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2013 Fiscal Year Annual Research Report

海洋性珪藻における無機炭素獲得分子動態のモデリング

Research Project

Project/Area Number 24310015
Research InstitutionKwansei Gakuin University

Principal Investigator

松田 祐介  関西学院大学, 理工学部, 教授 (30291975)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤原 伸介  関西学院大学, 理工学部, 教授 (90263219)
佐藤 英俊  関西学院大学, 理工学部, 准教授 (10300873)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2016-03-31
Keywords海洋生態 / 環境変動 / 水圏現象 / 植物 / 海洋性珪藻
Research Abstract

本研究では,海洋性珪藻が無機炭素を細胞内に取込み効果的に固定する系(無機炭素濃縮機構:CCM)と,その系がCO2濃度,pH,温度,及び鉄などの環境因子へ応答仕組みが,海洋一次生産性変動の重要因子であるという仮説に基づき,1.海洋性珪藻類の無機炭素取込みと蓄積を担う分子機構を同定すること,2.この分子機構を担う遺伝子の環境変動下における発現動態分析,およびこれに基づく一次生産性変動予測動態モデルの構築,を目的としている.
平成25年度における実施項目と成果を以下にあげる.1.無機炭素輸送に関わると考えられるタンパクの機能同定;solute carrier (SLC)タンパク質ファミリーを中心とした候補遺伝子の機能同定をさらに推し進めた.PtSLC4-2に引き続き,PtSLC4-1およびPtSLC4-4がいずれも細胞膜型HCO3-輸送体であることを確認した.また,CO2特異的チャネル候補としてアクアポーリン遺伝子をクローニングし,その機能同定を開始した.また,CO2応答性因子としてピレノイド,及び葉緑体周辺に局在すると予測される新奇機能未知タンパク質を取得した.2.葉緑体内および周辺部に局在する炭酸脱水酵素(CA),C4代謝関連酵素の機能解明;計画通りCAとC4関連因子を2種のモデル珪藻で局在確認をほぼ終了した.また,一部のCAは組換タンパクとして取得し,その活性確認を行った.3.これらタンパク質のCO2(pH)、温度、鉄濃度に対する応答の定量的解析;計画に従いCCM関連因子群のCO2,光,及び鉄に対する転写応答性を確認した.4.環境変動に伴う油脂,炭化水素,クロロフィルの相対比の動態解析;油脂と炭化水素について,非破壊的に定量可能な分光技術の開発に成功しつつある.また,この技術を用いて変動CO2環境下におけるこれら貯蔵物質の変動がモニター可能であることが強く示唆されている.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

複数の海洋性珪藻無機炭素輸送体タンパク質の取得と機能確認を順調に行っている.また,CO2応答性因子としてピレノイド構成成分や葉緑体近傍で重要な働きが考えられる新奇タンパク質も複数得ており,海洋光合成分子機構を説明するための新たな重要因子を数多く特定しつつある.また,細胞内で無機炭素流路調節に働く酵素群についても,局在をほぼ確定し終わり,珪藻種間での無機炭素流路調節機構のバリエーションにも言及可能なデータセットがそろいつつある.これらCCM因子の環境応答性についても詳細なデータを得つつあり,モデル化に必要な因子とその遺伝子発現調節のフレームワークが構築され始めていると言ってよいだろう.一次生産のアウトプットである油脂や炭化水素の非破壊定量にも目途がつきつつあり,順調な進捗状況である.なお,これら成果の一部を,2013年度に複数の査読付き国際誌に掲載している.

Strategy for Future Research Activity

当初の計画通りに遂行する.H26年度は無機炭素輸送体や細胞内炭素流路調節因子の機能決定をほぼ終了するとともに,未知因子の機能を出来るだけ同定することを目指す.これら機能の確定と同時進行で,CCM因子の環境応答を精査することにより,環境変動下におけるCCM分子機構の精密なモデル化を開始する.また,一次生産のアウトプットである油脂や炭化水素の環境応答モデルもここに加味し,総合的な海洋一次生産駆動モデルの構築を開始する予定である.

