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2012 Fiscal Year Annual Research Report

分類学を発展させるDNA情報を伴ったエピタイプ化推進-きのこ類・地衣類

Research Project

Project/Area Number 24300314
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Research InstitutionNational Museum of Nature and Science, Tokyo

Principal Investigator

大村 嘉人  独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究員 (40414362)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 保坂 健太郎  独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究員 (10509417)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2017-03-31
Keywords分類学 / タイプ標本 / 系統 / キノコ / 地衣類
Research Abstract

博物館などに保管されているタイプ標本は生物の学名の基礎となっているものであり極めて重要な価値を持つ。しかし,近年ではDNA情報が分類学的研究に重要な要素となっており,古いタイプ標本からのDNA情報の収集が困難であることが研究の足かせになっている。本研究ではきのこ類および地衣類のタイプ標本採集地から該当分類群を採集し,DNA情報を伴ったエピタイプ標本を指定することによって,近代分類学における問題解決および博物館等に保管されているタイプ標本のさらなる価値向上を目指すものである。
平成24年度は次の研究を実施した。
(1)過去の標本のDNA断片化評価。エピタイプを指定するためには,ホロタイプやレクトタイプなどのタイプ標本が不完全なものであることを明示することが望ましい。そこでタイプ標本と同年代に採集された標本のDNAがどの程度分断化しているのかについてバイオアナライザーを用いた評価法を開発し検討を行った。その結果,きのこ類および地衣類で2000年以前の標本でDNAの分断化が極端に進行しており,通常のDNA分析法では塩基配列の決定が不可能であることが分かった。次年度以降は,断片DNAの回収および塩基配列の復元が可能かについて検討する予定である。
(2)タイプ標本採集地からの該当分類群の採集。平成24年度は,北海道,長野県,山梨県,静岡県,滋賀県,広島県,小笠原諸島,南西諸島(沖縄島,石垣島)などを調査し,きのこ類約250点,地衣類約300点の標本を得た。
それらのうちタイプロカリティーから採取され,タイプ標本と形態的・化学的に同等であった標本の種数は,きのこ類で7種(12点),地衣類で16種(35点)であった。これらの標本はトポタイプとし扱い,将来的にエピタイプ指定をする際の候補標本として位置づけている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

国立科学博物館では、日本から記載されたきのこ類のタイプ標本が440点、地衣類では523点を保管している。多くのタイプ標本採集地が採集当時の環境と比べて著しく破壊が進んでいることや記載分類群に分類学的に難解なものが含まれていることを考慮すると本プロジェクト期間内にそれぞれ100分類群程度エピタイプ指定ができれば、プロジェクトは成功であると考えている。初年度に採集されたきのこ類および地衣類標本の中から各10種前後確実な標本を見出してDNA解析を行えたことや、過去の保管標本のDNA状態を明らかにできたのは一定の成果を得たと考えているが、さらに多くのタイプ標本同等品が収集できるように努力したい。

Strategy for Future Research Activity

日本国内のタイプ標本採集地をまわりタイプ標本同等品の収集に努め、可能な標本からエピタイプ指定を行っていく。タイプ標本または同年代の採集品のDNA状態については国立科学博物館保管標本だけでなく、海外の標本庫の標本についても比較できるよう研究機関間のネットワーク構築に努める。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

H24年度に生じた残額については、資料整理アルバイトが3月末に予定通り出勤できなかったことにより発生した。
予算使用内容は、調査費、標本同定、資料整理、DNA解析を基本とし、難解な分類群の収集・同定については国内外から専門研究者を招聘することも計画する。

  • Research Products

    (24 results)

All 2013 2012

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (14 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Opegrapha phaeophysciae(Opegraphaceae, Arthoniomycetes), a lichenicolous ascomycete, new to Japan2013

    • Author(s)
      Frisch, A., Y. Ohmura
    • Journal Title

      Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Series B

      Volume: 39 Pages: 11-14

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The rare terrestrial orchid Nervilia nipponica consistently associates with a single group of novel mycobionts.2013

    • Author(s)
      Nomura, N., Y. Ogura-Tsujita, S.W.Gale, A. Maeda, H. Umata, K. Hosaka, T. Yukawa
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Pages: on line

    • DOI

      DOI10.1007/s10265-013-0552-8.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Materials for the distribution of lichens in Japan (18)Baeomyces sanguineus Asahina2012

    • Author(s)
      Ohmura, Y., K. H. Moon
    • Journal Title

      Journal of Japanese Botany

      Volume: 87 Pages: 293-294

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chapsa leprieurii, Ocellularia cavata and O. pyrenuloides (Graphidaceae, lichenized Ascomycota) new to Japan2012

    • Author(s)
      Frisch, A., Y. Ohmura
    • Journal Title

      Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Series B

      Volume: 38 Pages: 87-92

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Materials for the Distribution of Lichens in Japan (19)Leiorreuma yakushimense (M.Nakan.) M.Nakan. & Kashiw. and Siphula decumbens Nyl2012

    • Author(s)
      Kashiwadani, H., M. Nakanishi, H. Miyawaki, S. Takeshita, Y. Ohmura, M. Tokizawa, K. H. Moon
    • Journal Title

      Journal of Japanese Botany

      Volume: 87 Pages: 408-411

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hymenoscyphus pseudoalbidus, the correct name for Lambertella albida reported from Japan2012

    • Author(s)
      Zhao, Y.-J., T. Hosoya, H.-O. Baral, K. Hosaka, M. Kakishima
    • Journal Title

