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2022 Fiscal Year Annual Research Report

小胞体内液液相分離の作用機序解明と化学的制御

Research Project

Project/Area Number 22H02205
Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 准教授 (50635810)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
KeywordsLLPS / 酸化的フォールディング
Outline of Annual Research Achievements

天然変性領域を持たない小胞体局在シャペロンの相分離機構を明らかにするため、液滴形成に必要な最小単位の領域を特定し、液滴の表面や内部の構造情報を得ることは最も重要である。そこで各ドメインを分離し相分離能を位相差顕微鏡やホログラフィック顕微鏡で評価した結果、相分離に不可欠な領域を特定した。さらにこの領域にどのような構造変化が伴うのかをNMRで検証した結果、相分離駆動に重要な残基を特定した。
小胞体内相分離の生理学的意義を追求するため、U2OS細胞を用いて、免疫沈降法を用いて検証した結果、細胞内fociを確認することが出来た。
小胞体局在シャペロンの相分離が特定の基質を濃縮するかどうかをGFPtagを用いた蛍光顕微鏡、およびホログラフィック顕微鏡で検証した。その結果、幾種かのシャペロン、酵素、基質、低分子化合物の濃縮の可視化に成功し、濃縮における選択性を示すことが出来た。ホログラフィック顕微鏡からは、相分離駆動だけでなく、制御する特定因子を見出した。今後in vitro, 細胞生物学におけるこれら因子の機能評価を行う必要がある。
さらにホログラフィック顕微鏡液滴内部が酸化還元依存的に内部の密度が変化することを示唆する結果を得た。そこで、新たなチオール化合物の開発は酸化還元依存的相分離制御の化学制御が可能になると考え、幾種かの新規チオール化合物を開発した。その結果、汎用されるチオール化合物であるグルタチオンよりも遥かにチオール・ジスルフィド交換反応を触媒することが出来ることを示し、論文として発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の計画に比べ、1. 相分離駆動領域の特定、2. 細胞内fociの評価、3. ターゲット基質の濃縮において、どれも格段の進展がみられ、現在論文を投稿準備中であることからも当初の計画以上に進展している。
また、4. 酸化還元依存的に相分離現象の制御も示しつつあり、5. その制御因子である新規化合物の開発も進んでおり、当初の計画以上に進展しているを選定した。

Strategy for Future Research Activity

小胞体内相分離の生理学的意義を追求するため、U2OS細胞を用いて、免疫沈降法を用いて検証した結果、細胞内fociを確認することが出来た。今後このfociの生理学的意義を追求するため、幾種かの分泌タンパク質のフォールディングや分泌について検証する必要がある。
また本相分離現象が、幾種かのシャペロン、酵素、基質、低分子化合物の選択的濃縮を示したが、今後in vitro, 細胞生物学におけるこれら因子の濃縮に伴う機能評価を行う必要がある。
さらに新規チオール化合物の開発が進んでいるが、本相分離現象への影響を今後in vitroで見積もり、最終的に細胞内評価する必要がある。

  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 9 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 韓国基礎科学研究所(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      韓国基礎科学研究所
  • [Int'l Joint Research] Univerity of Glasgow(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Univerity of Glasgow
  • [Journal Article] Oxidative Protein Folding Promotion by Imidazoyl-conjugated Thiol2023

    • Author(s)
      Okada, S., Matsumoto, Y., Okumura, M., and Muraoka, T.*
    • Journal Title

      Chem.Lett.

      Volume: 52 Pages: 202-205

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biophysical elucidation of neural network and chemical regeneration of neural tissue2022

    • Author(s)
      Muraoka, T*, Saio, T, and Okumura, M
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 19 Pages: e190024

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0024

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cysteine-based protein folding modulators for trapping intermediates and misfolded forms2022

    • Author(s)
      Nishino, H., Kitamura, M., Okada, S., Miyake, R., Okumura, M., and Muraoka, T.*
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 12 Pages: 26658-26664

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 各生物学的階層におけるタンパク質品質管理の理解2023

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      神戸学院大学セミナー 知の創造セミナー 4回目
    • Invited
  • [Presentation] Understanding the mechanism by which Protein Disulfide Isomerase (PDI) family guide proper oxidative folding2023

    • Author(s)
      Masaki Okumura
    • Organizer
      Zoominar "Amyloid Symposium"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 基質触媒におけるPDI酵素群の動的会合体形成の理解2023

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
    • Invited
  • [Presentation] 各階層における酸化的フォールディング触媒システムの理解2022

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会
    • Invited
  • [Presentation] Structural insights into the protein control system mechanism by PDI family, the endoplasmic reticulum-resident chaperone/enzyme2022

    • Author(s)
      Masaki Okumura
    • Organizer
      Protein Folding, Aggregation, Misfolding Disease, and Disease Crosstalk
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Protein Disulfide Isomerase family; their molecular actions and functions2022

    • Author(s)
      Masaki Okumura
    • Organizer
      Redox Week in Sendai 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 小胞体内における酸化的フォールディング触媒ネットワークの理解2022

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      第95回 日本生化学会
    • Invited
  • [Presentation] PDIファミリーのシャペロン機能の理解:プロテオスタスと神経変性疾患2022

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      第45回 日本分子生物学会
    • Invited
  • [Presentation] ホログラフィック顕微鏡を用いた相分離観察例の紹介2022

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      第45回 日本分子生物学会
    • Invited
  • [Book] 小胞体ジスルフィド結合触媒ネットワークを支える酵素群の構造基盤2022

    • Author(s)
      金村進吾, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • Total Pages
      2
    • Publisher
      日本結晶学会誌 64,209-210
  • [Remarks] ラボホームページ

    • URL

      https://web.tohoku.ac.jp/okumura/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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