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

平成24~25年度に重要な実験が順調に推移したため,試薬代として計上していた金額に余分が発生した.また,ペプチド抗体および通常抗体の作製は,現時点で予定したよりも少数で済んでいるため,これも余分発生の原因となっている.
研究が順調に進んでいるため,消耗品には予定通りの支出を行うが,研究成果が順調に出ているため,この発表に関わる旅費等に有効に使用する予定である.

  • Research Products

    (39 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (28 results) (of which Invited: 2 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Charactarization of iron-responsive promoters in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum.2014

    • Author(s)
      Yoshinaga R, Niwa-Kubota M,Matsui H,Matsuda Y
    • Journal Title

      Marine Genomics

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      org/10.1016/j.margen.2014.01.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Localization of putative carbonic anhydrases in the marine diatom, Thalassiosira pseudonana.2014

    • Author(s)
      Samukawa M, Chen Shen,Brian M Hopkinson,Matsuda Y
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1007/s11120-014-9967-x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Localization of enzymes relating to C4 organic acid metabolisms in the marine diatom, Thalassiosira pseudonana.2014

    • Author(s)
      Tanaka R, Kikutani S,Anggara Mahardika,Matsuda Y
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1007/s11120-014-9968-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 海洋性珪藻の炭素固定機構-海洋の食物生産を維持・制御するメカニズム-2014

    • Author(s)
      松田祐介, 中島健介, 菊谷早絵
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 印刷中 Pages: in press

    • DOI

      in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of a novel aminopropyltransferase involved in the synthesis of branched-chain polyamines in hyperthermophiles.2014

    • Author(s)
      Okada K, Hidese R, Fukuda W, Niitsu M, Takao K, Horai Y, Umezawa N, Higuchi T, Oshima T, Yoshikawa Y, Imanaka T, Fujiwara S
    • Journal Title

      Jounal of Bacteriology

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1128/JB.01515-14

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 超好熱性アーキアの低温誘導性遺伝子に見出された新しい調節配列.2014

    • Author(s)
      秀瀬涼太, 藤原伸介
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 印刷中 Pages: in press

    • DOI

      in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An efficient way to reduce an unfavorable flavor compound, acetoin, in rice vinegar production by Gluconacetobacter europaeus.2013

    • Author(s)
      Akasaka N, Sakoda H, Hidese R, Ishii Y, Fujiwara S
    • Journal Title

      Applied and Environmental Microbiology

      Volume: 89/23 Pages: 7334-7342

    • DOI

      10.1128/AEM.02397-13

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Importance and determinants of induction of cold-induced DEAD RNA helicase in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis.2013

    • Author(s)
      Nagaoka E, Hidese R, Imanaka T, Fujiwara S
    • Journal Title

      Jounal of Bacteriology

      Volume: 195/15 Pages: 3442-3450

    • DOI

      10.1128/JB.00332-13

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Raman endoscopy for the in situ investigation of advancing colorectal tumors in live model mice.2013

    • Author(s)
      Taketani H, Hariyani R, Ishigaki M, Andriana BB, Sato H
    • Journal Title

      Analyst

      Volume: 138(14) Pages: 4183-90

    • DOI

      10.1039/C3AN00169E

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Raman spectroscopy for monitoring CO2 effects on fatty acid synthesis of microalgal marine diatom Thalassiosira pseudonana.2013

    • Author(s)
      Phiranuphon Meksiarun,Sato H
    • Organizer
      The 2nd international conference on science and engineering in biology, medical and public health.
    • Place of Presentation
      Dynasty Resort, Kuta Bali, Indonesia
    • Year and Date
      20130531-20130601
  • [Presentation] Localization of carbonic anhydrases in the marine diatom Thalassiosira pseudonana.2013

