2023 Fiscal Year Annual Research Report
Reverse Trans-Omics Analysis for Comprehensive Bottom-up Understanding Toward Conquering Cancer Systems
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20H04282
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
阿部 雄一 愛知県がんセンター(研究所), 分子診断TR分野, 研修生 (30731632)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | プロテオゲノム解析 / 選択的スプライシング解析 / Percent Splice In / イントロン保持 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、スプライシング異常とタンパク質異常の関連性を解析するために、スプライシングイベント解析および機能的推定アルゴリズムの開発を行なった。具体的にはRNAseq配列データからPercent Splice In (PSI) を推定するためのパイプラインを構築し、疾患群で変動しているスプライシングイベントを推定ができる環境を構築した。また、スプライシング解析の課題である機能推定の問題に対して、アイソフォーム発現と統合して信頼性の高いスプライシングイベントをフィルターする計算アルゴリズムを開発して、それらを用いた機能推定方法を開発した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ゲノム変異以外の変異情報に基づくプロテオゲノム解析へ向けた解析基盤が整った。
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| Strategy for Future Research Activity |
タンパク質情報を統合するプロテオゲノム解析を実施して、同定した異常スプライシングをペプチドレベルで検証する手法を開発する。
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