• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2013 Fiscal Year Annual Research Report

多様な半構造化データからのデータ構造推定

Research Project

Project/Area Number 24300054
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

馬見塚 拓  京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 / ゲノム / プロテオーム
Research Abstract

本研究の目的は、グラフやネットワークに代表される「半構造化データ」とネットワークの「ノードに付随する特徴(属性)データ」の2つを入力として、内在する真のデータ構造を効率的に推定し出力するための汎用手法を構築することである。具体的には、ラベルプロパゲーション及びリンク予測と呼ばれる問題を効率的に解明するための統合的な手法を構築することである。平成25年度においては、特に、ラベルプロパゲーションに対して、複数グラフが与えられた場合のグラフを統合しつつ高精度・効率的なラベルプロパゲーション手法、およびラベルプロパゲーションのためのグラフ構築手法を開発した。また、グラフに内在する部分グラフのような潜在変数を推定する手法、およびグラフ内のノード間距離をグラフのグローバルな性質を考慮しつつ推定する手法等の構築に着手した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究の目的は、グラフやネットワークに代表される「半構造化データ」とネットワークの「ノードに付随する特徴(属性)データ」の2つを入力として、内在する真のデータ構造を効率的に推定し出力するための汎用手法を構築することである。具体的には、ラベルプロパゲーション及びリンク予測と呼ばれる問題を効率的に解明するための統合的な手法を構築することである。この目的に向けて、より統合的かつ効率的なラベルプロパゲーション手法を既に構築できており、今後、内在する構造を推定するための統合手法の構築へと順調に目標を達成しつつある。

Strategy for Future Research Activity

今後は、本研究の目的である、グラフやネットワークに代表される「半構造化データ」に内在する真のデータ構造を効率的に推定し出力する汎用手法を構築するため、以下の副研究課題を遂行する。
・グラフに内在する部分グラフのような潜在変数を推定する手法
・ラベルプロパゲーションのための効率的で高精度なグラフ構築手法
・グラフ内のノード間距離をグラフのグローバルな性質を考慮しつつ効率的に推定する手法
・複数ネットワークに共通して内在する動的潜在構造を時系列データから効率的に推定する手法

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

大学院生等によるRAを雇用する予定であったが、研究推進に対して必要十分なRAが既に得られたため使用せず次年度使用額が生じた。
大学院生によるRAのみならず、研究課題を効率的かつ円滑に推進するため、教務補佐員等を雇用する予定である。

  • Research Products

    (17 results)

All 2014 2013

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 5 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Multiple Graph Label Propagation by Sparse Integration2013

    • Author(s)
      Karasuyama, M. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      Volume: 24 Pages: 1999-2012

    • DOI

      10.1109/TNNLS.2013.2271327

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A New Dissimilarity Measure for Comparing Labeled Graphs2013

    • Author(s)
      Wicker, N., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      Linear Algebra and its Applications

      Volume: 438 Pages: 2331-2338

    • DOI

      10.1016/j.laa.2012.10.021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficient Semi-supervised MEDLINE Document Clustering with MeSH Semantic and Global Content Constraints2013

    • Author(s)
      Gu, J., Feng, W., Zeng, J., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Cybernetics

      Volume: 43 Pages: 1265-1276

    • DOI

      10.1109/TSMCB.2012.2227998

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fast Algorithms for Finding a Minimum Repetition Representation of Strings and Trees2013

    • Author(s)
      Nakamura, A., Saito, T., Takigawa, I., Kudo, M. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      Discrete Applied Mathematics

      Volume: 161 Pages: 1556-1575

    • DOI

      10.1016/j.dam.2012.12.013

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Graph Mining: Procedure, Application to Drug Discovery and Recent Advance2013

    • Author(s)
      Takigawa, I. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      Drug Discovery Today

      Volume: 18 Pages: 50-57

    • DOI

      10.1016/j.drudis.2012.07.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] SiBIC: A Web Server for Generating Gene Set Networks Based on Biclusters Obtained by Maximal Frequent Itemset Mining2013

    • Author(s)
      Takahashi, K., Takigawa, I. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e82890

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0082890

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An In Silico Model for Interpreting Polypharmacology in Drug-Target Networks2013

    • Author(s)
      Takigawa, I., Tsuda, K. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 993 Pages: 67-80

    • DOI

      10.1007/978-1-62703-342-8_5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identifying Pathways of Co-ordinated Gene Expression2013

    • Author(s)
      Hancock, T, Takigawa, I. and Mamitsuka, H.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 939 Pages: 69-85

    • DOI

      10.1007/978-1-62703-107-3_7

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions2014

    • Author(s)
      Mamitsuka, H.
    • Organizer
      Trends in Machine Learning
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Japan
    • Year and Date
      20140317-20140318
    • Invited
  • [Presentation] Efficiently Detecting Switching Mechanisms in Gene Expression2013

    • Author(s)
      Mamitsuka, H.
    • Organizer
      23rd International Conference on Genome Informatics (GIW 2013)
    • Place of Presentation
      Matrix, Biopolis, Singpore
    • Year and Date
      20131216-20131218
    • Invited
  • [Presentation] Manifold-based Similarity Adaptation for Label Propagation2013

    • Author(s)
      Karasuyama, M. and Mamitsuka, H.
    • Organizer
      Twenty-Seventh Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2013)
    • Place of Presentation
      Lake Tahoe, NV, USA
    • Year and Date
      20131205-20131210
  • [Presentation] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression2013

    • Author(s)
      Mamitsuka, H.
    • Organizer
      Kyoto University--Koc University Symposium ``New Frontiers in Health Sciences & Technologies''
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Japan
    • Year and Date
      20130917-20130918
    • Invited
  • [Presentation] Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network2013

    • Author(s)
      馬見塚 拓
    • Organizer
      日本バイオインフォマティクス学会第17回創薬インフォマティクス研究会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所臨海副都心センター別館
    • Year and Date
      20130911-20130911
    • Invited
  • [Presentation] Collaborative Matrix Factorization with Multiple Similarities for Predicting Drug-Target Interactions2013

    • Author(s)
      Zheng, X., Ding, H., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • Organizer
      Nineteenth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2013)
    • Place of Presentation
      Chicago, IL, USA
    • Year and Date
      20130811-20130814
  • [Presentation] Variational Bayes Co-clustering with Auxiliary Information2013

    • Author(s)
      Shiga, M. and Mamitsuka, H.
    • Organizer
      4th MultiClust Workshop on Multiple Clusterings, Multi-view Data, and Multi-source Knowledge-driven Clustering (MultiClust 2013)
    • Place of Presentation
      Chicago, IL, USA
    • Year and Date
      20130811-20130811
  • [Presentation] Machine Learning for Bioinformatics2013

    • Author(s)
      Mamitsuka, H.
    • Organizer
      FASEB Science and Research Conference, The Biology of Calpains in Health and Disease
    • Place of Presentation
      Saxtons River, VT, USA
    • Year and Date
      20130722-20130722
    • Invited
  • [Book] Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols2013

    • Author(s)
      Mamitsuka, H., DeLisi, C., and Kanehisa, M.
    • Total Pages
      279
    • Publisher
      Springer

URL: 

Published: 2015-05-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi