Finding novel alleles in soybean - Development of a resource set of primitive soybeans

2022 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 22H02371
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Institution: National Agriculture and Food Research Organization
• Principal Investigator: 加賀 秋人 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 作物研究部門, 主席研究員 (30391551)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: 遺伝資源 / 原始的ダイズ / コアコレクション / 全ゲノム / 新規アリル

Outline of Annual Research Achievements

農業生物資源ジーンバンクおよびUSDAジーンバンクのデータベースから、種子の形態・色のほかに、収集地、収集時期が記載されたパスポートデータを入手し、由来や表現型データを整理した。これらの情報に基づいて、原始的ダイズと思われる系統を農業生物資源ジーンバンクから約200系統、USDAジーンバンクから約40系統を選出し、圃場において栽培し、形質評価を行った。同時にターゲットリシーケンスシステムを用いて、約1000SNPマーカーセットによるジェノタイピングを行い、遺伝子型データに基づいて系統間の類似性を解析し、これらの中から遺伝的に大きく異なる85系統を選定した。これらの中には、種子の増殖が困難な系統も含まれていたため、種子が十分得られた16系統の塩基配列解読を行った。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

予定していた計画通り原始的ダイズの選定の選定を進め、優先して塩基配列解読を進める系統を選定した。

Strategy for Future Research Activity

塩基配列データをリファレンス配列にマッピングし、変異検出を行い、新規アリルの多様度の解析を進める。