2023 Fiscal Year Research-status Report
単一核マルチオーム解析を用いた胃がん間質不均一性の解明
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23K08113
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
内原 智幸 公益財団法人がん研究会, がん研究所 発がん研究部, 客員研究員 (60835172)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
石本 崇胤 公益財団法人がん研究会, がん研究所 発がん研究部, 部長 (00594889)
安田 忠仁 公益財団法人がん研究会, がん研究所 発がん研究部, 客員研究員 (00867947)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 胃がん / CAFs / エピゲノム / シングルセル解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
スキルス胃がんに代表されるびまん性胃がんは豊富な間質を伴い、切除不能な転移を引き起こしやすい事が知られている。腫瘍間質は様々な細胞から構成されているが、特にがん細胞等により活性化された線維芽細胞はCancer associated fibroblast (CAFs)として様々な液性因子を分泌しがん進展を促進する。またびまん性胃がんは遺伝子変異数やコピーナンバー異常の率が低いことが示されており、びまん性胃がんの高い悪性度はCAFs等の間質細胞からの影響を強く受けていると考えられる。申請者らは胃がんのシングルセルRNAシーケンシングによりCAFsを3つのサブタイプに分類したが、多様性を持びまん性胃がんにおいてはマルチモーダルな解析を組み合わせることが望ましい。今回、エピジェネティック制御の結果DNAのアクセス性が高い領域であるオープンクロマチン領域をターゲットとした、単一核マルチオームATAC・RNAシーケンシング解析をおこなう。本解析により胃がん組織のオープンクロマチン領域におけるDNAのアクセス性及び同部位における遺伝子発現解析を同時におこなうことが可能である。さらに本研究の目標は、エピゲノムにも注目した胃がんCAFsの新たなプロファイリングをおこなうことである。これらの統合解析により、従来のシングルセルRNAシーケンシングのみでは明らかにできなかったエピジェネティックな多様性を理解し、腫瘍間質に対する新たな治療ターゲット創出につながる研究を実施できる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
胃がん組織から単一核マルチオームATAC・RNAシーケンシング解析のためのライブラリ作製を試みているが、解析に値するクオリティの担保が難しく試行錯誤している段階である。
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| Strategy for Future Research Activity |
本シーケンシングには組織からの核抽出が必要であるが、核のクオリティ維持が非常に難しい。現在、核抽出後にflow cytometryによるsortingをおこない、クオリティの確認をしようとしている段階である。
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| Causes of Carryover |
当初予定していた実験が遅れており、想定より研究費を執行することがなかった。2024年度に合算して使用する見込み。
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[Journal Article] Mesothelial cells with mesenchymal features enhance peritoneal dissemination by forming a protumorigenic microenvironment2024
Author(s)
Yonemura A, Semba T, Zhang J, Fan Y, Yasuda-Yoshihara N, Wang H, Uchihara T, Yasuda T, Nishimura A, Fu L, Hu X, Wei F, Kitamura F, Akiyama T, Yamashita K, Eto K, Iwagami S, Iwatsuki M, Miyamoto Y,Matsusaki K, Yamasaki J, Nagano O, Saya H, Song S,Tan P,Baba H, Ajani JA, Ishimoto T
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Journal Title
Cell Reports
Volume: 43
Pages: 113613～113613
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
