2014 Fiscal Year Annual Research Report
種内・属内レベルの集団ゲノミクスによる樹木の適応進化・種分化プロセスの解明
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24248028
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
井鷺 裕司 京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (50325130)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
津村 義彦 筑波大学, 生命環境科学研究科(系), 教授 (20353774)
上野 真義 独立行政法人森林総合研究所, その他部局等, 研究員 (40414479)
瀬戸口 浩彰 京都大学, 人間・環境学研究科(研究院), 教授 (70206647)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 適応進化 / 次世代シーケンサー / 選択 / 連鎖地図 / RAD-seq / オーストラリア |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Callitris columellaris複合種は4～5個の系統から構成され、オーストラリア大陸全域に広域分布する。その多様化の過程で、気温・降水量などの気候ニッチを拡大に伴う生態的適応や種分化に関係する遺伝的背景を検証するため、RNA-seq に基づく候補遺伝子解析を行った。
RNA-seq は各系統を代表する 7 個体を対象に行い、系統内で dN/dS<1 かつ系統間で dN/dS>1、dN と dS の差が有意に大きい 72 遺伝子を候補遺伝子として定義した。これらの遺伝子について、大陸中から採取した 96 サンプルを対象に次世代シークエンサーを用いてリシークエンスを行い、SNP データを得た。これらの候補遺伝子における SNP の遺伝的分化と、RAD-seq 由来のゲノムワイド SNP における遺伝的分化を比較することで、豪州ヒノキ複合種の適応と種分化に関わる遺伝的背景を解析した。
また、裸子植物に特徴的な半数体胚乳組織DNAを活用して連鎖地図を構築した。1本の母樹とそれに由来する74個の種子胚乳からDNAを抽出しRAD-seq解析することで、873 SNPが染色体数と同数の連鎖群に乗る高密度連鎖地図を、従来の交配家系を用いた手法に比べてきわめて短期間、低コストで簡便に得ることができた。本研究で構築した連鎖地図はCallitris種群の系統解析や適応進化解析の基盤情報として活用できる。
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Presentation] 豪州ヒノキの候補遺伝子解析2015
Author(s)
阪口翔太, 上野真義, 津村義彦, 伊藤元己, David Bowman, Lynda Prior, Michael Crisp, 井鷺裕司
Organizer
第126回日本森林学会
Place of Presentation
北海道大学
Year and Date
2015-03-27
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[Presentation] What factors promoted lineage divergence of East Asian temperate tree? Testing respective roles of climate change, seaways barrier and topographic heterogeneity.2015
Author(s)
Sakaguchi, S., Qiu, Y.X., Liu, Y., Qi, X.S., Kim, S.H., Han, J., Takeuchi, Y., Worth, J.R.P., Yamasaki, M., Sakurai, S. and Isagi, Y.
Organizer
Contribution of Genetics to Plant Conservation, FAPESP-JSPS Joint Research Workshop 2015
Place of Presentation
サンパウロ大学農学部「ピラスィカバ（ブラジル）」
Year and Date
2015-02-04
Invited
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