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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular-scale functional visualization of bio- and nano-materials by AFM functional probes

Research Project

Project/Area Number 24221008
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山田 啓文  京都大学, 工学研究科, 教授 (40283626)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小林 圭  京都大学, 工学研究科, 准教授 (40335211)
平田 芳樹  国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (10357858)
Project Period (FY) 2012-05-31 – 2017-03-31
Keywordsナノ計測 / 原子間力顕微鏡 / 水和構造計測 / 3次元フォースマップ
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、われわれがこれまで発展させてきた液中高分解能FM-AFMイメージング技術および多環境動作可能なデュアルプローブAFM技術に基づいて、生体膜上のさまざまな生体分子の機能・構造を分子スケールで識別して可視化する、新たな分子機能イメージング法を確立し、生体分子機能発現の微視的機構を解明することを目的としている。分子認識機能を担う生体分子の活性部位においては、その電荷密度の変化が機能発現に密接に関わっており、生体分子上における電荷密度計測は本質的に重要になる。一方、これまでの研究から、真空中の表面電荷計測に用いてきた静電気力顕微鏡のような電場変調による計測法を溶液環境に適用すると、電気二重層形成によって外部電界が遮蔽され、表面電荷計測は著しく困難なものとなる。われわれは、本研究において、拡散二重層の重なりによって生じる浸透圧力および静電気力を起源とする電気二重層力を検出することで、拡散二重層の3次元分布を測定し、界面における電荷分布を計測することが可能となることを見いだした。実際、3次元フォースマップ法を用いた電気二重層力計測によって、界面活性剤分子(ドデシル硫酸ナトリウム)がグラファイト固体基板上で形成する表面ミセル構造の帯電表面の電荷密度を得ることに成功した。また、3次元的な電気二重層力分布から局所電荷密度を求めるためには、境界条件を含むPoisson-Boltzmann方程式を解く必要があるが、われわれは、変形グリーン関数法という計算法を新たに開発し、これによって実験で得られた試料形状および電気二重層力分布からミセル構造の局所電荷密度を求めることにも成功した。また、生体分子への応用実験として、ポリLリジン膜上のDNA分子の電荷密度分布の計測にも成功した。得られたDNA上の電荷密度は、先行研究の巨視的計測法で得られた結果にほぼ一致した。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Aalto University(Finland)

    • Country Name
      Finland
    • Counterpart Institution
      Aalto University
  • [Journal Article] Direct investigations of the interface impedance of organic field-effect transistors with self-assembled-monolayer-modified electrodes2016

    • Author(s)
      T. Kimura, K. Kobayashi, H. Yamada
    • Journal Title

      Organic Electronics

      Volume: 38 Pages: 74-78

    • DOI

      10.1016/j.orgel.2016.07.038

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] F. Ito, K. Kobayashi, P. Spijker, L. Zivanovic, K. Umeda, T. Nurmi, N. Holmberg, K. Laasonen, A. S. Foster, and H. Yamada2016

    • Author(s)
      F. Ito, K. Kobayashi, P. Spijker, L. Zivanovic, K. Umeda, T. Nurmi, N. Holmberg, K. Laasonen, A. S. Foster, and H. Yamada
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry C

      Volume: 120 Pages: 19714-19722

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.6b05651

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Visualization of subsurface nanoparticles in a polymer matrix using resonance tracking atomic force acoustic microscopy and contact resonance spectroscopy2016

    • Author(s)
      K. Kimura, K. Kobayashi, A. Yao and H. Yamada
    • Journal Title

      Nanotechnology

      Volume: 27 Pages: 415707

    • DOI

      10.1088/0957-4484/27/41/415707

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 液中FM-AFMによる左巻きDNAの表面電荷密度マッピング2017

    • Author(s)
      木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第64回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] DNAオリガミを用いたbiotin結合タンパク質の液中FM-AFM観察2017

    • Author(s)
      山本 悠樹、木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第64回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] ナノピペットによるstreptavidin分子注入とその2次元結晶成長観察2017

