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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Unprecedented and potent immunoregulation provided by protein capture with functionalized small synthetic nucleic acids

Research Project

Project/Area Number 23H00317
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

岡本 晃充  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (60314233)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 大橋 瑠子  新潟大学, 医歯学系, 准教授 (20447600)
森廣 邦彦  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (70713890)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Keywords核酸集合体 / 化学合成 / ユビキチン
Outline of Annual Research Achievements

我々は、oHPs-cGAS複合体構造がcGAS-STING経路の作動によってI型インターフェロン産生を引き起こすと想定し、その実証実験を進めた。miR-21を標的にしたoHPsをHeLa細胞やMBA-MD-231細胞にトランスフェクションして、RT-PCRによりIFN-βの発現を解析した。oHPs片方だけのトランスフェクションではIFN-βの発現は誘導されないが、oHPs両方をトランスフェクションするとIFN-βの発現が誘導され、cGAS-STING経路仮説が実証された。
また、oHPs-cGAS複合体構造の化学が我々の考え通りに免疫を誘導することを具体的な事例として示すために、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)で過剰発現するoncomiR(miR-21)をトリガーにしたoHPs集合体形成を検討した。TNBC細胞(MDA-MB-23)を用いた実験で細胞死が上述のようにIFN-βが生じることによって引き起こされた。現在ヒト化免疫不全マウスに対してTNBCの移植を試みている。
また、合成したユビキチン化核酸(UbiNa)が標的タンパク質(NF-kB)と十分な複合体を形成できることをゲル電気泳動で確認した。また、分子モデリングにより、タンパク質にあたかも直接ユビキチンが結合したかの構造を間接的ユビキチン化複合体(UbiNa-NF-kB複合体)が有していることを確認した。さらに、結合タンパク質がプロテアソームで分解されることを26Sプロテアソームを用いて確認した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の予定通り進捗している。乳がん移植マウスのの構築に手間取っているものの、化学合成や効果の評価については順調に進んでいる。第2年度分の研究を先取りして進んでいる部分もある。

Strategy for Future Research Activity

ヒト化免疫不全マウスへTNBCを移植してoHPs投与によるTNBC組織の成長抑制の検討を進める。免疫系の惹起は腫瘤切片を病理解析することによって判断する。特に、アポトーシス発生後にがん組織に集まってくる免疫細胞の活動を観察することは、oHPs投与によるオンコリシスの効果を理解するうえで重要である。また、oHP投与TNBC細胞とマクロファージとの動的な相互作用を、我々独自に開発した一細胞相互作用プラットフォームを用いて効果の時間経過を観察して、oHP投与によるオンコリシスとがん免疫惹起効果を可視化する。また、oHPs投与について現在用いているDDSが効率的ではないことが判明したため、代替のDDSを探索・開発して、それを用いたoHPs投与法を検討する。
UbiNaの特徴はその構造が非ユビキチン化タンパク質のプロテアソーム分解を誘導するところにあり、UbiNaがどのくらい触媒回転するかについて、標的タンパク質の分解実験を通して数値化する。UbiNaの劣化は、脱ユビキチン化酵素の働きによる核酸-ユビキチン連結部位の分解に起因すると予想され、これを試験管内実験で検証する。脱ユビキチン化酵素耐性を持たせるためのユビキチンC末端のアミノ酸配列置換について最適化を進める。リポフェクションによってMCF-7細胞などNF-kBが活発に発現する細胞にUbiNaを導入する(UbiNaの細胞導入法は確立済み)。NF-kBはTNF-βによるアポトーシス誘導を抑制することが知られており、UbiNaの導入によるNF-kBのノックダウンにより、MCF-7細胞のアポトーシスが引き起こされることが期待される。MCF-7細胞へのUbiNa添加後にTNF-βを加えて、細胞生存率の変化をモニターする。UbiNaの有効性が認められれば、担がんマウスへの局注を行い、がん増殖抑制効果が現れるかについて検討する。

  • Research Products

    (36 results)

All 2024 2023

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 2 results) Presentation (28 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] An osteoinductive surface by adhesive bone morphogenetic protein-2 prepared using the bioorthogonal approach for tight binding of titanium with bone2024

