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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Structure and function of glycolipid MPIase involved in biogenesis of membrane proteins

Research Project

Project/Area Number 22H02567
Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionIwate University

Principal Investigator

西山 賢一  岩手大学, 農学部, 教授 (80291334)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 塚崎 智也  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80436716)
永森 收志  東京慈恵会医科大学, 医学部, 准教授 (90467572)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Keywordsタンパク質膜挿入 / タンパク質膜透過 / 糖脂質 / MPIase
Outline of Annual Research Achievements

膜タンパク質は、一連のタンパク質性因子の作用により膜挿入し高次構造を形成して機能
発現する。我々は、モデル生物大腸菌では膜タンパク質のバイオジェネシスには糖脂質MPIaseが必須であることを明らかにした。MPIaseはタンパク質膜挿入・膜透過に関わるSecYEGやYidC、TatABCと相互作用して作動するだけでなく、膜タンパク質複合体全般と協働する。本研究では、多機能糖脂質MPIaseの構造と機能の研究を進め、膜タンパク質のバイオジェネシスの分子機構を明らかにすることを目的とする。
MPIase生合成遺伝子探索では、糖鎖繰り返しユニットが1個だけの化学合成標品(mini-MPIase)を用いて糖鎖重合活性を検出した。現在本酵素を精製中である。
タンパク質膜挿入の生化学的解析では、糖鎖繰り返しユニットが2個、3個の化学合成標品や、官能基を修飾した化学修飾MPIase標品を用意し、MPIase活性に必要な要素を確定し、報告した。
MPIase枯渇膜を用いたプロテオーム解析では、ストレス応答に関わる膜タンパク質の発現量はMPIase枯渇により増加することを見出した。一方、MPIase枯渇膜では複合体を形成する膜タンパク質や膜貫通領域の数が多い膜タンパク質の発現量が大幅に減少することが判明した。さらに、複合体タンパク質の機能を膜電位測定によって解析したところ、例えば、F0F1 ATPaseでは発現量が5割弱に減少していたが、膜電位は全く形成されなかった。したがって、MPIaseは多くの膜タンパク質の発現に影響を与え、特に、複雑な構造を有するタンパク質や複合体の形成に重要であることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

MPIase生合成に関わると考えていたYncLには当初期待していた活性がないことが判明したが、MPIase糖鎖重合酵素活性が新たに検出できた。化学合成標品を用いた解析やプロテオーム解析は概ね計画通り進展しているので、「おおむね順調に進展している」と評価した。

Strategy for Future Research Activity

膜タンパク質とMPIaseの相互作用解析のためのモデル膜タンパク質を発現させたところ、細胞毒性が強くうまく調製できなかったため、細胞毒性の低い基質を用意する。他の部分は計画通り実施できると考えている。

  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (12 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural Requirements of a Glycolipid MPIase for Membrane Protein Integration2023

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Han Youjung、Osawa Tsukiho、Mori Shoko、Nomura Kaoru、Muramoto Maki、Nishiyama Ken‐ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Chemistry-A European Journal

      Volume: 29 Pages: e202300437

    • DOI

      10.1002/chem.202300437

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Intermolecular Interactions between a Membrane Protein and a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration2022

    • Author(s)
      Mori Shoko、Nomura Kaoru、Fujikawa Kohki、Osawa Tsukiho、Shionyu Masafumi、Yoda Takao、Shirai Tsuyoshi、Tsuda Shugo、Yoshizawa-Kumagaye Kumiko、Masuda Shun、Nishio Hideki、Yoshiya Taku、Suzuki Sonomi、Muramoto Maki、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology

      Volume: 17 Pages: 609~618

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00882

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Role of a bacterial glycolipid in Sec-independent membrane protein insertion2022

    • Author(s)
      Nomura Kaoru、Mori Shoko、Fujikawa Kohki、Osawa Tsukiho、Tsuda Shugo、Yoshizawa-Kumagaye Kumiko、Masuda Shun、Nishio Hideki、Yoshiya Taku、Yoda Takao、Shionyu Masafumi、Shirai Tsuyoshi、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 12231

    • DOI

      10.1038/s41598-022-16304-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Interaction between glycolipid MPIase and proteinaceous factors during protein integration into the cytoplasmic membrane of E. coli2022

    • Author(s)
      Nishikawa Hanako、Sawasato Katsuhiro、Mori Shoko、Fujikawa Kohki、Nomura Kaoru、Shimamoto Keiko、Nishiyama Ken-Ichi
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 9 Pages: 986602

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.986602

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A bacterial glycolipid essential for membrane protein integration2022

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Mori Shoko、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Advances in Carbohydrate Chemistry and Biochemistry

      Volume: 81 Pages: 95~129

    • DOI

      10.1016/bs.accb.2022.09.005

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ヒト細胞を用いた真核生物のタンパク質膜挿入因子 MPIaseホモログの探索2023

    • Author(s)
      日景 瑠那、Wiriyasemkul Pattama、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第8回 デザイン生命工学研究会
  • [Presentation] 大腸菌生体膜由来の生体膜保護物質の同定とその構造機能解析2022

    • Author(s)
      古谷萩、沢里克宏、森祥子、藤川絋樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] MPIase生合成酵素の探索2022

    • Author(s)
      澁谷まゆ、Han Youjung、大澤月穂、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 大腸菌生体膜由来の膜保護物質の同定と構造機能解析2022

    • Author(s)
      古谷萩、沢里克宏、森祥子、藤川絋樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 生体膜保護物質(BPF)の同定・構造機能解析2022

    • Author(s)
      渡会未夢、古谷萩、Wiriyasemkul Pattama、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 膜タンパク質の膜挿入と複合体形成におけるMPIase の機能2022

    • Author(s)
      山本波知、西川華子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] タンパク質の膜挿入反応を触媒する糖脂質MPIaseの構造・機能解析2022

    • Author(s)
      Han Youjung、藤川 紘樹、大澤 月穂、村本 真規、島本 啓子、西山 賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 膜挿入基質タンパク質GFP-Tom5の精製2022

    • Author(s)
      木村 樹南、森 祥子、藤川 紘樹、島本 啓子、西山 賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 真核生物のMPIase(Membrane protein integrase)ホモログの探索2022

    • Author(s)
      日景 瑠那、Wiriyasemkul Pattama 、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] TAT(Twin-Arginine Translocation )膜透過反応の分子機構解析2022

    • Author(s)
      西川華子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 膜タンパク質のバイオジェネシスに関与する糖脂質MPIaseの構造と機能2022

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質の膜挿入反応を触媒する糖脂質MPIaseの構造・機能解析2022

    • Author(s)
      Han Youjung、藤川 紘樹、大澤 月穂、村本 真規、島本 啓子、西山 賢一
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Remarks] 岩手大学農学部・応用生物化学科・分子生物学研究室

    • URL

      http://news7a1.atm.iwate-u.ac.jp/~sec/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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