2023 Fiscal Year Research-status Report
Machine Learningを援用した非結核性抗酸菌の鑑別
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23K07665
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
星野 仁彦 国立感染症研究所, ハンセン病研究センター 感染制御部, 室長 (20569694)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
深野 華子 国立感染症研究所, ハンセン病研究センター 感染制御部, 主任研究官 (40807541)
吉田 光範 国立感染症研究所, ハンセン病研究センター 感染制御部, 主任研究官 (70772630)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 質量分析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
我々はM.abscessus3種類の亜種識別とerm(41)遺伝子の鑑別が可能な、簡便で迅速なDNAクロマトグラフィーキットの開発に成功した(KANEKA DNA Chromatography MABC/erm(41)。本キットは非常に近い将来薬事申請が承認され、健康保険適用「体外診断用医薬品」として販売される予定である。本DNAクロマトグラフィーキットの開発が大きな成功を収めたとしても、MALDI-TOF-MS法は正確で費用対効果が高く迅速な方法であり、世界中のラボで最初の識別ステップとして広く適用されているため、TOF-MS法でM.abscessusの亜種を区別できることが望ましい。残念ながら、タンパク質を用いた現在のTOF-MS法では、これらの亜種間の異なる評価の精度については相変わらず検討中である。ブルカ第3世代機MALDI Biotyper Siriusは、リン脂質、糖脂質をマイナスイオンモードで検出することができる。抗酸菌細胞壁は脂質が豊富であるため、脂質構造の多様性によって種固有fingerprintを確立できれば、正確な微生物同定の代替アプローチとなり得る。我々は148株の臨床分離株を、全ゲノム配列(WGS)データを用いて調製して、Bruker Bio-Typer Siriusによって脂質フィンガープリント法を用いた。23 個の分離株をテスト (モデル) セットに使用し、125 個をトレーニング セットに使用した。ネガティブイオンモードでマススペクトルを取得し、ブルカーが提供するClinProTools 3.0で分析した。今年度はM.abscessusとM.ulceransの２菌種の鑑別に関して論文の作成をほぼ終了した
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
M.abscessusとM.ulceransの２菌種の鑑別に関する論文をほぼ作成終了したため
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| Strategy for Future Research Activity |
M.abscessusとM.ulceransの２菌種の鑑別に関する論文を投稿し、印刷する
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| Causes of Carryover |
次年度は論文投稿を行うため、論文投稿料が予想より必要となる予定である
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