    • Author(s)
      Samukawa M, Nakao K, Endo Y, Kikutani S, Matsuda Y
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Inorganic Carbon Utilization by Aquatic Photosynthetic Organisms.
    • Place of Presentation
      Loyola University, New Orleans, Louisiana, USA
    • Year and Date
      20130527-20130531
  • [Presentation] Aquaporins in two marine diatoms, Phaeodactylum tricornutum and Thalassiosira pseudonana, transport CO2 into cells.2013

    • Author(s)
      Matsui H, Nakajima K, Matsuda Y
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Inorganic Carbon Utilization by Aquatic Photosynthetic Organisms.
    • Place of Presentation
      Loyola University, New Orleans, Louisiana, USA
    • Year and Date
      20130527-20130531
  • [Presentation] 分子マーカーによる海洋性珪藻有性生殖確認

    • Author(s)
      大井皓正, 松田祐介
    • Organizer
      日本珪藻学会第35回大会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
  • [Presentation] 海洋性珪藻リン酸輸送体候補タンパク質

    • Author(s)
      杉山俊樹, 中島健介, 松田祐介
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会大会
    • Place of Presentation
      富山大学
  • [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumにおけるPtSLC4-4の機能解析

    • Author(s)
      岩山和史, 中島健介, 松田祐介
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会大会
    • Place of Presentation
      富山大学
  • [Presentation] 海洋性珪藻CbbXはRubisCO activaseか?

    • Author(s)
      石田沙有里,千代亜希,長里千香子,菊谷早絵,松田祐介
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会大会
    • Place of Presentation
      富山大学
  • [Presentation] 環境ストレスが誘導する海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumのアリル再編

    • Author(s)
      大井皓正, 松田祐介
    • Organizer
      日本藻類学会第38回大会
    • Place of Presentation
      東邦大学
  • [Presentation] DIDS sensitivity in bicarbonate transports in several diatoms.

    • Author(s)
      Anggara Mahardika, 松田祐介
    • Organizer
      第77回日本植物学会大会
    • Place of Presentation
      北海道大学
  • [Presentation] 海洋性珪藻におけるCO2/光応答性プロモーターの解析

    • Author(s)
      田中敦士,松田祐介,大野直樹
    • Organizer
      第77回日本植物学会大会
    • Place of Presentation
      北海道大学
  • [Presentation] 海洋性珪藻における新規ピレノイド貫通チラコイド局在タンパク質

    • Author(s)
      菊谷早絵, 長里千香子, 松田祐介
    • Organizer
      第77回日本植物学会大会
    • Place of Presentation
      北海道大学
  • [Presentation] Molecular aspects of carbon acquisition mechanisms in marine diatoms.

    • Author(s)
      Matsuda Y
    • Organizer
      10th International Phycologycal Congress
    • Place of Presentation
      The Renaissance Orlando, Orlando, Florida, USA
    • Invited
  • [Presentation] Reorganization of the UMP synthase gene allele in Phaeodactylum tricoenutum.

    • Author(s)
      Oi T, Sakaguchi T, Matsuda Y
    • Organizer
      EMBO Workshop 2nd The Molecular Life of Diatoms
    • Place of Presentation
      University of Paris, Paris, France
  • [Presentation] Determination of iron-responsive Cis-element in the marine diatom, Phaeodactylum tricornutum.

    • Author(s)
      Yoshinaga R, Matsui H,Niwa M,Matsuda Y
    • Organizer
      EMBO Workshop 2nd The Molecular Life of Diatoms
    • Place of Presentation
      University of Paris, Paris, France
  • [Presentation] SLC4 family bicarbonate transporters in marine diatoms.

    • Author(s)
      Matsuda Y
    • Organizer
      EMBO Workshop 2nd The Molecular Life of Diatoms
    • Place of Presentation
      University of Paris, Paris, France
  • [Presentation] SLC4 family transporters in a marine diatom directly pump bicarbonate from seawater.

    • Author(s)
      Nakajima K, Tanaka A, Matsuda Y
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Inorganic Carbon Utilization by Aquatic Photosynthetic Organisms.
    • Place of Presentation
      Loyola University, New Orleans, Louisiana, USA
  • [Presentation] CCMs in two model strains of marine diatom.

