2024 Fiscal Year Research-status Report
核内transcriptomeから解明する肥満大腸がん患者のmetabolism
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23K08093
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
藤田 逸人 九州大学, 医学研究院, 共同研究員 (40611281)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
寅田 信博 九州大学, 大学病院, 臨床検査技師 (00398075)
森山 大樹 九州大学, 医学研究院, 共同研究員 (70586859) [Withdrawn]
永吉 絹子 九州大学, 大学病院, 助教 (90761015)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 大腸癌 / scRNA-seq / metabolism / 肥満 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
肥満はアディポカイン、炎症性メディエーター、免疫細胞の浸潤などのさまざまな因子の調節異常による慢性炎症状態を作り出すことで、大腸癌のリスク因子となることが知られている。しかし、肥満による大腸がん発症機序は明らかになっておらず、予防法も確立していない。本研究では単一核遺伝子発現解析 (snRNA-seq)を用いて、肥満が大腸がんの発がんを促進するメカニズムを腫瘍微小環境の代謝の観点から明らかにし、大腸がんにおける新規の発がん予防法を開発することを目的とする。
本年度は、引き続きヒト大腸癌組織を採取しシングルセル解析を行った。すでに大腸癌を含む消化器固形癌200例を超えるライブラリー作成をしている。単一細胞由来のRNA発現からその細胞集団の特徴や機能に着目した解析、分化の方向性を調べる疑似系譜解析、細胞間相互作用の解析、TCRレパトア解析などを行っている。多種多様な大腸癌組織における腫瘍内の免疫細胞や線維芽細胞などの微小環境構成細胞heterogeneityを明らかにし報告を行っており、現在は代謝関連遺伝子の発現の同定を行っている。
また当科では、年間1000例以上の大腸癌を含む消化器癌の手術を行っており、ほとんどの症例においてOCT compoundで包埋した凍結切片をtissue bankとして保存している。過去に胃癌でのsnRNA-seqのためのライブラリー作成に成功しているため、同様に大腸癌の凍結切片からのライブラリー作成を目指す。
以上から、今後は肥満によってサブグループ別に比較したsnRNA-seq・シングルセル解析から肥満患者の発がんに寄与する遺伝子発現パターンについて検索する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
胃癌の凍結切片を用いたsnRNA-seqのためのライブラリー作成は安定した結果を得ることができるようになっているが、大腸癌では十分な結果を得られるようにはできていない。
また、さまざまなヒト大腸癌のscRNA-seqのデータを用いて解析をすすめており、大腸癌における免疫微小環境による様々な免疫細胞や線維芽細胞の機能性について明らかにする。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き、大腸癌のsnRNA-seqのためのライブラリー作成手技を確立する。大腸癌患者の臨床データから肥満の有無でヒト大腸癌サンプルをサブグループに分け、得られたsnRNA-seqのデータを用いて微小環境中の各細胞種の遺伝子発現比較を行う。
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| Causes of Carryover |
大腸癌のsnRNA-seqのためのライブラリー作成が確立できておらず、研究計画に遅れを生じているため。次年度は解析を進めるためのライブラリー作成のための器材、遺伝子パネルなどに使用する予定である。
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