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2023 Fiscal Year Research-status Report

3次元空間の1細胞光遺伝学の創成

Research Project

Project/Area Number 23K17405
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

杉 拓磨  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (70571305)

Project Period (FY) 2023-06-30 – 2027-03-31
Keywords光遺伝学 / ライトフィールド光学系
Outline of Annual Research Achievements

シングルセルレベルの活性操作のためには、3D空間の全細胞の位置情報を高速に抽出して追跡する1計測技術とその位置情報から特定の細胞だけを標的にした2光照射技術が必要である。計測技術については、高分解能ライトフィールド顕微鏡において、三次元像を再構成せずに、単純な計算式をもとに二次元画像から直接、各粒子の三次元座標抽出を可能にした。さらに次のステップとして、毎秒1,000フレームで二次元ライトフィールド画像を得ながら、撮影時刻t 秒とその次の撮影時刻t + 0.001秒で得た画像の間で同一の細胞同士をマッチングさせるプログラムをMATLAB上で作製することに成功した。さらに、このプログラムをPythonへポーティングすることで、高速化することが可能となった。実証実験には、まず0.5 μmの蛍光粒子を3D空間に固定した試料を用いた。その後、蛍光粒子を浮遊させた溶液で、「動く粒子」のリアルタイム追跡を行った。通常、神経活性の計測では、神経活性とカルシウム流入に相関があることからカルシウムインディケーターGCaMPの蛍光輝度変化をモニターする。そこで、異なる蛍光輝度をもつ蛍光粒子を分散させ、GCaMPと同レベルの一定以上の蛍光輝度を持つ粒子の位置情報と輝度の抽出を行い、一定以上の活性を持つ細胞をリアルタイムに抽出できるようにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

3D空間の全細胞の位置情報を高速に抽出して追跡する技術を構築したため。・

Strategy for Future Research Activity

デジタルミラーデバイスを用い、3D空間の特定の座標にのみ、5 μm分 解能で光照射する光学系を構築し、この光学系と令和5年度の技術を統合し、令和5年度の技術で得た位置座標からフィードバックをかけ、それらの座標にのみ光照射するプログラムを作成する

Causes of Carryover

光学系構築用のカメラと空間光位相変調器の納品が年度をまたぐ可能性があったことから、次年度での発注としたたため。

  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (5 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] The Large-Scale Cultivation of Nematodes to Study Their Collective Behaviors2023

    • Author(s)
      Imamura Ryuki、Nakane Yurina、Jiajing Hu、Ito Hiroshi、Sugi Takuma
    • Journal Title

      Journal of Visualized Experiments

      Volume: 1 Pages: 10

    • DOI

      10.3791/65569

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior2023

    • Author(s)
      Chiba Takuya、Okumura Etsuko、Nishigami Yukinori、Nakagaki Toshiyuki、Sugi Takuma、Sato Katsuhiko
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 33 Pages: 2668~2677.e3

    • DOI

      10.1016/j.cub.2023.05.042

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Development of 4D light-field microscopy for understanding statistical physics dynamics2023

    • Author(s)
      Ryuki Imamura, Shin Usuki, Takuma Sugi
    • Organizer
      28th International Conference on Statistical Physics, STATPHYS28
  • [Presentation] Development of real-time 3D multi-particle tracking by high-resolution light-field microscopy2023

    • Author(s)
      今村 隆輝, 臼杵 深, 杉 拓磨
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] In vivo 3D thermometry / 生体内3D温度計測技術の開発と応用2023

    • Author(s)
      中根有梨奈、前岡 遥花、五十嵐 龍治、臼杵 深、杉 拓磨
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 高分解能ライトフィールド顕微鏡の開発と生体機能計測への応用2023

    • Author(s)
      今村 隆輝, 臼杵 深, 片岡 直也, 杉 拓磨
    • Organizer
      第71回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] シングルセル3 Dオプトジェネティクス技術の開発と応用 / Development and application of single-cell 3D optogenetics technology2023

    • Author(s)
      井上 智好, 今村 隆輝, 臼杵 深, 片岡 直也, 杉 拓磨
    • Organizer
      第71回応用物理学会春季学術講演会
  • [Patent(Industrial Property Rights)] ライトフィールド三次元トラッキング制御装置、方法およびプログラムならびにライトフィールド顕微鏡システム2024

    • Inventor(s)
      杉 拓磨、今村 隆輝、広瀬 真里枝、前岡 遥花、臼杵 深
    • Industrial Property Rights Holder
      杉 拓磨、今村 隆輝、広瀬 真里枝、前岡 遥花、臼杵 深
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2024-025750
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 選択照射制御装置、選択照射制御方法およびプログラムならびに選択照射システム2023

    • Inventor(s)
      杉 拓磨、井上 智好、今村 隆輝、広瀬 真里枝、臼杵 深
    • Industrial Property Rights Holder
      杉 拓磨、井上 智好、今村 隆輝、広瀬 真里枝、臼杵 深
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2023-198583

URL: 

Published: 2024-12-25  

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