2013 Fiscal Year Annual Research Report
マウス細胞内に存在する低分子ＲＮＡの高次構造に基づく網羅的解析
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24310147
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| Research Institution | Chiba Institute of Technology |
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Principal Investigator |
河合 剛太 千葉工業大学, 工学部, 教授 (70211860)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
清澤 秀孔 高知大学, 医学部, 准教授 (30295422)
牛田 千里 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50250593)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 機能性RNA / NMR / 立体構造解析 / トランスリプトーム |
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| Research Abstract |
本研究計画では，遺伝学的，生化学的，および構造生物学的アプローチを駆使して，マウス由来の新規低分子RNAの解析を進めている．平成２５年度における研究実績は次のとおりである．
１）低分子RNA候補の二次構造解析とクラスタリング：マウスの脳に由来するRNAついての次世代シーケンサーによる配列解析から得られた約1億配列の解析を終了し，現在投稿論文を作成中である．また，マウスES細胞から得られた約６千億配列およびES細胞から神経細胞に分化する過程でのさまざまな段階の細胞から得られたそれぞれ約１千万配列についても解析を進めており，新規低分子RNAの候補を数個見出している．
２）低分子RNA候補の立体構造形成スクリーニング：新規スクリーニング手法であるNMR試料管内転写法については論文投稿中である．この手法をこれまでに見出した低分子RNA候補に適用し，安定な立体構造を形成するRNAを探索している．
３）ノーザン解析：次世代シーケンサーによる配列解析によって見出した新規低分子RNA候補の発現量等を確認するため，マウスのさまざまな組織からRNAを抽出し，ノーザン解析を行った．昨年度までに，３つのRNAについて強い発現，４つのRNAについて弱い発現を確認しているが，今年度は暫定的にS4-11と命名したRNAが，ほとんどの組織で100残基程度として発現していること，また，いくつかの臓器ではさらに短い断片として発現していることが示唆された．
４）低分子RNA候補の立体構造解析：次世代シーケンサーによる配列解析によって見出した候補であるS4-11およびS4-22について，NMR法による構造解析を進めた．イミノプロトンシグナルの解析から，それぞれ単一のコンホメーションを形成していることが示唆された．一方，SAT遺伝子座からの発現が確認されている新規低分子RNA候補についてもNMR法による構造解析を進めている．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
構造スクリーニング手法の開発をほぼ終了し，応用している．また，次世代シーケンサーによる配列解析から多くの新規低分子RNAの候補を見出し，そのいくつかについて，生化学的手法による発現の確認を行うとともに，NMR法による立体構造解析を進めている．したがって，順調に進展している．
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでの解析をさらに推進する．最終年度では，これまでに見出した新規低分子RNA候補について，立体構造解析あるいは生化学的な機能解析を進め，ひとつでも多くの新規RNAを見出すことをめざす．
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