2012 Fiscal Year Annual Research Report
食道扁平上皮癌の新たな治療体系の構築を目指した統合的ゲノム・エピゲノム解析
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24300341
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
河野 辰幸 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (00186115)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
江石 義信 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (70151959)
小村 健 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (10334434)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 食道扁平上皮癌 / ゲノム解析 / エピゲノム解析 / Field cancerization / 全エクソンシーケンス / メチル化 |
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| Research Abstract |
我々はこれまで、食道扁平上皮癌(ESCC)手術検体の採取を継続して行ってきており、癌部・非癌部でペアとなる検体は既に約80例を採取済みの状態であった。検体の採取は当研究開始後も継続しており、平成24年度も約30例のペア検体を採取した。これらの中には、食道内多発進行癌症例や、進行癌と表在癌の合併症例、また胃癌との重複癌症例が含まれており、今後はこれらも解析対象としてField cancerization解明のため研究を進めていく予定である。
現在までに収集した検体に関しては、DNA/RNAを抽出し、各種解析を施行中である。平成24年度は、ESCCにおいて鍵となる体細胞変異やメチル化以上を爽り出すべく、上記収集検体を用いた網羅的ゲノム・エピゲノム解析を開始した。ゲノム解析として上記症例の中から約50症例を抽出して全エクソンシーケンスを行う準備が終了し、今後解析を行っていく予定である。エピゲノム解析としては、上記症例の中から約70症例を抽出して、Illumina社のBeadArrayを用いた網羅的メチル化解析を行い、解析アルゴリズムをほぼ確立しっつある状態である。
現在はまだ解析の途中段階であるが、今後これらの結果を統合し、また予後等の臨床情報とも照合することで、ESCCにおいて鍵となるゲノム・エピゲノム異常の抽出を行っていく。これら抽出したゲノム・エピゲノム異常に関しては、in vitro実験系での検証を行うことで、ESCCにおける新規バイオマーカー・治療標的分子の同定を行っていく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ゲノム解析に関して、約50症例を対象として、全エクソンシーケンスを開始した。今後、詳細な解析が行われる予定で、ほぼ予定通りに進行している。エピゲノム解析に関しては、Illumina社メチル化アレイを用いた網羅的メチル化解析を約70症例で施行済みであり、現在解析アルゴリズムが確立しつつある状況で、順調に進行している。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在進行中の全エクソンシーケンスおよび網羅的メチル化解析の結果を統合し、食道扁平上皮癌において鍵と元るゲノム・エピゲノム変異を表り出し、in vitro解析での検証を行う。また、発現アレイによる網羅的遺伝子発難解析も同時に施行していく。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
網羅的発現解析を行うため、発現アレイの購入を予定していたが、メチル化アレイ解析を先行して行うため、次年度以降に持ち越しとなった。今年度はAgilent社の発現アレイを購入し、解析を行っていく予定である。
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