糞便中の大腸菌クローンの網羅的かつ定量的な新規メタゲノム解析手法の開発

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23K19466
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 津田 裕介 京都大学, 医学研究科, 医員 (40977758)
• Project Period (FY): 2023-08-31 – 2025-03-31
• Keywords: 大腸菌 / 薬剤耐性 / 腸内細菌叢 / メタゲノム解析

Outline of Annual Research Achievements

ST131特異的配列を特定した解析方法に従って、今年度はいくつかのSTについてST特異的配列を特定した。ST38、ST69、ST73で特異的配列が見つかった。ST1193はcomplete genomeの数が少なく、特異的配列の特定が難しかったため、今後complete genomeを増やして解析する予定である。ST10は特異的配列の特定が困難であり、別アプローチを検討している。
そして、当研究室に保存されていたコンプリートゲノムがわかっているST131とST38株をいくつかの割合で混合した試料を作成し、メタゲノム解析を行った。それらの特異的配列を用いて、ST頻度について解析を行っている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ST特異的配列の特定を行うことができ、また複数のSTを混合した試料でNGS解析を行っている。

Strategy for Future Research Activity

ST1193のcomplete genomeを増やしてST1193の特異的配列の特定を行う。複数STの大腸菌を混合した試料を作成し、メタゲノム解析を行う。

Causes of Carryover

今年度はデータ解析を主に行ったため、NGS試薬の使用をほとんど行わなかった。次年度はメタゲノム解析を積極的に行うため、次年度使用額が必要である。