2014 Fiscal Year Annual Research Report
魚介類ＲＮＡ干渉機構の解明と増養殖・感染防御への応用
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24248034
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
浅川 修一 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30231872)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 小分子RNA / miRNA / ヘテロボツリウムオカモトイ / トラフグ / メダカ / miR-499 / アコヤガイ / クドア |
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| Outline of Annual Research Achievements |
年々充実するmiRNA等の小分子RNAのデータベースの拡充に伴って解読した魚類小分子RNAのデータ解析をアップデートし、一層正確な小分子RNAのプロフィールを示すことに努めた。その結果、トラフグ各組織からのべ1420種類のmiRNAを見出した。またメダカについても引き続き解析を進めた。解析の完了したトラフグの9種類の組織ではそれぞれの組織でのみ特異的な発現を示す特徴的なmiRNAをリスト化した。各miRNAの派生群であるisomiRを網羅的に見出した。5’側のindelによりシード配列部分が異なるmiRNAも見出した。シード配列が異なることから、同一のisomiR種内間でターゲットとする遺伝子が異なることが予想された。また小分子RNAのマッピングの結果の完成度を一層高めるため、トラフグゲノム配列の高精度化も併せて推進した。アコヤガイの小分子RNAのトランスクリプトーム解析を行ったが、既報の生物とは異なる小分子RNA のサイズ分布を示した。
miR-499はミオシン重鎖遺伝子MYH14のイントロン内にあるmyomiRであり、これらのゲノム構造は脊椎動物で広く保存されている。メダカではMYH14が消失しており、miR-499のみが残っている。しかしメダカmiR-499の発現パターンはMYH14/miR-499が保存されている他の魚類と同様の心筋、遅筋特異的な発現パターンを示した。またmiR-499のノックダウンによる遅筋線維の形成不全を示した。
特に耐病性についての検討を行うための基礎データを得るため魚類感染菌の解析を行った。
RNA薬のドラッグデリバリーのため、蛍光siRNAを用いて魚類におけるRNAの動態解析を試み、高感度検出系の確立を進めた。RNA干渉を活用してH. okamotoiの不妊化を図るために有望なターゲットであるvasa関連遺伝子を見出した。また、現在食中毒を引き起こすことで問題となっている寄生虫、クドアに新たに注目し、そのゲノムシーケンシングを完了した。
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Dramatic improvement in genome assembly achieved using doubled-haploid genomes.2014
Author(s)
Zhang H, Tan E, Suzuki Y, Hirose Y, Kinoshita S, Okano H, Kudoh J, Shimizu A, Saito K, Watabe S, Asakawa S.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 4
Pages: 6780
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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