    • Author(s)
      Ren, X.; Tsuji, H.; Uchino, T.; Kono, I.; Isoshima, T.; Okamoto, A.; Nagaoka, N.; Ozaki, T.; Matsukawa, A.; Miyatake, H.; Ito, Y.
    • Journal Title

      J. Mater. Chem. B

      Volume: 12 Pages: 3006-3014

    • DOI

      10.1039/d3tb02838k

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Odorant-sensing cell micropatterns for odor discrimination2024

    • Author(s)
      Yamahira, S.; Mitsuno, H.; Yamaoka, M.; Nagamune, T.; Okamoto, A.; Kanzaki, R.; Yamaguchi, S.
    • Journal Title

      Biosens. Bioelectron.:X

      Volume: 18 Pages: 100473

    • DOI

      10.1016/j.biosx.2024.100473

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Thiocholine-Mediated One-Pot Peptide Ligation and Desulfurization2023

    • Author(s)
      Suzuki, S.; Nakajima, Y.; Kamo, N.; Osakabe A.; Okamoto, A.; Hayashi, G.; Murakami, H.
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 28 Pages: 3655

    • DOI

      10.3390/molecules28093655

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cytosolic protein delivery using ultrasound-guided vaporization of perfluorocarbon nano-droplets2023

    • Author(s)
      Yamaguchi, S.; Kisaka, M.; Higashi, K.; Ishijima, A.; Azuma, T.; Nakagawa, K.; Shibasaki, Y.; Sakuma, I.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      Biotechnol. J.

      Volume: 18 Pages: e2300018

    • DOI

      10.1002/biot.202300018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] One-Pot, Photocontrolled Enzymatic Assembly of the Structure-Defined Heterotypic Polyubiquitin Chain2023

    • Author(s)
      Furuhata, T.; Racheal, P. A. D.; Murayama, I.; Toyoda, U.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 145 Pages: 11690-11700

    • DOI

      10.1021/jacs.3c01912

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleic Acid-to-Small Molecule Converter through Amplified Hairpin DNA Circuits2023

    • Author(s)
      Morihiro, K.; Tomida, Y.; Fukui, D.; Hasegawa, M.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed.

      Volume: 62 Pages: e202306587

    • DOI

      10.1002/anie.202306587

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cellular Penetration and Intracellular Dynamics of Perfluorocarbon-Conjugated DNA/RNA as a Potential Means of Conditional Nucleic Acid Delivery2023

    • Author(s)
      Takatsu, M.; Morihiro, K.; Watanabe, H.; Yuki, M.; Hattori, T.; Noi, K.; Aikawa, K.; Noguchi, K.; Yohda, M.; Okazoe, T.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      ACS Chem. Biol.

      Volume: 18 Pages: 2590-2598

    • DOI

      10.1021/acschembio.3c00612

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA Oncological Therapeutics: Intracellular Hairpin RNA Assembly Enables MicroRNA-Triggered Anticancer Functionality2023

    • Author(s)
      Morihiro, K.; Morita, S.; Harada, N.; Baba, M.; Yum, J.; Naito, M.; Miyata, K.; Nagae, G.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 146 Pages: 1346-1355

    • DOI

      10.1021/jacs.3c09524

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Anticancer effects of nulcleic acid aggregates2024

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      11th Annual Oligonucleotide Networking Event
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞の表現型と内部分子発現を対応付ける高集積1細胞アレイ解析法の開発2024

    • Author(s)
      梅田 侑生、山口 哲志、岡本 晃充
    • Organizer
      化学工学会第89年会
  • [Presentation] 嵩高いケージングを施した酵素を用いた培養基材の光分解2024

    • Author(s)
      山本 涼太郎、山口 哲志、 岡本 晃充
    • Organizer
      化学工学会第89年会
  • [Presentation] 光分解型ゲル薄膜上での1細胞画像解析と細胞の選択的光選別2024

    • Author(s)
      李 雪陽、山口 哲志、 岡本 晃充
    • Organizer
      化学工学会第89年会
  • [Presentation] GALAペプチドとカチオン性脂質による嵩高いケージドタンパク質の細胞内導入2024

    • Author(s)
      守山 千晴、山本 涼太郎、芝原 優希、中瀬 生彦、岡本 晃充、山口 哲志
    • Organizer
      化学工学会第89年会
  • [Presentation] Assembly of nucleic acids kills cancer2024

