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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Time-resolved detection of protein conformation changes and reactions in space limited liquid droplets

Research Project

Project/Area Number 21H01885
Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺嶋 正秀  京都大学, 理学研究科, 教授 (00188674)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Keywordsタンパク質 / 反応 / 時間分解 / 顕微鏡 / 液滴
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、過渡回折格子法の空間分解能と感度を向上させることによって、マイクロメートル程度の空間分解とマイクロ秒程度の時間分解能を併せ持つ検出システムを作る。これを用いて、微小液滴内での拡散運動やタンパク質構造変化を時間分解で観測できるように改造し、バルク中のそれらとどのように異なるかを明らかにすることを目指している。
本年では開発してきたTGシステムをベースにして、微小領域の分子運動や熱力学量計測を可能にするTG測定システムの改良を試みた。これまでのシステムでは、まだ感度と空間分解能が不足していたため、新しい対物レンズや非球面レンズを使ったシステムに改造した。これまでにマイクロメートル領域での熱グレーティング信号を検出できるまでにはなっているが、さらに感度を向上させるため、ヘテロダイン法を用いた。光学マスクを用いて2本に分割した励起パルスと、位相整合させたプローブ光を凹面鏡で集光し、ヘテロダイン検出にして、適切なスタンダードサンプルを用いて空間分解能を測定し、数10マイクロメートルの分解能が得られていることを確認した。
さらに、micro-stopped-flow systemを作成し、2液混合で反応を開始するシステムを構築することに成功し、これを用いて病気に関連するαシネクレインというタンパク質の構造変化を明らかにすることに成功した。一方で、対象とすべきタンパク質の反応ダイナミクスを明らかにするため、BlrP1と呼ばれる青色センサータンパク質の光反応を明らかにした。その結果、このタンパク質は単なる光センサーという役割だけではなく、光強度も感知する新しい役割を持つことを見出した。また、多くの研究者が興味を持っている光センサータンパク質PYPの反応を調べ、その反応機構を明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

新しい対物レンズや非球面レンズを使ったシステムに改造して、マイクロメートル領域での熱グレーティング信号を検出できた。
また、マイクロストップドフローシステムを作成し、過渡回折格子法と組み合わせることで溶液交換によって誘起される変化を時間分解で追跡できるようにした。

Strategy for Future Research Activity

比較測定対象として、バルク中における光反応性タンパク質反応機構の解明を行う。例えば、我々が開発してきたeBLUFというセンサータンパク質を用いる。このタンパク質の光誘起の選択的ダイマー化反応を詳細に調べる。また、分子間相互作用の機構を調べるため、PixDやPYPと呼ばれる光センサータンパク質がいかにして光誘起によって分子間相互作用を変え機能に結び付いているか、いかに液滴形成と相関するかなど、タンパク質の反応機構を調べる。

  • Research Products

    (21 results)

All 2022 2021

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 2 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Time-resolved detection of association/dissociation reactions and conformation changes in photosensor proteins for application in optogenetics2022

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Journal Title

      BioPhys. Rev.

      Volume: 13 Pages: 1053-1059

    • DOI

      10.1007/s12551-021-00868-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-resolved detection of SDS-induced conformational changes in α-synuclein by a micro-stopped-flow system2021

    • Author(s)
      S. Takaramoto, Y. Nakasone, K. Sadakane, S. Maruta, M. Terazima
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 11 Pages: 1086-1097

    • DOI

      10.1039/D0RA09614H

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enzymatic activity of the blue light-regulated phosphodiesterase BlrP1 from Klebsiella pneumoniae shows a nonlinear dependence on light intensity2021

    • Author(s)
      K. Shibata, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Journal Title

      FEBS Lett.

