2014 Fiscal Year Annual Research Report
ｍＲＮＡと新生ペプチドの局所構造による翻訳効率変化のゲノムワイド解析
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24310148
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
中東 憲治 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (70322740)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)
森 浩禎 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | リボソームプロファイリング / ゲノム解析技術 / リボソーム / 翻訳 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究計画は、リボソームプロファイリングという新しい手法を用い、翻訳装置の基本的性質や、薬剤による翻訳阻害の実体、翻訳関連因子などの働きをゲノムワイドに明らかにすることが目標である。本年度、以下のような実績を得た。
1. A-siteにおける同義コドンのデコーディングの違い。同一tRNAによるデコーディング能力の差を明らかにするため、通常は2つまたは3つのtRNAで読まれる4コドンボックスアミノ酸7種類について、ゲノム上のtRNAの種類を減らす試みをし、4種類について、通常の株とのリボソーム密度の比較を行った。通常考えられているのとは異なり、大腸菌においても、アンチコドン一文字目にUを持つ一種類のtRNAでコドン3文字目のAUGC全ての塩基をデコードできることが分かった。ただし、それぞれのコドンでリボソーム密度は異なっており、デコード効率に差があると思われる。一文字目UのtRNAだけの株の生存可能性と、コドン3文字目の使用頻度には関連があり、デコードの遅いコドンが多いものでは致死になるものと思われる。
2. anti-RBS配列が翻訳開始やその他の領域の翻訳効率に与える影響の解析。anti-RBSを改変するため、7つのrRNA遺伝子をゲノムから欠失した株を新たに作製し、プラスミドからrRNA遺伝子を供給した株について野生型と改変型anti-RBS株の比較を行った。anti-RBSの改変は増殖速度に極めて大きな変化をもたらしたが、anti-RBSの効果と考えられてきたORF中のanti-RBS類似配列での翻訳効率低下に与える影響はほとんど無い事が分かった
3. puromycinの効果の解析 purimycinについて、in vivo, in vitroでのリボソームプロファイルによる翻訳アレスト部位の同定とトープリントによる確認を行った。
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] GenoBase: comprehensive resource database of Escherichia coli K-122015
Author(s)
Otsuka Y, Muto A, Takeuchi R, Okada C, Ishikawa M, Nakamura K, Yamamoto N, Dose H, Nakahigashi K, Tanishima S, Suharnan S, Nomura W, Nakayashiki T, Aref WG, Bochner BR, Conway T, Gribskov M, Kihara D, Rudd KE, Tohsato Y, Wanner BL & Mori H
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Volume: 43
Pages: D606-D617
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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