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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Search for new natural products derived from rare microorganisms

Research Project

Project/Area Number 23KF0001
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

脇本 敏幸  北海道大学, 薬学研究院, 教授 (70363900)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) LIU MIAOMIAO  北海道大学, 薬学研究院, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2023-04-25 – 2024-03-31
Keywords休眠遺伝子 / 生合成
Outline of Annual Research Achievements

微生物から見出された生物活性天然物は抗生物質をはじめ、抗がん剤や免疫抑制剤などとして臨床上重要な医薬品として用いられている。とりわけ近年では薬剤耐性菌出現への対処として、新しい作用機序を有する新規抗生物質の開発が急務となっている。さらに、最近のゲノム配列解読技術の発展に伴い、微生物のゲノムにコードされる天然物生合成遺伝子が次々に明らかにされてきた。その過程で、微生物ゲノムに含まれる生合成遺伝子の数は、単離された天然物の数よりも数倍多いことが分かってきた。したがって、これら休眠遺伝子を活性化できれば未開拓な天然物が獲得できる。
実際に、これまでに国内外の研究者が様々な休眠遺伝子活性化方法を検討してきた。例えば、低濃度の抗生物質や異種細菌を特定の細菌培養液に添加することで、新規天然物の生産を誘導する例が報告されている。これらの知見は、同じ細菌種であっても、異なる培養条件では異なる天然物を生産できる可能性を示している。OSMAC (One Strain - Many Compounds)として知られている微生物の潜在的な天然物生産能を実験的に示した概念である。培養条件を工夫する方策はさまざまな手法が考えられるが、細菌が生息する本来の自然環境を模倣することで、休眠遺伝子を活性化できる可能性がある。そこで我々は細菌が放出する細胞外膜小胞(MVs)に着目した。多くの細菌が生産するMVsは海水など様々な環境中から検出されている。MVsはタンパク質、DNA断片や小分子化合物を内包する小胞で、細菌間相互作用の媒体として機能することが示唆されている。本研究では、OSMAC による新規天然物の取得を目指し、特にMVsを細菌培養液に添加して細菌間相互作用を模倣することで休眠遺伝子の活性化を試みた。その結果複数の新規天然物の検出に成功した。

  • Research Products

    (14 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Griffith University(オーストラリア)

    • Country Name
      AUSTRALIA
    • Counterpart Institution
      Griffith University
  • [Journal Article] Chemoenzymatic tandem cyclization for the facile synthesis of bicyclic peptides2024

    • Author(s)
      Kobayashi Masakazu、Onozawa Naho、Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      Communications Chemistry

      Volume: 7 Pages: 67

    • DOI

      10.1038/s42004-024-01147-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] New variochelins from soil-isolated Variovorax sp. H0022024

    • Author(s)
      Haedar Jabal Rahmat、Yoshimura Aya、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      Volume: 20 Pages: 692~700

    • DOI

      10.3762/bjoc.20.63

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Bacterial Hydrazine Biosynthetic Pathways Featuring Cupin/Methionyl tRNA Synthetase‐like Enzymes2024

    • Author(s)
      Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 25 Pages: e202300874

    • DOI

      10.1002/cbic.202300874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phylogeny‐guided Characterization of Bacterial Hydrazine Biosynthesis Mediated by Cupin/methionyl tRNA Synthetase‐like Enzymes2024

    • Author(s)
      Matsuda Kenichi、Nakahara Yuto、Choirunnisa Atina Rizkiya、Arima Kuga、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 25 Pages: e202300838

    • DOI

      10.1002/cbic.202300838

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Actinobacterial chalkophores: the biosynthesis of hazimycins2024

    • Author(s)
      Matsuda Kenichi、Maruyama Hiroto、Imachi Kumiko、Ikeda Haruo、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      The Journal of Antibiotics

      Volume: 77 Pages: 228~237

    • DOI

      10.1038/s41429-024-00706-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Five New Analogs of Streptogramin Antibiotic Viridogrisein Isolated from Streptomyces niveoruber2024

    • Author(s)
      Yoshimura Aya、Honda Takumi、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      Chemical and Pharmaceutical Bulletin

      Volume: 72 Pages: 80~85

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00776

  • [Journal Article] 細胞外膜小胞を介した異種細菌間相互作用による二次代謝産物の生産誘導2024

    • Author(s)
      吉村彩、脇本敏幸
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 82 Pages: 167^169

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Animal-associated marine Acidobacteria with a rich natural-product repertoire2023

    • Author(s)
      Leopold-Messer Stefan、Chepkirui Clara、Mabesoone Mathijs F.J.、Meyer Joshua、Paoli Lucas、Sunagawa Shinichi、Uria Agustinus R.、Wakimoto Toshiyuki、Piel Joern
    • Journal Title

      Chem

      Volume: 9 Pages: 3696~3713

    • DOI

      10.1016/j.chempr.2023.11.003

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Membrane‐Vesicle‐Mediated Interbacterial Communication Activates Silent Secondary Metabolite Production2023

    • Author(s)
      Yoshimura Aya、Saeki Rio、Nakada Ryusuke、Tomimoto Shota、Jomori Takahiro、Suganuma Keisuke、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 62 Pages: e202307304

    • DOI

      10.1002/anie.202307304

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Carrier Protein Mediated Formation of the Dihydropyridazinone Ring in Actinopyridazinone Biosynthesis2023

    • Author(s)
      Arima Kuga、Akiyama Satoko、Shin‐ya Kazuo、Matsuda Kenichi、Wakimoto Toshiyuki
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 62 Pages: e202305155

    • DOI

      10.1002/anie.202305155

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ペニシリン結合タンパク質型チオエステラーゼを用いた環状ペプチドの効率的な化学-酵素合成2023

    • Author(s)
      松田研一、脇本敏幸
    • Journal Title

      Peptide Newsletter Japan

      Volume: 129 Pages: 4-7

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新規ペプチド修飾酵素の機能拡張による大環状複雑骨格の創成2024

    • Author(s)
      脇本敏幸
    • Organizer
      「予知生合成科学」第3回公開シンポジウム
    • Invited
  • [Remarks] 北海道大学大学院薬学研究院天然物化学研究室

    • URL

      https://www.pharm.hokudai.ac.jp/tennen/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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