2012 Fiscal Year Annual Research Report
石油分解微生物群の石油汚染環境下における相互作用の解析と浄化への応用
| Project/Area Number |
24310060
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
|
| Research Institution | Nihon University |
|---|
Principal Investigator |
岩淵 範之 日本大学, 生物資源科学部, 講師 (90328708)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
古川 壮一 日本大学, 生物資源科学部, 准教授 (40339289)
荻原 淳 日本大学, 生物資源科学部, 講師 (50256830)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
|
| Keywords | Rhodococcus属細菌 / バイオレメデーション / 石油汚染 / プロテオーム / Cycloclasticus属細菌 / 有機溶媒耐性 / シャペロニン / トランスクリプトーム |
|---|
| Research Abstract |
Rhodococcus erythropolisPR-4株は、各種石油系炭化水素に分解性を示す石油分解菌であり、高度の有機溶媒耐性を有し、さらに、培地/アルカン二層培養系において、アルカン相へ細胞が転移し、その中で増殖するという特徴的性質を有している学術的、産業的に重要な菌株である。また、Cycloclasticus属細菌は、海洋環境での多環芳香族炭化水素(PAHs)の分解に深く関与している微生物群であり、PAHsの分解に特化した能力を有している。これまでの研究からR.eiythropolisPR-4株のシャペロニンであるGroEL2の高発現が細胞のアルカン相への転移を促進させ、同株の溶媒耐性能を上昇させることが明らかとなっている。
今年度の研究では、まずGroEL2のRhodococcus属細菌に一般であるか否かを検討するため、各種Rhodococcus属細菌のgroEL2遺伝子をクローニングし、その機能を確認した。その結果、これらの機能はPR-4株のGroEL2のみならず、Rhodococcus属細菌に一般的であることが示唆され、また、その効果は溶媒に感受性が高い株ほど表れやすいという傾向を見出した。
一方で、ショットガンプロテオーム解析の精度を別な角度から調べるため、同様に石油分解菌であるCycloclasticus属細菌を用いて、石油分解時の遺伝子発現をトランスクリプトーム解析およびプロテオーム解析で比較検討した。その結果、両解析において得られた遺伝子発現プロファイルはほぼ同等であり、得られるプロファイルには問題が無いことから、本手法をより高感度に改良するためには、タンパク質の抽出効率を上げることが必要であると考えられた。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
遺伝子発現プロファイルをRNAレベルとタンパクレベルで比較検討できる手法が確立されたことから、初年度の最低限の目標を達成できた。これに加え、GroEL2の機能がRhodococcus属細菌に一般的であることが示唆されたことから、おおむね順調に進展していると考えられた。
|
| Strategy for Future Research Activity |
タンパク質抽出効率を上げ、ショットガンプロテオームをより高感度に改良して行くと共に、RNAレベルの解析を充実させ、より多角的なデータを取れる体制を強化して行く。
|
| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
昨年度購入機器であるゲルフリー8100の導入が当初の予定より遅くなったため、これに関連する消耗品類の使用が少なかったことから、当該助成金が生じた。従って次年度予算と合わせてタンパク質抽出法をより効率化するための検討に必要な試薬類、器具類に使用する予定である。
|