      Mycotaxon

      Volume: 122 Pages: 25-41

    • DOI

      DOI:http://dx.doi.org/10.5248/122.25

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phylogenetic placement of Geastrum melanocephalum and polyphyly of Geastrum triplex.2012

    • Author(s)
      Kasuya, T., K. Hosaka, K. Uno, M. Kakishima
    • Journal Title

      Mycoscience

      Volume: 53 Pages: 411-426

    • DOI

      DOI10.1007/s10267-012-0186-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Broomeia congregata Berk., 1844 (Agaricales: Broomeiaceae) : new distribution record for San Luis, Argentina.2012

    • Author(s)
      Lugo, M.A., E.M. Crespo, K. Hosaka, L.S. Dominguez
    • Journal Title

      Check List

      Volume: 8 Pages: 531-533

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biogeography of globally distributed mushrooms, genus Laccaria and related taxa(Basidiomycota, Agaricales, Hydnangiaceae).2012

    • Author(s)
      Hosaka, K.
    • Journal Title

      IFO Research Communications

      Volume: 26 Pages: 61-70

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 菌類標本におけるDNAの保存状態2013

    • Author(s)
      保坂健太郎・宇野邦彦
    • Organizer
      日本植物分類学会
    • Place of Presentation
      千葉大学(千葉)
    • Year and Date
      2013-03-17
  • [Presentation] 茨城県東海村におけるオオウメガサソウの遺伝的多様性と利用菌根菌相の解析2013

    • Author(s)
      糟谷大河・宇野邦彦・保坂健太郎
    • Organizer
      日本植物分類学会
    • Place of Presentation
      千葉大学(千葉)
    • Year and Date
      2013-03-16
  • [Presentation] ブナ林を中心とした菌類・植物共生網の解析と生物相互関係データベース2013

    • Author(s)
      細矢剛・保坂健太郎・奥山雄大・大村嘉人・樋口正信・門田裕一・齊藤由紀子
    • Organizer
      日本生態学会
    • Place of Presentation
      静岡県コンベンションアーツセンター(静岡)
    • Year and Date
      2013-03-07
  • [Presentation] 地味な地衣類から知る意外な生物多様性と共通性2013

    • Author(s)
      大村嘉人
    • Organizer
      日本生物教育学会第94回全国大会
    • Place of Presentation
      広島大学(東広島)(招待講演)
    • Year and Date
      2013-01-12
  • [Presentation] 九州大学北海道演習林の地衣類2012

    • Author(s)
      大村嘉人・竹下俊治・久米篤
    • Organizer
      九州大学農学部附属演習林第15回演習林研究発表会
    • Place of Presentation
      九州大学(福岡)
    • Year and Date
      2012-12-11
  • [Presentation] 茨城県東海村におけるオオウメガサソウの遺伝的多様性と利用菌根菌相の解析2012

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Organizer
      鳥取大学グローバルCOEプログラム「持続性社会構築に向けた菌類きのこ資源活用」シンポジウム
    • Place of Presentation
      国立科学博物館(東京)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-11-23
  • [Presentation] 海洋島のきのこの起源を探る:小笠原とハワイをモデルケースとして2012

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Organizer
      日本進化学会第14回大会シンポジウム「小笠原諸島の生物多様性とその進化」
    • Place of Presentation
      首都大学東京(東京)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-08-21
  • [Presentation] ススキに発生した日本新産盤菌類Naemacyclus culmigenus2012

    • Author(s)
      細矢剛・齊藤由紀子・保坂健太郎・鈴木亮・出川洋介
    • Organizer
      日本菌学会第56回大会
    • Place of Presentation
      岐阜大学(岐阜)
    • Year and Date
      2012-06-26
  • [Presentation] 日本産Lambertella albidaの分類学的再検討2012

    • Author(s)
      趙彦傑・細矢剛・Baral HO ・ 保坂健太郎・柿嶌眞
    • Organizer
      日本菌学会第56回大会
    • Place of Presentation
      岐阜大学(岐阜)
    • Year and Date
      2012-06-26
  • [Presentation] 形態と分子系統に基づくエリマキツチグリ複合種の分類学的研究2012

    • Author(s)
      糟谷大河・保坂健太郎・宇野邦彦・柿嶌眞
    • Organizer
      日本菌学会第56回大会
    • Place of Presentation
      岐阜大学(岐阜)
    • Year and Date
      2012-06-26
  • [Presentation] 全世界産キツネタケ属(担子菌門・ハラタケ目・ヒドナンギウム科)の比較生物地理学的研究2012

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Organizer
      第6回公益財団法人発酵研究所助成報告会
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪)
    • Year and Date
      2012-06-07
  • [Presentation] Fungal diversity and systematics projects derived from the Tree of Life.2012

    • Author(s)
      Hosaka. K.
    • Organizer
      微生物データベースの将来に関するフォーラム
    • Place of Presentation
      玉川大学(東京)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-05-28
  • [Presentation] 国立科学博物館で進行中の全員参加型きのこプロジェクト2012

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Organizer
      平成24年度日本菌学会関東支部年次大会
    • Place of Presentation
      日本大学(船橋)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-04-21
  • [Presentation] 年代が異なるキノコ標本のDNA断片化評価2012

    • Author(s)
      宇野邦彦・保坂健太郎
    • Organizer
      平成24年度日本菌学会関東支部年次大会
    • Place of Presentation
      日本大学(船橋)
    • Year and Date
      2012-04-21
  • [Book] きのこの不思議:きのこの生態・進化・生きる環境2012

    • Author(s)
      保坂健太郎
    • Total Pages
      95
    • Publisher
      誠文堂新光社

URL: 

Published: 2014-07-16  

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