2023 Fiscal Year Annual Research Report
Large-scale cross-ancestry multi-omics study to elucidate the pathogenesis of COVID-19 severity and Long COVID
| Project/Area Number |
23H02917
|
|---|
| Allocation Type | Single-year Grants |
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
中西 智子 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特別研究員 (70975359)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福永 興壱 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (60327517)
岡田 随象 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (70727411)
長谷川 嵩矩 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 准教授 (80753756)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
|
| Keywords | COVID-19 / RNAシークエンス |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
2023年度は日本コロナウイルスタスクフォースコホートにおいて、約4000検体の血液検体のRNAシークエンスを追加発注した。この約4000検体RNAシークエンスデータに対して、リファレンスゲノムに対するマッピングやleafcutterを用いたalternative splicingの定量化を行なった。また、全ゲノムシークエンス10000検体についてGATKパイプラインを用いてマッピングからvariant callingまで完了し、joint callを開始した。
さらに、過去に実施した1000検体のRNAシークエンスデータに加えて、既存の全ゲノムシークエンスデータや一細胞RNAシークエンスデータのと統合解析を実施した。具体的には全ゲノムシークエンスデータをリファレンスとすることでRNA編集が起きている座位(RNA editing site）を明らかとし、編集量の定量化も行なった。そして、遺伝子発現量、splicing定量値、RNA編集量を形質としたQTL解析（QTL=Quantitative Trait Loci：量的形質遺伝子座）を行ない、新規の関連座位を同定した。
最後に、一細胞RNAシークエンスデータを統合し、RNA発現、splicing、RNA編集が起きている責任細胞腫の同定を目指した。そしてsplicingを含めたトランクリプト全長の理解を深めるため、120検体についてロングリードシークエンスを追加した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度は予算の拡充もあり、大規模にシークエンス解析を実施することができた。
|
| Strategy for Future Research Activity |
今年度は、昨年度末に受領したロングリードシークエンスデータを解析し、ショートリードで得られたスプライシングからトランスクリプト全長のマッピングを実行する。さらにロングリードデータによってトランスクリプト全長リファレンスを作成し、ショートリードシークエンスをマッピングすることで、全長トランスクリプトによる発現量の定量化を実施する。
|
-
-
-
-
[Journal Article] Genome-wide Association Study of Long COVID2023
Author(s)
Lammi Vilma、Nakanishi Tomoko、Jones Samuel E、Andrews Shea J、Karjalainen Juha、Corts Beatriz、O’Brien Heath E、Fulton-Howard Brian E、Haapaniemi Hele H、Schmidt Axel、Mitchell Ruth E、Mousas Abdou、Mangino Massimo、Huerta-Chagoya Alicia、Sinnott-Armstrong Nasa、Cirulli Elizabeth T、…, Zeberg Hugo、Ollila Hanna M.
-
Journal Title
medRxiv
Volume: －
Pages: －
DOI
Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
-
-
-
-
[Journal Article] Circulating proteins to predict COVID-19 severity2023
Author(s)
Su Chen-Yang、Zhou Sirui、Gonzalez-Kozlova Edgar、Butler-Laporte Guillaume、Brunet-Ratnasingham Elsa、Nakanishi Tomoko、Jeon Wonseok、Morrison David R.、Laurent Laetitia、Afilalo Jonathan、Afilalo Marc、Henry Danielle、Chen Yiheng、Carrasco-Zanini Julia、Farjoun Yossi、Pietzner Maik、Kimchi Nofar、…, Richards J. Brent
-
Journal Title
Scientific Reports
Volume: 13
Pages: -
DOI
-
