2023 Fiscal Year Research-status Report
Circular RNA analysis and biomarker search for head and neck cancer
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23K08981
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
望月 大極 浜松医科大学, 医学部附属病院, 助教 (40467246)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
今井 篤志 浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (30794309)
三澤 清 浜松医科大学, 医学部, 教授 (90334979)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 頭頸部癌 / 環状RNA / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
既にm6A量評価をしている、癌部と非癌部の臨床検体ペア44サンプルに対して、m6A量の豊富な検体からまずは網羅的環状RNA検索を行う。Total RNAを抽出後、poly-A tailを持たないものだけ、つまりは環状RNAで測定確認。またArrays tar circRNA arrayにて環状RNAの特定を行い、非癌部と比較することで、頭頸部癌特異的な環状RNAの候補を検討する。同定した候補環状RNAに特異的なプライマーを作成し、RT-qPCRにて検体全体の解析をすすめる。現在までにTotal RNAでのm6A評価はおこなっているが、環状RNAのみでのm6A量の評価も当科の保持している頭頸部癌検体で行う。それ以外も含め40症例で血液検体を収集しており、cfRNA収集も可能であることを確認している。それらの症例毎にcfRNAからの環状RNA同定を試みるまずはパイロットスタディとして、保有しているHPV関連頭頸部癌細胞株からのRNAにて、環状RNAを同定し、circE7がどの程度関与しており、子宮頸癌同様にE7癌タンパクを調節しているかを確認する。またHPVの頭頸部癌での癌化機構はまだ不明な点が多いため、RNA scopeを使い、HPV関連癌のHPV E6, E7をin situ hybridizationにて評価する。さらに環状RNAについてもBaseScope Assayで評価を検討する。その後にHPV関連中咽頭癌の臨床血液検体からのcfRNAを用いて、同様に環状RNAの同定、circE7に関しての評価を行う。それにより環状RNAおよびm6Aが実際の中咽頭癌検体でもcircE7を通してE7癌タンパクを制御しているのかを解明する。RNAの局在に関しても、細胞株実験同様にあきらかにしていく。頭頸部癌検体、特にHPV陽性検体で上述の解析手段を用いて総合的に評価していく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
網羅的環状RNA解析による、環状RNAとRNAメチル化の機能解明、特にHPV陽性中咽頭癌でのリキッドバイオプシーを用いた、環状RNA同定によるバイオマーカーの同定を試みている。
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| Strategy for Future Research Activity |
頭頸部癌での環状RNAにm6Aがどのように関与しているのか、特に中咽頭癌ではHPV自体が環状RNA及びメチル化に関与しているのか、さらなる環状RNAの解析・解明が課題となっている。頭頸部癌に特異的な候補環状RNAを同定し、さらには診療ステージにあわせたバイオマーカーとしての、リキッドバイオプシーの活用も期待される。さらには中咽頭へのHPV感染部位、前がん病変などのまだ解明されていない生活環・動態の知見
を蓄積したい。
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| Causes of Carryover |
Arraystar circRNA arrayにて環状RNAの特定する実験に費用がかかると考えているが、2023年度に実施することが出来なかった。2024年度中に実施する予定である。
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[Journal Article] Association between Human Papillomavirus Particle Production and the Severity of Recurrent Respiratory Papillomatosis2023
Author(s)
Yamada S, Itoh T, Ikegami T, Imai A, Mochizuki D, Nakanishi H, Ishikawa R, Kita J, Nakamura Y, Takizawa Y, Okamura J, Noda Y, Iwashita T, Hariyama T, Suzuki M, Misawa K, Kawasaki H
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 13(1)
Pages: 5514
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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