    • Author(s)
      濱田 貴裕、木南 裕陽、宮本 眞之、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第64回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] 複数AFMモードによるstreptavidin-biotin間特異的相互作用力測定2017

    • Author(s)
      杉本 千奈、宮本 眞之、木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第64回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] マイカ上streptavidin 2次元結晶におけるpHの影響2017

    • Author(s)
      崔 子鵬、小林 圭、平田 芳樹、山田 啓文
    • Organizer
      第64回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] Mg2+存在下におけるカルサイトの3次元水和構造評価2017

    • Author(s)
      荒木 優希、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第64回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] High-resolution imaging of different DNA conformations by FM-AFM2016

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      24th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy
    • Place of Presentation
      Honolulu, USA
    • Year and Date
      2016-12-14 – 2016-12-16
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mg2+ effect on 3D Water Distribution of Calcite Surface2016

    • Author(s)
      Y. Araki, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      24th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy
    • Place of Presentation
      Honolulu, USA
    • Year and Date
      2016-12-14 – 2016-12-16
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 生体分子認識・分子揺らぎ計測の現状と展開2016

    • Author(s)
      山田 啓文
    • Organizer
      日本顕微鏡学会走査型プローブ顕微鏡分科会
    • Place of Presentation
      湯沢ニューオータニホテル(新潟県南魚沼郡湯沢町)
    • Year and Date
      2016-11-13 – 2016-11-14
  • [Presentation] 濃度溶液中におけるStreptavidin 2次元結晶の液中FM-AFM高分解能構造観察(2)2016

    • Author(s)
      崔 子鵬、小林 圭、平田 芳樹、山田 啓文
    • Organizer
      第77回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-16
  • [Presentation] 液中 FM-AFM による DNA上における 3次元フォースマッピング2016

    • Author(s)
      木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第77回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-16
  • [Presentation] FM-AFMによる層状ケイ酸塩鉱物表面のイオ ン交換に伴う水和構造変化の3次元イメージング2016

    • Author(s)
      荒木 優希、佐藤 久夫、大西 洋、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第77回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-16
  • [Presentation] 液中AFMを用いたstreptavidin 2次元結晶の構造変化のその場観察2016

    • Author(s)
      濱田 貴裕、木南 裕陽、宮本 眞之、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第77回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-16
  • [Presentation] 液中FM-AFMによるDNAオリガミの構造・物性評価2016

    • Author(s)
      山本 悠樹、木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第77回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-16
  • [Presentation] Molecular-scale Investigations of Solid-Liquid Interfaces by Frequency Modulation Atomic Force Microscopy2016

    • Author(s)
      H. Yamada
    • Organizer
      The 16th European Microscopy Congress (EMC 2016)
    • Place of Presentation
      Lyon, France
    • Year and Date
      2016-08-28 – 2016-09-02
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Local hydration structure measurements of DNA molecules by 3D force mapping using frequency-modulation AFM in liquids2016

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, H. Yamada
    • Organizer
      The 19th International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2016)
    • Place of Presentation
      Nottingham, UK
    • Year and Date
      2016-07-25 – 2016-07-28
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular-scale imaging of two-dimensional streptavidin crystals in solution by FM-AFM2016

    • Author(s)
      M. Miyamoto, H. kominami, K. Kobayashi, H.Yamada
    • Organizer
      The 19th International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2016)
    • Place of Presentation
      Nottingham, UK
    • Year and Date
      2016-07-25 – 2016-07-28
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mg concentration dependence of calcite hydration structure2016

    • Author(s)
      Y. Araki, H. Onishi, K. Kobayashi, H. Yamada
    • Organizer
      The 19th International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2016)
    • Place of Presentation
      Nottingham, UK
    • Year and Date
      2016-07-25 – 2016-07-28
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] “3D visualization of hydration structures on plasmid DNA by using frequency modulation AFM in liquids2016

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, H. Yamada
    • Organizer
      International Scanning Probe Microscopy Conference (ISPM2015)
    • Place of Presentation
      Grindelwald, Switzerland
    • Year and Date
      2016-06-12 – 2016-06-15
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-01-16  

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