2013 Fiscal Year Annual Research Report
データ集約型科学研究における探索的過程を支援する即興的知識フェデレーション技術
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24240011
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
田中 譲 北海道大学, 情報科学研究科, 特任教授 (60002309)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
峯田 克彦 北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (40374615)
猪村 元 北海道大学, 知識メディア・ラボラトリー, 特任助教 (70615210)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 情報システム / 知識フェデレーション / 科学研究ＩＴ基盤 |
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| Research Abstract |
基盤システム技術に関する研究では、Ruby、Python、IntelのOpen CVライブラリ、Ushahidiに関してジェネリックラッパーを開発し、これらで開発されたツールを、相互に連携可能な部品として、オープン・ツール/サービス・ライブラリに登録した。同時に、オープン・ツール・サービス・ライブラリの管理検索システムの基盤技術をRDFデータベース技術に基づいて研究開発した。ライブラリに登録された公開ツールやサービスに対する即興的フェデレーションのミドルウェア・システムをWebトップ知識メディアWebble Worldを基盤技術として確立した。RDFデータベース技術に基づいて、フェデレーション・サーバ技術の試作開発を行い、セキュリティ・トークンを用いたセキュリティ・サーバ技術の試作開発を行い実装した。
データ集約型科学への応用に関する研究に関しては、ガン臨床治験統合支援IT基盤への応用を目指して、EUのp-medicineプロジェクトから提供された治験データと患者遺伝子データに関する擬似データセットをデータウェアハウスに試作実装した。VPH－Shareの中から選出したツール群を、ツールライブラリに格納し管理時検索可能にした。TOB（Trial Outline Builder）を拡張し、仮想診断イベントを実装し、その内部分析処理を、ワークフロー・ツールと即興的フェデレーションによって定義可能にした。オントロジーを管理するオントロジー・サービスをRDFデータベース技術に基づいて試作実現した。バイオ情報学研究基盤への応用に関しては、基本ツール群を、オープン・ツール・サービス・ライブラリ基盤技術を用いたツールライブラリに格納し管理時検索可能にした。ウェブポータル上の即興的フェデレーション技術を用い、ワークフロー構築と即興的フェデレーション構築のフレームワークを試作実現した。分析ツールの間のデータ交換の基盤となるオントロジーを管理するオントロジー・サービスを試作実現した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
基盤システム技術に関する研究では、ジェネリックック・ラッパー技術を確立し、Ruby、Pythonで開発されたすべての応用プログラム、IntelのOpen CVライブラリ、Ushahidi等を、相互に連携可能な部品としてオープン・ツール・サービス・ライブラリに登録可能とした。オープン・ツール・サービス・ライブラリの管理検索システムの基盤技術もRDFデータベース技術に基づいて研究開発した。ウェブポータル上の即興的フェデレーション技術の確立に関しても、オープン・ツール/サービス・ライブラリに登録された公開ツールやサービスに対する即興的フェデレーションのミドルウェア・システムをWebトップ知識メディアWebble Worldを基盤技術として確立した。これらのデータ集約型科学への応用に関する研究に関しては、ガン臨床治験統合支援IT基盤への応用を目指して、EUのp-medicineプロジェクトから提供された治験データと患者遺伝子データに関する擬似データセットをデータウェアハウスに試作実装し、VPH－Shareの中から選出し、相互にフェデレーション可能な部品にラッピングしたツール群を、オープン・ツール・サービス・ライブラリに格納し管理時検索可能にし、探索的可視化分析環境を含む統合支援システムである拡張TOB（Trial Outline Builder）の基盤部分の試作を完了した。バイオ情報学研究基盤への応用に関しては、バイオ情報学における基本ツール群を、オープン・ツール・サービス・ライブラリ基盤技術を用いたツールライブラリに格納し管理時検索可能にした。ウェブポータル上の即興的フェデレーション技術を用い、ワークフロー構築と即興的フェデレーション構築のフレームワークを試作実現した。これらが可能にする探索的可視化分析環境では、データの検索可視化、分析ツールとの連携の基盤技術が確立された。
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| Strategy for Future Research Activity |
基盤技術に関しては、各課題に対して、実装を完成させ、評価とテストを行うと共に、すべてのサブシステムを統合し、応用において実証的にこの統合基盤システムの評価を行い、必要な要素技術の改善と統合システム技術の改善を行う。
データ集約型科学への応用に関する研究に関しては、ガン臨床治験統合支援IT基盤への応用では、各課題に対して、実装を完成させ、評価とテストを行うと共に、すべてのサブシステムを統合し、拡張TOBとも統合する。拡張TOB（Trial Outline Builder）の研究開発では、ガン治験データの分析における実際の多様なユース・シナリオについて、拡張TOBを用いた評価テストを行う。拡張TOBにおいて、遺伝子診断イベントを含む診断イベントや療法イベントの中から複数のイベントにまたがる多数の属性値を参照して定義されるさまざまな分析処理を、ワークフローや即興的フェデレーションを用いて、仮想診断イベントとして実現する。このようなイベントの属性値もTOBのパラレル座標系システムの座標軸として取り扱い、パラレル座標システムをインタラクティブに操作して、患者の症例を絞り込むことにより、これと連動した生命表表示の上で、治療効果に有意な差を示す候補治療法が分離できるかどうかを評価する。
バイオ情報学研究基盤への応用に関しては、各課題に対して、実装を完成させ、評価とテストを行うと共に、すべてのサブシステムを統合し、バイオ情報学における際の多様分析のユース・シナリオについて、バイオ情報学フェデレーション・ポータルを用いて即興的フェデレーションを定義実行し、バイオ情報学研究基盤情報システムとしての機能と性能、使い勝手を評価し、必要な改善を行う。
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Research Products
(14 results)