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      Supra FIBER International Summit for Nucleic Acids (S-FISNA)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 腫瘍関連miRNAが触媒するDNAデコイの腫瘍細胞内生成2024

    • Author(s)
      安田 壮秀、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
  • [Presentation] タンパク質分解経路の制御を指向した新規ケミカルノックダウン法の確立2024

    • Author(s)
      吉田 和生、古畑 隆史、土屋 光、佐伯 泰、岡本 晃充
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
  • [Presentation] がん細胞選択的なヘテロ二重鎖核酸構築による細胞毒性の発現2024

    • Author(s)
      原田 直毅、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
  • [Presentation] 化学修飾が長鎖DNA二重鎖の細胞毒性に与える影響2024

    • Author(s)
      馬場 愛奈美、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
  • [Presentation] オキシム連結反応を用いた不均一ポリユビキチン鎖の構造制御合成2024

    • Author(s)
      篠原 陵大、古畑 隆史、山田 征吾、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] 生細胞内の多種マイクロRNAの同時検出2024

    • Author(s)
      徐 云嵩、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] DNAナノテクノロジーCatalytic hairpin assembly (CHA) を応用したプロドラッグDNAデコイの開発2024

    • Author(s)
      安田 壮秀、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] 弱酸性微小環境応答性人工核酸塩基を用いたがん選択的DNAアプタマーの開発2024

    • Author(s)
      陳 鈺媛、森廣 邦彦、根本 祐衣、市村 晃人、植木 亮介、山東 信介、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] 不均一鎖の近位ユビキチンC末端への多様な化学修飾の導入2024

    • Author(s)
      古畑 隆史、崔 汎圭、宇野 大輝、佐藤 裕介、尾勝 圭、深井 周也、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] Oncolytic Hairpin DNA Pairs2023

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      TIDES USA 2023
  • [Presentation] Oncolytic Hairpin Nucleic Acid Pairs2023

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      19th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Oncolytic Hairpin DNA Pairs2023

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      Nucleosides, Nucleotides and Oligonucleotides (GRS)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Oncolytic hairpin DNA pairs2023

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      A3RONA 2023 Chengdu
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 近赤外線光化学インターナリゼーション 免疫毒素の効率的な細胞内デリバリーを目指した歪んだ亜鉛フタロシアニンの設計2023

    • Author(s)
      岡本 晃充
    • Organizer
      第45回日本光医学・光生物学会
    • Invited
  • [Presentation] 化学修飾による長鎖DNA二重鎖の細胞毒性制御2023

    • Author(s)
      馬場愛奈美、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第8回年会
  • [Presentation] がん細胞選択的なDNA/RNAヘテロ二重鎖の構築2023

    • Author(s)
      原田 直毅、森廣 邦彦、岡本 晃充
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第8回年会
  • [Presentation] ペプチド型ユビキチンリガンドキメラを用いた標的タンパク質分解2023

    • Author(s)
      宮本 丈太郎、古畑 隆史、岡本 晃充
    • Organizer
      第34回生体機能関連化学部会若手の会 サマースクール
  • [Presentation] 嵩高いケージング法を用いた生命活動の光制御2023

    • Author(s)
      山口 哲志、山本 涼太郎、岡本 晃充
    • Organizer
      化学工学会第54回秋季大会
  • [Presentation] Multidrug-integrated mini-nucleic acid drug platform for effective chemotherapy of refractory cancer2023

    • Author(s)
      Ryosei Komiyama, Kunihiko Morihiro, Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      第50回国際核酸化学シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanism study of endothelial cell toxicity medeiated by histone H4 via membrane-disrupting peptides2023

    • Author(s)
      Zihao Wang, Mikako Hamabe, Takafumi Furuhata, Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      第60回ペプチド討論会
  • [Presentation] Chemical regulation of degradative fate of protein by indirect ubiquitination2023

    • Author(s)
      Kazuki Yoshida, Ryoka Fujita, Takafumi Furuhata, Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      第60回ペプチド討論会
  • [Presentation] Drug Strategies for Selective Cancer Tratment Using Stimuli-Responsive Artificial Nucleic Acid2023

    • Author(s)
      Yasuhiro Tomida, Kunihiko Morihiro, Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      第50回国際核酸化学シンポジウム
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2024-12-25  

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