      Volume: 595 Pages: 1473-1479

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14073

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photoreaction of photoactivated adenylate cyclase from cyanobacterium Microcoleus chthonoplastes2021

    • Author(s)
      M. Ikoma, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Photochem. Photobiol. B

      Volume: 221 Pages: 112252 (1-10)

    • DOI

      10.1016/j.jphotobiol.2021.112252

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of hydrated ionic liquid on photocycle and dynamics of photoactive yellow protein2021

    • Author(s)
      U. Umezaki, M. Hatakenaka, K. Onodera, H. Mizutani, S. Kim, Y. Nakasone, M. Terazima, Y. Kimura
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 26 Pages: 4554 (1-12)

    • DOI

      10.3390/molecules26154554

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A unique photochromic UV-A sensor protein Rc-PYP interacting with PYP-binding protein2021

    • Author(s)
      S. Kim, Y. Nakasone, A. Takakado, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Terazima
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 21 Pages: 17813-17825

    • DOI

      10.1039/D1CP02731J

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spectrally silent protein reaction dynamics revealed by time-resolved thermodynamics and diffusion techniques2021

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Journal Title

      Acc. Chem. Res.

      Volume: 54 Pages: 2238-2248

    • DOI

      10.1021/acs.accounts.1c00113

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A time-resolved diffusion technique for detection of the conformational changes and molecular assembly/disassembly processes of biomolecules2021

    • Author(s)
      Y. Nakasone, M. Terazima
    • Journal Title

      Front. Genet.

      Volume: 12 Pages: 1-14

    • DOI

      10.3389/fgene.2021.691010

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 青色光センサータンパク質TePixDの青色光可逆的な分子集合反応2022

    • Author(s)
      増田悠祐、床次俊郎、中曽根祐介、寺嶋正秀
    • Organizer
      日本化学会年会
  • [Presentation] 青色光センサーBLUFタンパク質のミリ秒の吸収変化とシグナル伝達機構2022

    • Author(s)
      床次俊郎、小野瀬森彦、中曽根祐介、寺嶋正秀
    • Organizer
      日本化学会年会
  • [Presentation] 光誘起フォールディング反応および分子シャペロンSecBとの相互作用ダイナミクス2022

    • Author(s)
      中曽根祐介、中岡育也、太田帆香、川越聡一郎、石森浩一郎、齋尾智英、寺嶋正秀
    • Organizer
      日本化学会年会
  • [Presentation] 拡散係数変化と触媒活性の相関:非線形光強度依存反応タンパク質BlrP12021

    • Author(s)
      柴田耕生、中曽根祐介、寺嶋正秀
    • Organizer
      溶液化学シンポジウム
  • [Presentation] 光センサータンパク質VVDの光反応ダイナミクス2021

    • Author(s)
      中山貴史、ムッシーニ・アンドレア、中曽根祐介、寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] 光応答性DNAとT7 RNAポリメラーゼの分子間相互作用ダイナミクス2021

    • Author(s)
      竹川玄之介、中曽根祐介、神谷由紀子、浅沼浩之、寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] 青色光センサータンパク質eBLUFの選択的ダイマー化反応2021

    • Author(s)
      柴田耕生、中曽根祐介、寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] An estimation method for the diffusion coefficient using MD simulations with the basic cell containing only one protein as solute2021

    • Author(s)
      Tomoya Iwashita, Masaaki Nagao, Akira Yoshimori, Masahide Terazima, Ryo Akiyama
    • Organizer
      日本生物物理年会
  • [Presentation] 光誘起フォールディング反応および分子シャペロンSecBとの相互作用カイネティクス2021

    • Author(s)
      中岡育也、中曽根祐介、太田帆香、川越聡一郎、石森浩一郎、齋尾智英、寺嶋正秀
    • Organizer
      日本生物物理年会
  • [Presentation] Intermolecular interaction dynamics between PYPs and downstream PYP-binding proteins2021

    • Author(s)
      金穂香、中曽根祐介、高門輝、山崎洋一、上久保裕生、寺嶋正秀
    • Organizer
      日本生物物理年会
  • [Presentation] Time-resolved detection of association/dissociation reaction and conformation changes of photosensor proteins towards applications in Optogenetics2021

    • Author(s)
      Masahide Terazima
    • Organizer
      20th IUPAB Congress
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-resolved detection of water-protein interaction changes by translational diffusion method in protein reactions2021

    • Author(s)
      Masahide Terazima
    • Organizer
      PacifiChem
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Excited triplet state dynamics and conformation changes of protein reactions2021

    • Author(s)
      Masahide Terazima
    • Organizer
      PacifiChem
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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