2014 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
24244068
|
|---|
| Research Institution | Nagoya University |
|---|
Principal Investigator |
笹井 理生 名古屋大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30178628)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
|
| Keywords | 国際情報交換アメリカ / 非断熱揺らぎ / クロマチン構造 / 遺伝子制御ネットワーク |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
２６年度には、２５年度の成果をさらに拡張し、真核細胞におけるヒストン状態の変化やクロマチン構造の変化を離散的な状態変数により表現して、遺伝子の非断熱揺らぎの理論を展開した。この結果はニューヨーク州立大学のWang教授のグループとの共同研究として、投稿準備中である。また、この方法を用いて分化した細胞から多能性のある細胞へのリプログラミング過程を記述するための遺伝子スイッチング理論を開発し、非断熱揺らぎがスイッチング過程に大きな影響を与えることを示した。この結果は国際会議で報告し、http://arxiv.org/にプレプリント論文として公開したほか、学術誌への投稿準備が進んでいる。この結果に基づき、ランジュバン動力学計算およびフォッカープランク方程式の方法により、循環流とランドスケープによる分析を行い、非断熱揺らぎによって遺伝子スイッチに生じる特徴的な揺らぎの構造を解析する理論を展開した。
また、出芽酵母のゲノム動力学計算について、Hi-C実験データのバイアスを除く方法を適用して計算方法を発展させ、遺伝子活性が低い遺伝子は核膜に近い場所に、活性が高い遺伝子はセントロメアからやや離れた位置で核の内側に局在する傾向をシミュレーションによって示した。
さらにゲノム動力学計算の方法をヒトゲノムに適用するため、二倍体のゲノムＭＤに必要な自己無撞着的計算法を開発し、大規模計算を行った。染色体テリトリーの分布や相同染色体ペア間の差異について、計算結果を分析した。
|
| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
|
