2021 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive understanding of the enhancer cluster regulating the expression of Indian hedgehog in the skeletal system
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21H03142
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
大庭 伸介 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 教授 (20466733)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
北條 宏徳 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (80788422)
森石 武史 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 助教 (20380983)
松尾 友紀 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 技術職員 (40792601)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 骨格系 / インディアンヘッジホッグ / エンハンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度はマウス初代軟骨細胞を用いたIhhエンハンサー候補領域の検索を行った。マウス新生仔の肋軟骨におけるH3K4me2に対するChIP-seq（Chromatin immunoprecipitation-sequencing）データを解析した（H3K4me2はエンハンサーの指標となるヒストン修飾）。さらに、軟骨細胞におけるCol2a1遺伝子の発現に一致してCFPを発現するトランスジェニックマウスから採取したCFP陽性細胞、Col10a1遺伝子の発現に一致してmCherryを発現するトランスジェニックマウスから採取したmCherry陽性細胞それぞれにおけるATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）データよりオープンクロマチン領域に関する情報も取得した。以上の知見を統合し、Ihh遺伝子領域、上流および下流100 kbに存在するエンハンサー候補領域をリストアップした。続いてヒトにおける配列の保存性も検討し、機能解析を行う領域の絞り込みを行った。その結果、Ihh遺伝子の上流およそ80 kbにわたって存在する5つのエンハンサー候補領域を取得した。
また、転写領域の指標となるH3K36me3に対するChIP-seqデータにおいて、Ihh遺伝子領域にピークを認めたことから、使用した細胞集団はIhhの発現メカニズムの検証に妥当であると考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通り、ChIP-seqおよびATAC-seqデータに基づいて、Ihhエンハンサーの候補領域が得られているため。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、Ihhエンハンサーの候補領域のin vivoにおける活性化状態の解析および機能解析を行う。
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