2023 Fiscal Year Research-status Report
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23K16997
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
福永 津嵩 早稲田大学, 高等研究所, 准教授(任期付) (80791433)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | RNA二次構造 / 深層学習 / アルゴリズム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
深層学習を用いてRNA accessibility計算を高速化するDeepRaccessを開発し、既存手法のRaccessと高い相関を持つこと及び原核生物の開始コドン周辺配列から翻訳量を推定するのに有効であることを示した。本研究は既に論文出版済みである(Hara et al., Frontiers in Bioinformatics, 3, 1275787)。また深層学習とは別の方法として、ビームサーチを用いてRNA構造解析を高速化する手法にも取り組んででおり、CentroidAlignやCentroidHomFoldについてアルゴリズムの実装を進めた。現在、小規模データセットにおいては高い速度パフォーマンスが出ていることを確認している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究のコアとなる技術であるDeepRaccessについて開発に成功したため。
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| Strategy for Future Research Activity |
RNA accessibility以外の二次構造特徴量である塩基絵対結合確率や構造プロファイルについても、深層学習を活用して高速化できるかについて検討を進める。また、ビームサーチを用いて高速化したCentroidAlignやCentroidHomFoldについて、大規模データセットでの検証を進め、論文化を行う。
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| Causes of Carryover |
当初、大規模計算の遂行に必要な計算機の購入を初年度に予定していたが、本年度はソフトウェア開発に集中的に時間を割いたため、実データ解析のために必要な大規模計算機を購入しなかった。次年度以降、実データ解析を行う際に、必要な計算機の購入を行う。
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