Development of method for estimating post-mortem interval using cadaver microbiome analysis

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23K16375
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 坂東 李紗 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任助教 (30827796)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2026-03-31
• Keywords: 法医学 / 死後経過時間 / 細菌叢

Outline of Annual Research Achievements

今年度は、死後経過時間を推定するにあたり最適な検体採取部位を明らかにするため、前実験として、死後経過時間が4時間から4週間のいくつかの死体の様々な部位より検体を採取し、細菌叢解析を10例程度行った。はじめに適切な検体保管法を検討し、検体からDNA抽出し、目的の領域を増幅させた後にシークエンサーで解析を行う一連のプロトコルを定めた。次に検体採取部位を考えるにあたり、警察による検視の影響を受けない部位を選択した。（法医解剖死体は、当教室搬入前に警察による検視が行われている場合が多いため）この前実験結果で、本実験で実施する検体数、検体採取部位、採取時期（季節）、データ採取する対象の死後経過時間幅を設定する予定であった。
現時点では、データ採取は出来ているものの死体の状態も多様で、データのばらつきが大きいので、対象とする死体の死後経過時間幅を4時間から2週間と短縮した上での評価を試みる予定である。また、季節によっても、死後経過時間が同じであっても死体の状態が異なっているので、データを採取する季節は1つの季節に限定した上で評価すべきと考える。ただ、法医解剖死体からの検体は、死体が置かれていた外部環境からの影響を強く受けるため、死体が置かれていた状況でデータをカテゴライズした上で評価すべきと考える。
前実験野結果から、安定したデータ採取するには上記のような課題が挙げられたので、再度10例ほど前実験としてデータ採取し評価した後に本実験に進む予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

予想以上にデータのばらつきが大きかったため、検体採取を行う対象の条件を再検討中である。
また、DNA抽出からシークエンスまでの実験時間もかなりかかるため、コストと時間の兼ね合いを調整し、シークエンスは外部委託を検討している。

Strategy for Future Research Activity

現時点では、データ採取は出来ているものの死体の状態も多様で、データのばらつきが大きいので、対象とする死体の死後経過時間幅を4時間から2週間と短縮した上での評価を試みる予定である。また、季節によっても、死後経過時間が同じであっても死体の状態が異なっているので、データを採取する季節は1つの季節に限定した上で評価すべきと考える。ただ、法医解剖死体からの検体は、死体が置かれていた外部環境からの影響を強く受けるため、死体が置かれていた状況でデータを区分分けする予定である。上記のような課題が挙げられたので、再度10例ほど前実験としてデータ採取し評価した後に本実験に進む予定である。また、DNA抽出からシークエンスまでの実験時間もかなりかかるため、コストと時間の兼ね合いを調整し、シークエンスは外部委託を検討している。

Causes of Carryover

当初、シークエンスを外注するつもりで計画を立てていたが、現時点では、DNA抽出法や解析条件など自身で詳細な条件を模索している前実験段階であったため、自身で全て行ったので経費があまりかからなかった。しかし、自身が行うと結果が出るまでにかなりの時間と労力を費やしてしまうため、条件が設定でき次第、外注し解析する検体数を増加させる予定である。