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2022 Fiscal Year Annual Research Report

廃水処理システムの新奇指標微生物「DPANNアーキア」の診断技術開発と実態解明

Research Project

Project/Area Number 21H01471
Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

黒田 恭平  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (50783213)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 成廣 隆  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (20421844)
延 優 (NOBUMASARU・KONISHI)  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (40805644)
佐藤 久  北海道大学, 工学研究院, 教授 (80326636)
山田 真義  鹿児島工業高等専門学校, 都市環境デザイン工学科, 教授 (80469593)
野口 太郎  都城工業高等専門学校, 物質工学科, 准教授 (90615866)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
KeywordsDPANN / アーキア / 廃水処理 / ショットガンメタゲノム解析 / メタトランスクリプトーム解析 / CPR/Patescibacteria / 超微小微生物
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は,高有機物負荷,高窒素負荷,高カチオン濃度の廃水処理汚泥中で優占化する「DPANNアーキア」を廃水処理の新奇ストレス指標微生物として診断 する技術を開発し,その“真”の機能を培養法とトランスクリプトム解析等により明らかにすることである。「DPANNアーキアは廃水処理のストレスを評価する新 奇指標微生物になり得るのではないか?」という問い(仮説)について,培養と情報科学・微生物代謝能の観点から学術的に解明することである。
2022年度は,(1)DPANNアーキア優占化反応槽の運転管理と診断技術の開発,(2) DPANNアーキアの二者培養系の確立,(3) 廃水処理システム内でのDPANNアーキアの“真”の機能解明について、研究を実施した。(1)では,DPANNアーキアを優占化させることに成功したUASB反応器についてマイクロバイオーム解析と運転管理データの解析を行った結果、DPANN アーキアの優占化にはフェノール基質以外に温度管理が重要であることが示唆された。(2)では,DPANNアーキアと同様な生態を持つと想定されるCandidate Phyla Radiation(CPR)/Patescibacteriaに属する2種の系統の集積培養と機能推定に成功し、DPANNアーキアの二者培養系確立に向けた宿主と共生細菌の動態に関する重要な情報を得た。加えて、DPANNアーキアが優占するUASB反応器のマイクロバイオーム解析によりDPANNアーキアがメタン生成アーキアと共生することを示唆する結果を得た。(3)では、集積培養物およびDPANNアーキア優占化UASB反応器保持汚泥のメタトランスクリプトーム解析を行い、遺伝子発現データを得ることに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

2022年度は,DPANNアーキア優占化の鍵となる要素としてフェノール以外に温度管理が重要である可能性を見出した。加えて,DPANNアーキアを含むUASB反応器保持汚泥の微生物群集構造解析により,DPANNアーキアがメタン生成アーキアと共生する可能性を示唆する結果を得た。さらに,DPANNアーキアと同様の生態を持つと予測されるCandidate Phyla Radiation(CPR)/Patescibacteriaに属する2種の系統の集積培養に成功し、メタン生成アーキアへ寄生すること,その寄生において重要となり得る細胞外分泌酵素を推定することに成功した。このようにDPANNアーキアに加え,同じ超微小微生物として知られるPatescibacteriaの生態解明にも成功しており,本研究は当初の計画以上に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

今後の研究の推進方策として,(1)DPANNアーキア優占化反応槽の運転管理と診断技術の開発については,DPANNアーキア優占化に向けて温度管理を行い,宿主にDPANNアーキアが共生しやすい環境を構築する。加えて,(2)DPANNアーキアの二者培養系の確立と廃水処理システム内でのDPANNアーキアの“真”の機能解明について,DPANNアーキアとPatescibacteriaとそれらの共生微生物に関して,集積培養物およびUASB反応器保持汚泥のショットガンメタゲノム解析とメタトランスクリプトーム解析,電子顕微鏡観察等を組み合わせ,その実態を明らかにする。加えて,集積培養物からの二者培養系の確立に向けて,安定的に培養できている培養物に対してロールチューブ法などを用いることで,二者培養系の構築を行う。

  • Research Products

    (24 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (7 results) (of which Open Access: 5 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Candidate phyla radiation (CPR)/Candidatus Patescibacteriaの実態を廃水処理システムの視点から理解する2023

