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2023 Fiscal Year Research-status Report

比較オミクスによる光周性花成の獲得・多様化の分子機構の解明

Research Project

Project/Area Number 23K14253
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

村中 智明  名古屋大学, 生命農学研究科, 助教 (50761938)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Keywords光周性 / ウキクサ / 概日時計 / フロリゲン / 多様性
Outline of Annual Research Achievements

所属の異動に伴い、実験環境の構築を行った。並列して9つの日長条件処理できる装置について、耐久性に問題が見れれたため、改修しを行った。本装置を2倍体アオウキクサが明瞭な短日応答を示すことを確認し、について限界日長を決定した。また、すでに取得している4倍体アオウキクサのゲノム配列について、アノテーションを行い、BUSCOスコアが94と実用レベルが構築抱きた。公開されているイボウキクサのゲノムとあわせて、短日・長日での比較ゲノム解析の基盤を構築できた。さらに、ヒメウキクサについて、野外で開花が認めれれたものを系統として樹立し、2倍体アオウキクサとともに、ロングリードシーケンスによるゲノム解読を進めている。
イボウキクサから単離したFT遺伝子のシロイヌナズナ誘導系を作出し、機能解析を進めている。アオウキクサのFTに比べ、誘導能が低下しているという結果が得られており、これは当初の予想に合致している。一方で、イボウキクサ種内のアレルについては表現型に大きな差は見られておらず、詳細な解析が必要と考えている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ゲノム解析を進め、複数種において、詳細な比較が可能なデータセットを準備できている。RNA-seqについて、多検体でのサンプル処理システムを準備中であり、来年度前半には実施できる見込みである。2倍体アオウキクサの純系系統を作出し、ゲノム解読を進めている。また、シロイヌナズナへの形質転換によるFTの機能解析も問題なく遂行できている。以上から、順調に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

アオウキクサ属以外のウキクサに対して、日周トランスクリプトームを実施し、発現データを加味してFTの多様性解析を行う。同定されたFT遺伝子をクローニングし、シロイヌナズナへの形質転換を進めていく。
また、得れれたトランスクリプトームデータを用いて、高精度のアノテーションを作成し、ウキクサ亜科全体での比較ゲノミクスの基盤を構築する。

Causes of Carryover

ゲノムシーケンス用の植物の準備が間に合わなかったため、当該の費用分を次年度に繰り越した。

  • Research Products

    (7 results)

All 2023

All Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Presentation] Circadian-period variation underlies the local adaptation of photoperiodism2023

    • Author(s)
      Tomoaki Muranaka, Shogo Ito, Hiroshi Kudoh, Tokitaka Oyama
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Circadian-period variation underlies the local adaptation of photoperiodism2023

    • Author(s)
      Tomoaki Muranaka, Ito Sogo, Hiroshi Kudoh, Tokitaka Oyama
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 湛水時期の異なる水田における アオウキクサの開花フェノロジー2023

    • Author(s)
      村中智明
    • Organizer
      第71回 日本生態学会大会
  • [Presentation] 鹿児島のアオウキクサは3タイプの開花フェノロジーを示す2023

    • Author(s)
      村中智明
    • Organizer
      第55回種生物学シンポジウム
  • [Presentation] 低価格タイムラプスカメラとYOLOX によるイネ開花時刻の推定2023

    • Author(s)
      村中智明,横山寛,松浦萌華,田浦悟,一谷勝之,神田英司
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
  • [Presentation] 巨大単細胞藻類カサノリのプロテオーム解析に向けたトランスクリプトームデータの整備2023

    • Author(s)
      村中智明, 今井康平, 松尾拓哉
    • Organizer
      第23回蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Circadian rhythms in a cell: cell-autonomous and non-cell-autonomous2023

    • Author(s)
      Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
    • Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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