWAS）を行った。対象は392人の非アルコール性脂肪肝炎（NAFLD）患者でコントロールは JSNPのデータベース（934人）を用いた。 P<10-5となったSNPについて、別の172人のNAFLDと1012人のコントロールでタイピングを行った。その結果、PNPLA3、SAMM50遺伝子、及びPARVB遺伝子のイントロン1を含む領域がP<10-9と有意差を認めた。GWASでNAFLD感受性領域を同定できたので、この領域に関してアカゲザルでターゲットリシークエンスを行った。2型糖尿病のアカゲザル6匹、肥満で2型糖尿病のないアカゲザル2匹、正常（非肥満、非糖尿病）のアカゲザル4匹の組織から抽出したゲノムを用いて、long PCRを行い、増幅産物を次世代シークエンサーで解析した。領域内には配列の決まっていない所が6ヵ所あったが、de novoアッセンブルにより配列決定出来た。ヒトと同様にアカゲザルにも多型を認め、約1500ヵ所の多型を同定した。ほとんどが新規の多型であった。PNPLA3、SAMM50遺伝子、及びPARVB遺伝子を含む領域の配列を決定出来たので、各遺伝子のプロモーター領域のCpG islandを検索し、メチル化解析用のプライマーを設計し、目的領域の増幅に成功した。
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