2022 Fiscal Year Annual Research Report
全ゲノム解析基盤による機能・情報統合解析と新規心筋症遺伝子の同定および機序解明
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22H03067
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
朝野 仁裕 大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任准教授(常勤) (60527670)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高島 成二 大阪大学, 大学院生命機能研究科, 教授 (90379272)
宮下 洋平 大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任講師(常勤) (60816312)
藏本 勇希 大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任助教(常勤) (50843794)
四宮 春輝 大阪大学, キャンパスライフ健康支援・相談センター, 助教 (10908213)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 心筋症 / 全ゲノム解析 / 病原性バリアント / リスク因子 / 病態機序 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
心筋症の原因遺伝子バリアントを同定するため下記の通り探索を行った。
1.該当する候補遺伝子の抽出(データベース更新後、追加2回、通算4回)
2.候補遺伝子内のレアバリアントの検出と病原性と重篤度に対する評価
3.検出したレアバリアントの心筋症発症に至る病原性と重篤度の各検証と解析 全エクソーム・全ゲノム解析による家系・集団解析
Effect Sizeが大きなバリアントを中心に病原性を有する候補バリアントを抽出した。バリアントポジション固有の病原性スコア・頻度情報を元に、コントロールに比し心筋症群で有意差を持つEffect Sizeの大きなバリアントを絞り込んだ。候補遺伝子リストのパネルを作成し、当該遺伝子上に検出される病原性候補バリアントをリスト化した。さらに、バリアントの病原性予測基準を利用し、集団内での検出頻度が有意であり、家系内共分離が確認でき、生物学的意義の証明がなされているものを優先して抽出した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新型コロナウイルスの感染症拡大による影響に伴い、心筋症の患者の同意取得、検体採取症例回収がやや遅れたが、その後の解析により新規原因遺伝子を含む複数の心筋症原因候補バリアントのリスト化に成功しており、研究全体としては順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後疾患集団に重症度情報を加えたデータベースと突合し、病原性有無を判断する情報解析キュレーションを行い、病原性・重篤度があると示唆される遺伝子バリアントを同定する。最終的に同定した遺伝子バリアントの分子生物学的機能解析を実施し、疾患を引き起こす分子病態機序を明らかにする。
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Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Phospholamban p.Arg14del Cardiomyopathy: A Japanese Case Series.2022
Author(s)
Tabata T, Kuramoto Y, Ohtani T, Miyawaki H, Miyashita Y, Sera F, Kioka H, Higo S, Asano Y, Hikoso S, Sakata Y.
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Journal Title
Intern Med
Volume: 61
Pages: 1987-1993
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Compound heterozygous variants of the NARS2 gene in siblings with developmental delay, epilepsy, and neonatal diabetes syndrome2022
Author(s)
Yagasaki H, Sano F, Narusawa H, Watanabe D, Kaga Y, Kobayashi K, Asano Y, Nagata M, Yonei A, Inukai T
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Journal Title
Am J Med Genet A
Volume: 188
Pages: 2466-2471
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Whole-exome Sequencing Analysis of a Japanese Patient With Hyperinsulinemia and Liver Dysfunction2022
Author(s)
Fujita S, Horitani E, Miyashita Y, Fujita Y, Fukui K, Kamada Y, Mineo I, Asano Y, Iwahashi H, Kozawa J, Shimomura I
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Journal Title
J Endocr Soc
Volume: 6
Pages: bvac008
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Genetic assessment using whole-exome sequencing for a young hypertriglyceridemic patient with repeated acute pancreatitis2022
Author(s)
Fujita S, Nishizawa H, Miyashita Y, Imada T, Yamaguchi T, Murano T, Bujo H, Asano Y, Kozawa J, Maeda N, Shimomura I
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Journal Title
Endocr J
Volume: 69
Pages: 1101-1108
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A novel nonsense variant in ARID1B causing simultaneous RNA decay and exon skipping is associated with Coffin-Siris syndrome2022
Author(s)
Sofronova V, Fukushima Y, Masuno M, Naka M, Nagata M, Ishihara Y, Miyashita Y, Asano Y, Moriwaki T, Iwata R, Terawaki S, Yamanouchi Y, Otomo T
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Journal Title
Hum Genome Var
Volume: 9
Pages: 26
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Refractory Ventricular Arrhythmias in a Patient With Dilated Cardiomyopathy Caused by a Nonsense Mutation in BAG52022
Author(s)
Hakui H, Kioka H, Sera F, Nakamoto K, Ozu K, Kuramoto Y, Miyashita Y, Ohtani T, Hikoso S, Asano Y, Sakata Y
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Journal Title
Circ J
Volume: 86
Pages: 2043
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Novel BCL11B truncation variant in a patient with developmental delay, distinctive features, and early craniosynostosis2022
Author(s)
Eto K, Machida O, Yanagishita T, Shimojima Yamamoto K, Chiba K, Aihara Y, Hasegawa Y, Nagata M, Ishihara Y, Miyashita Y, Asano Y, Nagata S, Yamamoto T
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Journal Title
Hum Genome Var
Volume: 9
Pages: 43
DOI
Peer Reviewed
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