2022 Fiscal Year Annual Research Report
Super流産の原因遺伝子の同定と胎児染色体正常原因不明習慣流産の病態解明
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22H03227
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
杉浦 真弓 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (30264740)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥野 友介 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (00725533)
松浦 栄次 岡山大学, 中性子医療研究センター, 教授 (20181688)
大石 久史 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (30375513)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 不育症 / 習慣流産 / 全ゲノムトリオ解析 / メタボロミクス解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
5家系の全ゲノムタイピング、全ゲノム解析を行った。
参照ヒトゲノム配列と比較し変異を同定する（Alignment）。得られたリード（塩基配列）は、Burrows-Wheeler Alignment ToolやNovoalignなどのソフトを用いてインフォマティクス解析後にヒトの参照塩基配列に貼り付ける。Genome Analysis Tool KitやSnpEffなどを用いて両親と異なる変異を調べる（Variant Call）。一塩基置換Single nucleotide variant (SNV)、短い挿入・欠失insertion/deletion (Indel)がコールされる。
病的候補遺伝子の絞り込み。健常人のバリアント情報ExAC, ESP6500, ToMMo、ヒトの変異情報が網羅されているHuman Gene Mutation Database、バリアントの病的意義をアミノ酸の保存性や変化を元に予測する。in silico解析ツールでの予測スコアSIFT, PolyPhen-2, Mutation Taster, CADDを用いる。
変異候補の絞り込み（Filtering）は新規ヘテロに着目する。父由来ヘテロは除外しない。American College of Medical Genetics (ACMG) / American Molecular Pathology (AMP) をもとに“Pathogenic” “Benign” “Uncertain Significance ”を参照する。有望な変異がないため遺伝子改変マウスの作成に至っていない。
健常人血液を用いてメタボロミクス解析法を確立した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
10回以上流産の症例は希少であるため。
先行研究を参考にしてEDTA血、クエン酸加血など採血条件と実験方法を確立するのに時間がかかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
検体収集に努める。
7－1月に申蓮花研究協力者が中国から岡山大学に来日するため、集中的に測定する。採血条件が決定したのでそれまでに検体収集を行う。胎児染色体正常が確認された習慣流産患者20人の血漿（非妊時）と流産時子宮脱落膜およびコントロールとして流産歴のない20人の人工妊娠中絶時の脱落膜と健常女性20人の血漿（非妊時）を収集する。
ノンターゲットLC-MS/MS。1000種類を超える代謝産物のノンターゲットLC-MS/MS解析を行い、原因不明習慣流産群、健常女性群の代謝プロファイルの差を調べる。島津製作所 LC/MS/MS Method packageを用いてクラスター分析する。
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