Research for Risk Stratification of cerebral hemorrhage

2022 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 22H03344
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Institution: National Cardiovascular Center Research Institute
• Principal Investigator: 高橋 篤 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, 部長 (50392014)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 三輪 佳織 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 病院, 医長 (80645341) ; 白井 学 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, オープンイノベーションセンター, 室長 (70294121)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: 脳出血 / ゲノムワイド関連解析 / 疾患感受性遺伝子 / 遺伝統計学

Outline of Annual Research Achievements

脳出血は、アジア集団に多く遺伝的要因が寄与していることが推測されるが、未解明な点が多い。脳出血のゲノムワイド関連解析(GWAS) の研究は世界中に見ても報告例が少なく、日本人集団での報告はない。本研究は、日本人集団を用いて GWASを実施し、脳出血の関連遺伝子を明らかにすることを目的とする。
本年度は、国立循環器病研究センターバイオバンクに登録された脳出血症例から 250 症例を抽出し、ゲノム解析を実施した。250症例に対し、DNA 濃度などの品質チェックを行った。その後、イルミナ社の SNP Array チップ、Asian Screening Array(ASA) を用いて網羅的ゲノム解析を行い、一塩基多型情報を取得した。得られた SNP Array 情報の生データをまとめてクラスタリングした Genotype Call をすることで、チップ間のバイアスが少ない個々人の一塩基多型情報のデータセットを作成した。得られた一塩基多型情報に対し、品質管理を行い、性別はゲノム情報と臨床情報で一致することを確認した。一塩基多型を用いた主成分分析(PCA)により、日本人集団の症例を確認した。新規の脳出血症例を収集するとともに、ゲノム解析を実施した 250 症例に対し確度の高い臨床情報のデータベース化を行った。Imputation は ASA に搭載されていない一塩基多型を推定する方法である。 1000 Genomes Project の公開配列を参照配列とした Imputation の解析プロトコルを構築し、ゲノムワイド関連解析のための準備を進めた。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

脳出血250症例の網羅的ゲノム解析を行い、確度の高い臨床情報のデータベース化を実施した。

Strategy for Future Research Activity

GWAS では解析に用いる症例数が多いほど、検出力が高い。解析症例数を増やすため、引き続き新規症例に対し脳出血症例のゲノム解析を実施するとともに臨床情報のデータベース化を進める。得られたゲノム情報と臨床情報を用いて予備的な解析を開始する。