2020 Fiscal Year Annual Research Report
Reverse Trans-Omics Analysis for Comprehensive Bottom-up Understanding Toward Conquering Cancer Systems
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20H04282
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
阿部 雄一 愛知県がんセンター(研究所), 分子診断TR分野, 主任研究員 (30731632)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | プロテオゲノム解析 / パイプライン開発 / ワークフロー言語 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
このプロジェクトでは、がんのプロテオゲノムデータを収集し、リバーストランスクオミクス解析を行うことでがんシステムのボトムアップ統合理解を目指している。具体的には、WES（全エクソームシーケンシング）、mRNAシーケンシング、LC-MSMS（液体クロマトグラフィー質量分析）データを統合する解析基盤の構築を行った。
まず、解析パイプラインの構築を行なった。ワークフロー言語であるnextflowを使用し、解析パイプラインを構築した。このパイプラインは、WES、mRNA、LC-MSMSの各データセットに対して、品質管理、前処理、解析、統合などの一連の解析手順を自動化できる。さらに独自のサーバーを準備し、解析基盤を実装した。このサーバーは高性能な計算リソースを備え、大規模なデータセットの処理にも対応できるように設計した。
研究対象となるがん組織からプロテオゲノムデータを収集しました。これにはWES、mRNAシーケンシング、LC-MSMSデータの取得が含まれる。研究分担者と協力し、公共データを活用して解析基盤の検証を行いました。小規模ながんデータセットを用いて解析パイプラインの正確性と信頼性を評価した。検証の結果をもとに、必要な修正や改善を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
コロナによる影響があったものの、当初計画に沿った大規模システムを構築でき、稼働させることができているため
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| Strategy for Future Research Activity |
今後の展望としては、より多くのがんデータセットを収集し、解析基盤をさらに洗練させることが重要である。さらに、研究結果を解釈し、がんシステムの理解を深めるために、バイオインフォマティクス手法と生物学的知見の統合を行い、新たな知見の発見を目指す。
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