    • Author(s)
      黒田 恭平、成廣 隆、藤井 直樹、中島 芽梨、景政 柊蘭、中井 亮佑、佐藤 久、久保田 健吾、金田一 智規
    • Journal Title

      日本微生物生態学会誌

      Volume: 38 Pages: 2~13

    • DOI

      10.20709/jsmeja.38.1_2

    • Open Access
  • [Journal Article] Symbiosis between Patescibacteria and Archaea discovered in wastewater-treating bioreactors2022

    • Author(s)
      Kuroda Kyohei、Yamamoto Kyosuke、Nakai Ryosuke、Hirakata Yuga、Kubota Kengo、Nobu Masaru K.、Narihiro Takashi
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2022.04.10.487813

    • Open Access
  • [Journal Article] High-rate cotreatment of purified terephthalate and dimethyl terephthalate manufacturing wastewater by a mesophilic upflow anaerobic sludge blanket reactor and the microbial ecology relevant to aromatic compound degradation2022

    • Author(s)
      Kuroda Kyohei、Narihiro Takashi、Shinshima Futaba、Yoshida Mio、Yamaguchi Haruka、Kurashita Hazuki、Nakahara Nozomi、Nobu Masaru K.、Noguchi Taro Q.P.、Yamauchi Masahito、Yamada Masayoshi
    • Journal Title

      Water Research

      Volume: 219 Pages: 118581

    • DOI

      10.1016/j.watres.2022.118581

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Symbiosis between Candidatus Patescibacteria and Archaea Discovered in Wastewater-Treating Bioreactors2022

    • Author(s)
      Kuroda Kyohei、Yamamoto Kyosuke、Nakai Ryosuke、Hirakata Yuga、Kubota Kengo、Nobu Masaru K.、Narihiro Takashi
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 13 Pages: e01711-22

    • DOI

      10.1128/mbio.01711-22

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Novel Cross-domain Symbiosis between Candidatus Patescibacteria and Hydrogenotrophic Methanogenic Archaea Methanospirillum Discovered in a Methanogenic Ecosystem2022

    • Author(s)
      Kuroda Kyohei、Kubota Kengo、Kagemasa Shuka、Nakai Ryosuke、Hirakata Yuga、Yamamoto Kyosuke、Nobu Masaru K.、Narihiro Takashi
    • Journal Title

      Microbes and Environments

      Volume: 37 Pages: ME22063

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME22063

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Elucidation of the biodegradation pathways of bis(2-hydroxyethyl) terephthalate and dimethyl terephthalate under anaerobic conditions revealed by enrichment culture and microbiome analysis2022

    • Author(s)
      Kuroda Kyohei、Narihiro Takashi、Nakaya Yuki、Noguchi Taro Q.P.、Maeda Ryota、Nobu Masaru K.、Ohnishi Yuki、Kumaki Yasuhiro、Aizawa Tomoyasu、Satoh Hisashi
    • Journal Title

      Chemical Engineering Journal

      Volume: 450 Pages: 137916

    • DOI

      10.1016/j.cej.2022.137916

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Highly sensitive and homogeneous detection of unamplified RNA based on the light scattering properties of gold nanoparticle probes2022

    • Author(s)
      Satoh Hisashi、Nakajima Meri、Hirano Reiko、Nakaya Yuki
    • Journal Title

      Biosensors and Bioelectronics: X

      Volume: 12 Pages: 100249

    • DOI

      10.1016/j.biosx.2022.100249

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 培養法とゲノム情報に基づいた嫌気性PETモノマー分解機構の解明2023

    • Author(s)
      黒田恭平, 成廣隆, 中屋佑紀, 野口太郎, 前田稜太, 佐藤久
    • Organizer
      第57回日本水環境学会年会
  • [Presentation] PCRフリーの金ナノ粒子プローブを用いたメタン生成アーキアと寄生性超微小細菌の迅速定量技術の開発2023

    • Author(s)
      半田久純, 中島芽梨, 中屋佑紀, 黒田恭平, 成廣隆, 佐藤久
    • Organizer
      第57回日本水環境学会年会
  • [Presentation] Candidatus Patescibacteria/CPRとメタン生成アーキアの共培養系確立への挑戦2023

