2023 Fiscal Year Research-status Report
stablishment of non-invasive DNA methylation panel for peritoneal metastasis of gastric cancer patients
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23K08210
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| Research Institution | Mie University |
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Principal Investigator |
志村 匡信 三重大学, 医学部附属病院, 助教 (90734575)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
浦谷 亮 三重大学, 医学部, 助教 (50837630)
安田 裕美 三重大学, 医学部附属病院, 講師 (60586767)
吉山 繁幸 三重大学, 医学系研究科, 准教授 (60444436)
大井 正貴 三重大学, 医学部附属病院, 准教授 (40418752)
奥川 喜永 三重大学, 医学部附属病院, 教授 (30555545)
問山 裕二 三重大学, 医学系研究科, 教授 (00422824)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 胃癌 / 腹膜播種 / DNAメチル化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
腹膜播種は胃癌の転移再発形式として最も頻度が高く、確定診断を得るための審査腹腔鏡は全身麻酔下で施行する必要があり侵襲を伴い、進行胃癌全例での審査腹腔鏡施行は非現実的で、患者の全身状態は著しく低下させる腹膜播種を早期に同定しうる、あるいは腹膜播種の高リスク症例を高精度に同定しうる分子生物学的バイオマーカーの開発は重要な課題である。
本研究では胃癌腹膜播種陽性症例で高頻度に異常メチル化をきたすCpGサイトを網羅的解析にて同定し、胃癌患者の術前血漿由来ctDNAを用いて複数の候補CpGサイトのメチル化レベルを測定しそのパネルスコアが腹膜播種を高精度に同定しうる非侵襲的DNAメチル化バイオマーカーとなりうるか検証する事を目的とした。
2023年度の実績としては、胃癌同時性腹膜播種の手術症例が減少傾向にある背景もあり、直近の進行胃癌患者の手術症例において腫瘍組織から抽出したDNAを用いて、合計8例でDNA methylation arrayの外注検査に提出している。腹膜播種再発例は1例のため播種再発例VS無再発例での解析は難しいが、リンパ節転移再発例が2例おり、再発例VS無再発例としての解析を、別の外注企業と連携して取り進めている。前述の解析例で再発例で異常高メチル化/低メチル化を来す候補CpGサイトを同定し、同候補CpGサイトのうち腹膜播種再発例にも重複して異常高メチル化/低メチル化を来すCpGサイトを同定する予定である。また倫理審査を変更修正してDNA抽出が可能な年次の対象症例を増やし、腹膜播種再発例でのDNAメチル化arrayも施行して追加解析をし、同定される候補CpGサイトのqualityを上げるべく計画している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
同時性腹膜播種を伴う進行胃癌で原発巣切除手術を施行する症例が減少傾向である。このため進行胃癌で手術施行した症例での、腹膜播種再発を来した症例で異常メチル化を来たし得る候補CpGサイトを同定する方向で研究計画を切り替えていく事とする。
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| Strategy for Future Research Activity |
既に生データの算出が済んでいる再発例で異常高メチル化/低メチル化を来す候補CpGサイトを同定し、同候補CpGサイトのうち腹膜播種再発例にも重複して異常高メチル化/低メチル化を来すCpGサイトを同定する予定である。また倫理審査を変更修正してDNA抽出が可能な年次の対象症例を増やし、腹膜播種再発例でのDNAメチル化arrayも施行して追加解析をし、同定される候補CpGサイトのqualityを上げるべく計画している。
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| Causes of Carryover |
既に生データの算出が済んでいる再発例で異常高メチル化/低メチル化を来す候補CpGサイトを外注でデータ解析し同定しているが、生データの算出ならびに生データ解析に必要な費用が当初の計画より少なく済んだため、物品費に未使用額が生じた。
次年度は、当初の予定に生じた未使用額を加えて、腹膜播種再発例のDNA抽出/精製、網羅的解析、生データ算出などの各プロセスに必要な費用に使用する予定である。
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