Elucidation of Collagen Barrier and Development of Controlling Agents by Anticancer Drug Resistance Super Enhancer

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23K09390
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 齋藤 智昭 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (40833554)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 伊豫田 学 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (40431746) ; 坂本 洋右 千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (50451745)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2026-03-31
• Keywords: スーパーエンハンサー / ATAC-seq解析 / Lysyl Hydroxylase 2

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、癌関連ECMと仮定するLysyl Hydroxylase 2 (LH2) 関連「硬性Collagen」を誘導する抗癌剤耐性スーパーエンハンサー（SE）領域とその標的因子の検索・同定・制御を目的としている．本研究では，先行研究で同定した口腔癌Cetuximab (CTX) 耐性株における特異的なSE領域において，PLOD2（LH2の遺伝子名；chr3_146,060,265_146,170,359）が含まれるか詳細にGnome Browserを用いて解析したが，ゲノム上のCTX耐性SE領域にPLOD2は含まれていなかった．そのために，抗癌剤の作用によって変化したゲノム領域にPLOD2が関与するか探索することとした．OSCC由来口腔癌細胞株のCAL-27を用いて，CDDP投与により時系列的に変化したゲノム領域の変化（Open chromatin領域）を検索し，その領域にPLOD2が関与しているか確認するためにATAC‐seq解析を行った．さらに，モチーフ解析も行って多角的に転写因子についても解析した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

CDDP投与により時系列的に変化するオープンクロマチン領域・ヘテロクロマチン領域をそれぞれ同定し，その領域におけるPLOD2や関連遺伝子を同定している。モチーフ解析も終了している。現在，PLOD2と関連遺伝子とのネットワークを検索している。

Strategy for Future Research Activity

ATAC-seq解析をもとに、LH2ｃKOマウスのDIA解析なども併用し、LH2と関連遺伝子とのネットワークを検索する。LH2関連の硬性Collagenを解除するゲノム領域を検索・同定する。

Causes of Carryover

次年度の消耗品購入に使用する。