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2022 Fiscal Year Annual Research Report

“光によらない”葉緑体の炭酸同化能力と進化的原動力を紐解く

Research Project

Project/Area Number 21H02554
Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionNational Museum of Nature and Science, Tokyo

Principal Investigator

谷藤 吾朗  独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 研究主幹 (70438480)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 蓮沼 誠久  神戸大学, 先端バイオ工学研究センター, 教授 (20529606)
矢吹 彬憲  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 地球環境部門(海洋生物環境影響研究センター), グループリーダー (20711104)
伊藤 元雄  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(高知コア研究所), 調査役 (40606109)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2026-03-31
Keywords非光合成葉緑体 / 炭酸同化 / 比較ゲノム / クリプト生物 / 進化
Outline of Annual Research Achievements

非光合成にも関わらず炭酸同化を行い無機培地で増殖する真核生物を見出したことから、その背後にある分子機構を解明する。安定同位体を用いたトレーサー実験により1)詳細な培養実験と透過型電子顕微鏡、超高解像度二次イオン質量分析機による炭酸同化物の細胞内局在・動態解
析、2)同位体メタロボーム解析を行い、炭酸同化物の位置情報と代謝物の情報を組み合わせ、炭酸同化の代謝経路を明らかにする。加えて、3)全遺伝子発現解析、近縁種との比較ゲノム解析により、上記代謝経路の遺伝的背景を補強し、未知の有機物合成経路を生み出した進化多様性原動力の推定を行う。
前年度までに,ゲノム・全遺伝子配列の取得と詳細な培養実験,細胞バルクでの13Cトレーサー検出を行い、また超高解像度二次イオン質量分析(nanoSIMS)、同位体メタロボーム解析の方法論を確立した。R4年度はnanoSIMS解析で,単一細胞内での13Cの局在性を確認した。同位体メタロボーム解析では,当初予定していたキャピラリ電気泳動(CE)+質量選択検出(MS)に加え、化合物検出における網羅性は低いがより感度の高い液体クロマトグラフィー(LC)+ 質量選択検出(MS)での解析を加え、炭酸同化反応における中間生成物から13Cトレーサーを検出した。また、それら中間生成物を触媒する酵素タンパク質群を全遺伝子発現解析データから精査し、それらの細胞内での局在を予測した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

概ね研究スケジュール通りに進捗している。また令和4年度には当初予定にはなかった質量分析機による解析が行われ、より詳細な解析ができた。

Strategy for Future Research Activity

予定通り、これまで取得した各データをマイニングし統合解析に入る。特定の培養環境での高発現タンパク質遺伝子とその生物代謝マップを解析し、質量分析で検出されたメタボロームおよび元素との整合性をとることで、炭酸同化のメカニズムの解明を行う。また遺伝子発現解析から、当初予測していなかった遺伝子群の関与が示唆されたため、それらの機能解析をバイオインフォマティクスと細胞培養・質量分析のデータで補完し全体像の把握を行う。

  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida2022

    • Author(s)
      Kamikawa et al.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Pages: -

    • DOI

      10.1126/sciadv.abi5075

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Gene loss, pseudogenization, and independent genome reduction in non-photosynthetic species of Cryptomonas (Cryptophyceae) revealed by comparative nucleomorph genomics2022

    • Author(s)
      Kim Jong Im、Tanifuji Goro、Jeong Minseok、Shin Woongghi、Archibald John M.
    • Journal Title

      BMC Biology

      Volume: 20 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12915-022-01429-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Nitrate Assimilation Underlying Kleptoplasty2022

    • Author(s)
      Maruyama Moe、Kagamoto Tsuyoshi、Matsumoto Yuga、Onuma Ryo、Miyagishima Shin-ya、Tanifuji Goro、Nakazawa Masami、Kashiyama Yuichiro
    • Journal Title

      BioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2022.12.04.518691

    • Open Access
  • [Presentation] Biosynthesis of chlorophyll-related pigments in non-photosynthetic algae2023

    • Author(s)
      Motoki Kayama・Akinori Yabuki,・Yusuke Kinoshita・ Mami Nomura,・Hideaki Miyashita・Shigeki Mayama・Goro Tanifuji・Yuichiro Kashiyama・Ryoma Kamikawa
    • Organizer
      International Society of Protistologist
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Functional analysis of a novel candidate gene for chlorophyll catabolism conserved in a wide range of eukaryotes.2023

    • Author(s)
      Yuichiro Kashiyama・Tsuyoshi Kagamoto・Masami Nakazawa・Goro Tanifuji
    • Organizer
      International Society of Protistologist
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 盗葉緑体生物のNitrate reductase様遺伝子の機能2022

    • Author(s)
      丸山萌・加賀本剛・谷藤吾朗・中澤昌美・柏山祐一郎
    • Organizer
      日本光合成学会
  • [Presentation] 広範な系統の真核生物に保存された新規クロロフィル代謝遺伝子候補の機能解析2022

    • Author(s)
      柏山祐一郎・中澤昌美・谷藤吾朗
    • Organizer
      日本植物学会
  • [Presentation] 非光合成クリプトモナスは炭素固定能力を維持する2022

    • Author(s)
      谷藤吾朗・松田真実・吉田崇伸・矢吹彬憲・伊藤元雄・石谷佳之・野牧秀隆・神川龍馬・蓮沼誠久・柏山祐一郎
    • Organizer
      日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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