    • Author(s)
      Matsuda Y
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Inorganic Carbon Utilization by Aquatic Photosynthetic Organisms.
    • Place of Presentation
      Loyola University, New Orleans, Louisiana, USA
    • Invited
  • [Presentation] 安定性の異なる trpC 遺伝子の置換が超好熱菌の生育に及ぼす影響

    • Author(s)
      三浦 歌織,藤原綾子,秀瀬涼太,今中忠行,藤原 伸介
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年度大会
    • Place of Presentation
      明治大学
  • [Presentation] 超好熱菌の分岐鎖ポリアミン合成酵素の役割

    • Author(s)
      岡田 和真, 秀瀬涼太,今中忠行,藤原 伸介
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年度大会
    • Place of Presentation
      明治大学
  • [Presentation] 酢酸菌 Gluconacetobacter europaeus 分岐鎖アミノ酸生合成における転写調節因子 Ge-Lrp の機能解析

    • Author(s)
      石井 友理, 赤坂直紀,秀瀬涼太,佐古田久雄,藤原 伸介
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年度大会
    • Place of Presentation
      明治大学
  • [Presentation] 超好熱菌の長鎖・分岐型ポリアミンの翻訳促進効果

    • Author(s)
      井上 貴央,岡田和真,秀瀬涼太,今中忠行,藤原 伸介
    • Organizer
      日本農芸化学会2014年度大会
    • Place of Presentation
      明治大学
  • [Presentation] 長鎖・分岐型ポリアミン添加による高温下での無細胞翻訳系の高効率化

    • Author(s)
      井上 貴央, 秀瀬涼太,岡田和真,福田青郎,今中忠行,藤原 伸介
    • Organizer
      第65回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場
  • [Presentation] 酢酸菌 Gluconacetobacter europaeus における分岐鎖アミノ酸生合成系の解析

    • Author(s)
      石井 友理, 赤坂直紀,佐古田久雄,秀瀬涼太,藤原 伸介
    • Organizer
      第65回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島国際会議場
  • [Presentation] Measure-ment of the human esophageal cancer in an early stage with Raman spectroscopy

    • Author(s)
      Maeda Y,Sato H
    • Organizer
      BIOS
    • Place of Presentation
      The Moscone Center, San Francisco, USA
  • [Presentation] The discrimination of fish egg quality and viability by using Ra-man spectroscopy

    • Author(s)
      Ishigaki M, Sato H
    • Organizer
      BIOS
    • Place of Presentation
      The Moscone Center, San Francisco, USA
  • [Presentation] In vivo Study of Lipids Accumulation in Microalgal Marine Diatom Thalassiosira Pseudonana by Using Raman Spectroscopy

    • Author(s)
      Phiranuphon Meksiarun,Sato H
    • Organizer
      ICAVS-7
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(神戸市)
  • [Presentation] In vivo study of lipids accumulation in microalgal marine diatom by using Raman spectroscopy and MCR-ALS

    • Author(s)
      Phiranuphon Meksiarun,Spegazzini N, Matsui H, Nakajima K, Matsuda Y, Sato H
    • Organizer
      レーザー学会第34回年次大会
    • Place of Presentation
      北九州国際会議場(福岡県北九州市)
  • [Presentation] ラマンファイバーによる生体スペクトル計測

    • Author(s)
      佐藤英俊
    • Organizer
      第11回医用分光光学研究会
    • Place of Presentation
      三国観光ホテル(福岡県坂井市)
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 改変された酢酸菌及びその利用2014

    • Inventor(s)
      藤原伸介
    • Industrial Property Rights Holder
      学校法人 関西学院
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2014-020764
    • Filing Date
      2014-02-05
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 動植物用成長促進剤2013

    • Inventor(s)
      藤原伸介
    • Industrial Property Rights Holder
      学校法人 関西学院
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2013-221483
    • Filing Date
      2013-10-24

URL: 

Published: 2015-05-28  

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