    • Author(s)
      中島芽梨, 中井亮佑, 久保田健吾, 中屋佑紀, 佐藤久, 延優, 成廣隆, 黒田恭平
    • Organizer
      第57回日本水環境学会年会
  • [Presentation] PET原料製造廃水処理UASB反応器に優占する門レベル未培養系統群の実態解明2023

    • Author(s)
      前田稜太, 浦崎幹八郎, 久保田健吾, 野口太郎, 成廣隆, 黒田恭平
    • Organizer
      第57回日本水環境学会年会
  • [Presentation] DHSろ床を用いたPET原料製造廃水処理UASB反応器の後段処理技術の開発2023

    • Author(s)
      髙井麻帆, 中屋佑紀, 佐藤久, 相沢智康, 大西裕季, 熊木康弘, 成廣隆, 黒田恭平
    • Organizer
      第57回日本水環境学会年会
  • [Presentation] 廃水処理汚泥から“アクティブ”な未培養系統群を可培養化する2022

    • Author(s)
      黒田恭平
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回大会
    • Invited
  • [Presentation] PET原料製造廃水処理UASB反応器の後段処理技術の検討2022

    • Author(s)
      髙井麻帆, 黒田恭平, 中屋佑紀, 佐藤久, 成廣隆
    • Organizer
      第59回環境工学研究フォーラム
  • [Presentation] 金ナノ粒子プローブを用いた廃水中の微生物の遺伝子量の測定2022

    • Author(s)
      半田久純, 中島芽梨, 黒田恭平, 成廣隆, 佐藤久
    • Organizer
      第59回環境工学研究フォーラム
  • [Presentation] 金ナノ粒子プローブを用いた環境中微生物の簡易核酸分析法の開発2022

    • Author(s)
      中島芽梨, 中屋佑紀, 黒田恭平, 成廣隆, 佐藤久
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回大会
  • [Presentation] PCRフリーの金ナノ粒子プローブ法を用いた廃水処理汚泥中のPatescibacteriaとメタン生成アーキアの迅速定量の試み2022

    • Author(s)
      半田久純, 中島芽梨, 黒田恭平, 成廣隆, 佐藤久
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回大会
  • [Presentation] 嫌気性廃水処理汚泥に優占する門レベル未培養系統群の代謝機能推定2022

    • Author(s)
      前田稜太, 浦崎幹八郎, 久保田健吾, 野口太郎, 成廣隆, 黒田恭平
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回大会
  • [Presentation] 嫌気性廃水処理反応器のショットガンメタゲノム解析から見出す未知代謝フロンティア2022

    • Author(s)
      黒田恭平, 成廣隆, Masaru K. Nobu, 山本京祐, 中井亮佑, 野口太郎, 久保田健吾, 山田真義
    • Organizer
      第25回日本水環境学会シンポジウム
  • [Presentation] 嫌気性PET原料製造廃水処理汚泥に優占する門レベル未培養系統群の代謝ポテンシャル2022

    • Author(s)
      前田稜太, 浦崎幹八郎, 久保田健吾, 野口太郎, 成廣隆, 黒田恭平
    • Organizer
      第25回日本水環境学会シンポジウム
  • [Presentation] ペットボトル原料製造廃水の効率的処理技術の開発2022

    • Author(s)
      黒田恭平, 成廣隆
    • Organizer
      第20回 産総研・産技連LS-BT合同研究発表会
  • [Remarks] ペットボトル原料製造過程における難分解性廃水の効率的な処理に成功

    • URL

      https://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2022/pr20220513/pr20220513.html

  • [Remarks] PET関連物質を酸素の無い環境で分解する微生物を発見

    • URL

      https://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2022/pr20220711/pr20220711.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] PET原料の製造過程で生じる難分解性廃水の処理方法2022

    • Inventor(s)
      黒田恭平, 成廣隆, M.K. Nobu, 山田真義, 山内正仁
    • Industrial Property Rights Holder
      産業技術総合研究所, 鹿児島工業高等専門学校
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2022-201276

URL: 

Published: 2023-12-25  

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