Search for therapeutic target molecules based on temporal hierarchical analysis of Oral squamous cell carcinoma and functional RNA molecules

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23K16142
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 駒 綾香 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任助教 (60963098)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: スーパーエンハンサー / オープンクロマチン / ATAC-seq / Chip-seq

Outline of Annual Research Achievements

本申請研究では、OSCC細胞に放射線照射や抗癌剤を暴露させた際に形成されるスーパーエンハンサー（SE）などのゲノム領域を同定し、申請者がこれまでに作成している「OSCC機能性RNA発現プロファイル」と、SEなどのゲノム情報を統合することで、治療抵抗性に関与する「マスター分子」を同定することを目的としている。本年度は、抗癌剤（セツキシマブ）抵抗性に関与するSEや放射線抵抗性に関与するオープンクロマチン領域、抗癌剤（シスプラチン）作用時間によって変化するオープンクロマチン領域をOSCC細胞で同定した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

OSCC細胞において、BRD4やH3K27ac抗体を用いてセツキシマブ（CTX）抵抗性に関与するSE領域を同定した。また、OSCC細胞における放射線抵抗性・感受性に関与するオープンクロマチン領域をATAC－seq解析で同定した。さらに、シスプラチン(CDDP)を作用させて、時間経過（６H、２４H）と共に形成されるオープンクロマチン領域についてもOSCC細胞で同定した。申請者が以前の研究で作成した「HNSCC/OSCC機能性RNA発現プロファイル」と、CDDPや放射線暴露時のオープンクロマチン領域もしくはCTX関連のSE領域の情報を統合し、抗癌剤や放射線抵抗性に関与する「機能性RNA分子」の候補を探索している。

Strategy for Future Research Activity

候補となった「機能性RNA分子」について、The Cancer Genome Atlas (TCGA)データベース解析を行い、癌組織における発現や、臨床病理学的解析を行い、更なる絞り込みを行う。さらに、遺伝子改変OSCC細胞を作製し、各種抗癌剤や放射線に対する感受性が変化するか、検討する。

Causes of Carryover

実験に使用する試薬や消耗品、データベースのストックがあり、実験経費を節約できたため。次年度は、薬剤耐性に関与する機能性RNAの探索に使用する予定である。