2023 Fiscal Year Annual Research Report
ブロッキング核酸増幅阻害法による血中癌関連遺伝子変異検出による癌病態動態の可視化
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23H02760
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
藤井 穂高 弘前大学, 医学研究科, 教授 (30302665)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
袴田 健一 弘前大学, 医学研究科, 教授 (30271802)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | リキッド・バイオプシー / ctDNA / 癌関連遺伝子 / ブロッキング核酸増幅法 / 遺伝子変異 / エピゲノム変化 / 癌 / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
各種癌関連遺伝子変異及びエピジェネティック変化をミミックするような系を、プラスミドを用いて作成した。癌関連遺伝子の野生型（陰性対照）と変異型（検出したいもの）のセットや、癌関連遺伝子のプロモーター配列にメチル化を入れていないもの（陰性対照）と入れたもの（検出したいもの）とのセットである。こうした系を用いて、陰性対照と検出したいものを混合してallele frequency (AF) を調整し、ブロッキング核酸増幅法群を適用して、検出したいものが高い感度（少なくとも0.5%のAF）で検出できるように系を最適化した。癌関連遺伝子としては、配列変異はKRAS遺伝子及びALK遺伝子、エピジェネティック変化はCDKN2A/B遺伝子について系を構築した。配列変異検出にはoligoribonucleotide interference (ORNi)-PCR法／clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-recombinase polymerase amplification (RPA) 法／CRISPRi-reverse transcription (RT) 法を用いる。エピジェネティック変化検出にはmethyl CpG-binding protein (MBD) interference (MBDi)-RPA法／DNA-binding protein (DB)-RPA法を用いる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
腫瘍組織や血液サンプルへのアクセス等の点を考慮して標的癌関連遺伝子を決定した。それらについては計画通り、プラスミドやエピジェネティック変化モデル系を用いた実験条件最適化が完了した。また、当初の計画に記載していたBRAF遺伝子についても、V600E変異の検出系の構築を2024年度中に完了する予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
2024年度：既に実験条件最適化が完了している遺伝子について、cfDNAモデル及び健常人血漿を用いた臨床検体ミミック系による検出感度・精度の計測を行う。また、追加でBRAF遺伝子についても、V600E変異の検出系の構築を今年度中に完了する予定である。
2025年度：次いで、患者検体を用いた検出能評価試験を実施する。
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